شوخی - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

شوخی - ترازهای احتمالی توالی چندگانه را محاسبه می کند

خلاصه

شوخی sequence_file

شوخی [پارامترهای اختیاری] -d=sequence_file [پارامترهای اختیاری]

شرح

کیت تراز احتمالی (PRANK) یک برنامه هم ترازی چندگانه احتمالی است
توالی های DNA، کدون و آمینو اسیدی. این بر اساس یک الگوریتم جدید است که درمان می کند
به درستی درج می شود و از تخمین بیش از حد تعداد رویدادهای حذف جلوگیری می کند.

علاوه بر این، PRANK ایده هایی را از روش های حداکثر احتمال مورد استفاده در فیلوژنتیک و
به درستی فواصل تکاملی بین دنباله ها را در نظر می گیرد. در نهایت، شوخی
اجازه می دهد تا یک ساختار بالقوه برای ردیف شدن توالی ها تعریف شود و سپس،
همزمان با تراز، مکان واحدهای سازه ای را پیش بینی می کند
دنباله ها

OPTIONS

ورودی خروجی پارامترهای
-d=sequence_file
فایل توالی ورودی با فرمت FASTA.

-t=tree_file
فایل درختی برای استفاده اگر تنظیم نشود، یک درخت NJ تقریبی ایجاد می شود.

-o=فایل خروجی
نام فایل خروجی را تنظیم کنید. اگر تنظیم نشده باشد، فایل خروجی تنظیم شده است تولید.

-f=فرمت خروجی
فرمت خروجی را تنظیم کنید فرمت خروجی می تواند یکی از سریع (به طور پیش فرض) فیلیپی,
فیلیپس, paml، یا رابطه.

-m=model_file
فایل مدل برای استفاده اگر تنظیم نشده باشد، model_file تنظیم شده است HKY2/WAG.

-حمایت کردن
پشتیبانی پسین را محاسبه کنید.

-showxml
تراز خروجی فایل xml.

درخت نمایش
راهنمای تراز خروجی

شووانک
توالی های اجدادی خروجی.

-نمایش
خروجی همه اینها

-نوانکرها
از انکرینگ Exonerate استفاده نکنید. (Exonere باید جداگانه نصب شود.)

-نومافت
از MAFFT برای درخت راهنما استفاده نکنید. (MAFFT به طور جداگانه نصب می شود.)

-njtree درخت را از تراز ورودی (و تراز مجدد) تخمین بزنید.

-نام های کوتاه
نام ها را در اولین کاراکتر فاصله کوتاه کنید.

-ساکت خروجی را کاهش دهید.

هم ترازی ادغام
-d1=alignment_file
اولین فایل تراز ورودی با فرمت FASTA.

-d2=alignment_file
دومین فایل تراز ورودی با فرمت FASTA.

-t1=tree_file
فایل درختی برای اولین تراز. اگر تنظیم نشده باشد، یک درخت NJ تقریبی است
تولید شده

-t2=tree_file
فایل درختی برای تراز دوم. اگر تنظیم نشده باشد، یک درخت NJ تقریبی است
تولید شده

MODEL پارامترهای
-F, +F درج‌ها را مجبور کنید همیشه نادیده گرفته شوند.

-gaprate=#
نرخ باز شدن شکاف را تنظیم کنید. پیش فرض است 0.025 برای DNA و 0.005 برای پروتئین ها

-gapext=#
احتمال گسترش شکاف را تنظیم کنید. پیش فرض است 0.75 برای DNA و 0.5 برای
پروتئین ها

-کدون از مدل تجربی کدون برای کدگذاری DNA استفاده کنید.

-DNA, -پروتئین
به ترتیب از مدل DNA یا پروتئین استفاده کنید. تشخیص خودکار مدل را غیرفعال می کند.

فاصله زمانی
شکاف های پایانه را به طور معمول جریمه کنید.

- نامگذاری
داده های از دست رفته وجود ندارد. استفاده کنید -F برای شکاف های ترمینال

-نگاه داشتن شکاف های توالی های از پیش تراز شده را حذف نکنید.

OTHER پارامترهای
-iterate=#
دور تکرار هم ترازی مجدد؛ به طور پیش فرض، پنج بار تکرار کنید و بهترین را نگه دارید
نتيجه

-یک بار فقط یکبار اجرا کنید. همانند -iterate=1.

- هرس
شاخه های درخت راهنما را بدون داده های توالی هرس کنید.

-prunedata
داده های توالی را بدون برگ درخت راهنما هرس کنید.

-uselogs
کندتر اما باید برای تعداد بیشتری از دنباله ها کار کند.

-ترجمه کردن
داده های ورودی را به دنباله های پروتئینی ترجمه کنید.

-mttranslate
با استفاده از جدول mt داده های ورودی را به دنباله پروتئین ترجمه کنید.

-تبدیل
تراز نکنید، فقط به فرمت دیگری تبدیل کنید.

-dna=dna_sequence_file
فایل توالی DNA برای ترجمه معکوس تراز پروتئین.

-کمک یک صفحه راهنما توسعه یافته با گزینه های بیشتر نمایش دهید.

-version
نمایش نسخه و بررسی به روز رسانی.

AUTHORS

شوخی توسط Ari Loytynoja نوشته شده است.

این صفحه راهنما در اصل توسط Manuel Prinz نوشته شده است[ایمیل محافظت شده]> برای دبیان
پروژه (و ممکن است توسط دیگران استفاده شود).

با استفاده از خدمات onworks.net از شوخی آنلاین استفاده کنید