predictprotein - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

پیش بینی پروتئین - تجزیه و تحلیل توالی پروتئین

خلاصه

پروتئین پیش بینی [--blast-processors] [--num-cpus|c] [--debug|d] [--help] [--make-file|m]
[--makedbug] [--man] [--روش] [--dryrun|n] [--numresmax] [--output-dir|o]
[--print-ext-method-map] [--profnumresmin] [--psicexe] [--prot-name|p] [--sequence|sq|s]
[--seqfile] [--spkeyidx] [--target]* [--نسخه|v] [--work-dir|w]

پیش بینی پروتئین [--bigblastdb] [--big80blastdb] [--pfam2db] [--pfam3db] [--prodomblastdb]
[--prositedat] [--prositeconvdat] [--swissblastdb]

پروتئین پیش بینی [--setacl|acl] [-- ادغام کش] [-- ذخیره اجباری کش]
[-- استفاده از کش]

شرح

predictprotein مجموعه ای از روش های تجزیه و تحلیل توالی پروتئین را اجرا می کند:

استاندارد روش
این متدها توسط هدف پیش فرض 'all' اجرا می شوند:

صفحه Man Extension Target Feature
------- ------ -------- --------
تحرک اتم profbval probval، profb4snap پروبوال(1)
باکتری transmem- proftmb proftmb، proftmbdat proftmb(1)
بشکه های بتای بران
مارپیچ سیم پیچ سیم پیچ، کویل_خام سیم پیچ(1)
ncoils(1)
پل های دی سولفید دی سولفیندر دی سولفیندر دی سولفیندر(1)
اصطلاحات هستی شناسی ژن metastudent metastudent.BPO.txt، فرا دانشجو(1)
metastudent.CCO.txt،
metastudent.MFO.txt
تراز موضعی انفجار blastPsiOutTmp، chk، blastpgp(1)
blastPsiMat،
blastPsiAli،
blastpSwissM8 بلاستال(1)
پیچیدگی محلی ncbi-seg segNorm، segNormGCG ncbi-seg(1)
norsp norsp ثانویه غیر منظم، sumNors norsp(1)
ساختار
محلی سازی هسته ای پیش بینی می کند nls، nlsDat، nlsSum پیش بینی می کند(1)
اسکن Pfam hmmer v2 hmm2pfam hmm2pfam hmm2pfam(1)
اسکن Pfam hmmer v3 hmm3pfam hmm3pfam، hmm3pfamTbl، hmmscan(1)
hmm3pfamDomTbl
پروزیت پروزیت را اسکن می کند prosite_scan(1)
پروتئین-پروتئین پروفیسیس isis سودمندی(1)
سایت های تعاملی
ساختار ثانویه، پروفسور profRdb معلم(1)
دسترسی از
پروفایل توالی
ساختار ثانویه، پروفسور prof1Rdb معلم(1)
دسترسی از
تک سکانس
ساختار ثانویه، reprof reprof سرزنش کردن(1)
دسترسی از
تک سکانس
phd transmembrane phdPred, phdRdb معلم(1)
مارپیچ
حلقه های بدون ساختار norsnet norsnet norsnet(1)

اختیاری روش
این روش‌ها غیرقابل توزیع هستند یا به نرم‌افزار غیرقابل توزیع وابسته هستند (نشان داده شده است
توسط '*'). قبل از اینکه بتوانید خودتان باید اجزای غیرقابل توزیع را بدست آورید
از این روش ها استفاده کنید

این روش ها توسط هدف "اختیاری" اجرا می شوند.

صفحه Man Extension Target Feature
------- ------ -------- --------
مناطق نابسامان metadisorder mdisorder فرا اختلال(1)
زیر سلولی loctree3 {arch,bact,euka}.lc3 loctree3(1)
ممم* تممم نا
پروتئین-RNA، Somena Somena Somena(1)
پروتئین-DNA
سایت های تعاملی
موقعیت خاص psic* psic، clustalngz روانی(1)
مستقل حساب می کند اجرا NewPSIC(1)
و پایه آن چند clustalw(1)
هم ترازی ple
مارپیچ های گذرنده tmhmm tmhmm na
tmseg tmseg tmseg(1)
مناطق کاربردی consurf _consurf.grades همفکری(1)

منابع
آرگومان خط Cmd پایگاه داده
------------------------
پایگاه داده انفجار بزرگ (Uniprot+PDB) --bigblastdb
big_80 (big @ 80% هویت توالی --big80blastdb
سطح افزونگی) پایگاه داده انفجار
پایگاه داده انفجار سوئیس --swissblastdb
پایگاه داده pfam v2 --pfam2db
پایگاه داده pfam v3 --pfam3db
prosite_convert.dat --prositeconvdat

منابع برای اختیاری اهداف

آرگومان خط Cmd پایگاه داده
------------------------
پایگاه داده انفجار بزرگ (Uniprot+PDB) --bigblastdb
prosite.dat --prositedat
کلید واژه Swiss-Prot-to-accession --spkeyidx
"شاخص" برای loctree

مولد منابع
با حسن نیت از ویکتور یورکوفسکی:

* rostlab-data-prosite_convert prosite.dat prosite_convert.dat
* perl /usr/share/loctree/perl/keyindex4loctree.pl < keyindex.txt > keyindex_loctree.txt
* hmmpress Pfam-A.hmm

تولید قالب
خروجی های روش به سپرده گذاری می شوند --output-dir. هر روش یک یا چند نام فایل دارد
پسوندهای مرتبط با آن، جدول بالا را ببینید. به صفحه man of the مراجعه کنید
روش های فردی برای جزئیات بیشتر برنامه های افزودنی که با "gz" ختم می شوند با فشرده سازی می شوند
از gzip(1).

مراجع

Rost, B., Yachdav, G., and Liu, J. (2004). سرور PredictProtein. نوکلئیک اسیدها،
32 (مشکل وب سرور)، W321-6.

در صورتی که پروتئین پیش بینی و ابزارهای موجود در آن را مفید می دانید، لطفاً به موارد زیر مراجعه کنید:

* منابع PredictProtein را در بالا ببینید

* ارجاعات ابزارهایی که استفاده کردید، به منابع در صفحه مرد ابزار مراجعه کنید

OPTIONS

- پردازنده های انفجاری
تعداد پردازنده های مورد استفاده، پیش فرض = 1

-c, --num-cpus
ایجاد مشاغل، پیش فرض = 1

-d, - رفع اشکال
--کمک
یک پیام راهنمای مختصر چاپ کنید و از آن خارج شوید.

-m, --make-file
ساختن فایل برای استفاده، پیش فرض = /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk

--سقوط ساخته شده
آرگومان اشکال زدایی برای ساختن، ببینید ساخت(1)

--مرد
این صفحه مستندات

--روش
پارامترهای کنترل روش را توصیف می کند و روش هایی را برای اجرا در زمان درخواست می کند --هدف نیست
تمام. نمونه قالب:

--method=norsp,win=50

* با نام روش شروع کنید، به عنوان مثال «norsp»

* پارامترهای کنترل روش لیست، به عنوان مثال win=50

همه روش ها به دلیل ابتدایی بودن، از عبور پارامترهای کنترلی به این روش پشتیبانی نمی کنند
رابط های خط فرمان

-n, --dryrun
اجرا نکنید، فقط نشان می دهد که چه چیزی قرار است اجرا شود

--numresmax
حداکثر طول دنباله، پیش فرض: 6000. سکانس های طولانی تر از این باعث می شود
پیش بینی شکست پروتئین با کد خطا مربوطه، به ERRORS مراجعه کنید.

-o, --output-dir
مکان نهایی فایل های خروجی، مورد نیاز است مگر اینکه از حافظه پنهان استفاده شود.

--print-ext-روش-نقشه
چاپ نقشه خارجی به روش. مفید به عنوان فایل ورودی برای بررسی سازگاری.
قالب: .

--profnumresmin
حداقل طول دنباله مورد نیاز توسط prof، پیش فرض: 17. سکانس های کوتاه تر از این
با کد خطای مربوطه، پیش بینی پروتئین را با شکست مواجه می کند، به ERRORS مراجعه کنید.

--psicexe
psic wrapper قابل اجرا، پیش فرض: /usr/share/rost-runpsic/runNewPSIC.pl

-p, --prot-name
نام پایه فایل های نتیجه و نام پروتئین در - برای مثال - فایل های FASTA. پیش فرض =
"پرس و جو".

نام‌های معتبر از مجموعه کاراکتر "[[:alnum:]._-]" هستند.

-s, -- دنباله, --توالی
ورودی توالی اسید آمینه یک حرفی

--seqfile
فایل توالی اسید آمینه FASTA; اگر '-'، ورودی استاندارد خوانده می شود

--spkeyidx
Swiss-Prot کلید واژه به شناسه فایل 'index' برای لاکتری(1).

--هدف=رشته
گروه های روش برای اجرا. برای هر هدفی که نیاز دارید این استدلال را ارائه دهید. پیش فرض:
مقدار "default_targets" در فایل پیکربندی؛ «همه» اگر داده نشود.

برخی از اهداف مورد علاقه:

تمام روش هایی که GPL یا قابل توزیع مجدد در نهادهای غیرتجاری هستند

اختیاری
روش هایی که با آن سازگاری ندارند تمام

برای فهرستی از اهداف به /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk نگاه کنید ("از منبع استفاده کنید"
لوک").

-v, - نسخه
نسخه بسته چاپی

-w, --کار- کارگردان
فهرست کار، اختیاری

پایگاه داده گزینه های
--bigblastdb
مسیر به پایگاه داده انفجار جامع

--big80blastdb
مسیر به پایگاه داده انفجار جامع در سطح افزونگی هویت توالی 80٪

--pfam2db
پایگاه داده Pfam v2، به عنوان مثال Pfam_ls

--pfam3db
پایگاه داده Pfam v3، به عنوان مثال Pfam-A.hmm

--prodomblastdb
منسوخ شده این آرگومان فقط برای حفظ سازگاری با نسخه های قدیمی تر نگهداری می شود.

--prositedat
مسیر فایل "prosite.dat" را ببینید


--prositeconvdat
مسیر فایل «prosite_convert.dat» را ببینید


--swissblastdb
مسیر به پایگاه داده انفجار SwissProt

مخزن مربوط گزینه های
-- acl, --setacl
لیست های کنترل دسترسی را تنظیم کنید. لیست های کنترل دسترسی تنظیم شده است فقط در صورتی که نتایج باشد
در حافظه پنهان ذخیره می شود. در غیر این صورت این گزینه بی اثر است. همه ACL های قبلی هستند
گم شده - بدون ادغام بیت خواندن قابلیت مرور نتایج را کنترل می کند. بیت های دیگر نیستند
استفاده شده. به عنوان مثال

u:lkajan:4,u:gyachdav:4,g:lkajan:4,o::0

--cache-ادغام
--nocache-ادغام
ادغام/عدم ادغام نتایج در حافظه پنهان. --cache-ادغام از نتایج موجود در حافظه پنهان استفاده مجدد می کند.
این تبدیل می شود --use-cache به صورت خودکار --cache-ادغام با آن سازگار نیست
--force-cache-store.

--nocache-ادغام پیش فرض است مگر اینکه

· --use-cache روشن است و

· --noforce-cache-store در حال اجرا است و

· --هدف استفاده می شود و

· کش خالی نیست

--cache-ادغام در صورت خالی بودن حافظه پنهان، بی سر و صدا نادیده گرفته می شود.

--force-cache-store
--noforce-cache-store
ذخیره سازی اجباری نتایج در حافظه پنهان را فعال/غیرفعال کنید. دلالت دارد --use-cache. پیش فرض:
--noforce-cache-store

با --noforce-cache-store هنگامی که predictprotein نتایج ذخیره شده در حافظه پنهان را پیدا می کند، به سادگی واکشی می شود
آنها را از حافظه پنهان استفاده می کند و هیچ پردازشی انجام نمی دهد (حتی اگر نتایج ناقص باشند). با
--force-cache-store predictprotein چیزی از حافظه پنهان نمی آورد اما می گیرد
نتایج را ذخیره کنید، و به طور کامل آن چیزی را که در حافظه پنهان ذخیره شده بود، جایگزین کنید.

--force-cache-store با آن سازگار نیست --cache-ادغام.

--use-cache
--nouse-cache
برای پیش‌بینی نتایج پروتئین از حافظه نهان استفاده کنید/استفاده نکنید. پیش فرض: --nouse-cache.

ممکن است گزینه «use_cache» در فایل‌های پیکربندی برای لغو پیش‌فرض داده شود.

خطاها

253 دنباله خیلی طولانی است، ببینید --numresmax

254 دنباله خیلی کوتاه است، کوتاهتر از حداقل طول مورد نیاز پروفسور. دیدن
--profnumresmin.

مثال ها

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir /tmp/pp

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir /tmp/pp --target query.profRdb --target loctree3

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --output-dir /tmp/pp

مخزن مثال ها
نتایج را در حافظه پنهان ذخیره کنید، به ذخیره فایل ها در آن اهمیت ندهید --output-dir:
predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --use-cache --setacl g:rostlab:7

اگر در حافظه پنهان نیست، در غیر این صورت نتایج را از حافظه پنهان به داخل واکشی کنید --output-dir:
predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --use-cache --setacl g:rostlab:7 --output-dir /tmp/pp

محیط زیست

PREDICTPROTEINCONF
مکان فایل پیکربندی predictproteinrc برای استفاده، نادیده گرفتن سایر تنظیمات
فایل ها

با استفاده از خدمات onworks.net از predictprotein آنلاین استفاده کنید