pymvpa2-prep-afni-surf - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

prep_afni_surf - سطوح FreeSurfer را برای AFNI/SUMA پیش پردازش کنید

شرح

استفاده: pymvpa2-prep-afni-surf [-h] [-v] [-s SID] [-d SURFDIR] [-a ANATVOL]

[-e EPIVOL] [-x EXPVOL] [-E {بله، خیر}] -r REFDIR
[-p STEPS] [-l LD] [--بازنویسی] [--hemi {l,r,l+r}] [-S {yes,no}] [--aea_opts
AEA_OPTS] [-I] [-A {بله، نه}] [-f {gifti,ascii}] [-T] [-t]

پیش پردازش تشریحی برای تراز کردن سطوح FreeSurfer با داده های AFNI.

این عملکرد را به موارد زیر ارائه می دهد:

- تبدیل سطوح FreeSurfer به فرمت AFNI/SUMA (با استفاده از SUMA_Make_Spec_FS).

- نمونه‌برداری مجدد سطوح به توپولوژی استاندارد (با استفاده از MapIcosahedron) در وضوح‌های مختلف.

- ایجاد سطوح اضافی با میانگین سطوح موجود.

- ثبت همزمان خروجی freesurfer به حجم آناتومیک یا عملکردی AFNI/SUMA (با استفاده از
align_epi_anat.py).

- برای تجسم ثبت مشترک، @AddEdge را اجرا کنید.

- نیمکره های چپ (lh) و راست (rh) را در فایل های واحد (mh) ادغام کنید.

- ایجاد نماهای مختلف از سطوح باد شده چپ + راست.

- فایل های مشخصات SUMA و اسکریپت های پوسته see_suma* را تولید کنید.

این اسکریپت یک خط لوله پردازش با FreeSurfer برای بازسازی سطح و
AFNI/SUMA برای ثبت مشترک و تجسم. به طور خاص فرض بر این است که سطوح
با استفاده از Recon-all FreeSurfer بازسازی شده اند. جزئیات بیشتر را می توان در
اسناد موجود در http://surfing.sourceforge.net

اگر EPI های چندین جلسه تراز شوند، این اسکریپت باید از دایرکتوری های مختلفی استفاده کند
برای refdir برای هر جلسه، در غیر این صورت ممکن است تداخل نامگذاری رخ دهد.

این تابع هیچ داده عملکردی را مجدداً نمونه گیری یا تبدیل نمی کند. در عوض، سطوح هستند
تبدیل به همراستایی با ANATVOL یا EPIVOL.

برای استفاده معمولی به سه آرگومان نیاز دارد: (1) "-e epi_filename" یا "-a
anat_filename" (2) "-d freesurfer/directory/surf" (3) "-r outputdir"' (*) "-T" [اگر
"epi_filename" / "anat_filename" در فضای قالب (MNI/Tal) ​​است"

یادداشت:

- لطفا تراز را به صورت بصری بررسی کنید.

- فایل های Nifti (.nii یا .nii.gz) پشتیبانی می شوند، اما AFNI ممکن است نتواند آن را بخواند.
{S,Q}-اطلاعات را به درستی شکل دهید. اگر داده های عملکردی با برنامه دیگری پیش پردازش شده باشد
از AFNI، لطفاً تراز را با برنامه دیگری غیر از AFNI به صورت بصری بررسی کنید، مانند
MRIcron.

کپی رایت

حق چاپ 2010-2012 Nikolaas N. Oosterhof[ایمیل محافظت شده]>

اختیاری استدلال ها:
-h, --کمک
این پیام راهنما را نشان داده و خارج شوید

-v, - نسخه
نمایش شماره نسخه برنامه و خروج

-s SID، --سمت SID
شناسه موضوع مورد استفاده در @SUMA_Make_Spec_FS

-d SURFDIR، -- surfdir SURFDIR
فهرست راهنمای گشت و گذار FreeSurfer

-a ANATVOL، -- anatvol ANATVOL
آناتومیکی که فرض می شود با داده های EPI مورد علاقه همراستا باشد

-e EPIVOL، --epivol EPIVOL
داده های EPI مورد علاقه

-x EXPVOL، --expvol EXPVOL
حجم آزمایشی که SurfVol با آن تراز شده است

-E {بله خیر}، --ایسپی {بله خیر}
آیا حجم آزمایش EPI (بله) است یا آناتومیک (خیر)

-r REFDIR، -o REFDIR، --refdir REFDIR
دایرکتوری خروجی که در آن حجم ها و سطوح به ANATVOL یا ارجاع دارند
EPIVOL

-p مراحل، -- مراحل گام
مراحل پردازش با نویسه های "+" از هم جدا شده اند. "همه" پیش فرض و معادل آن است
به "toafni+mapico+moresurfs +skullstrip+align+makespec+makespecboth+makesurfmasks"

-l LD، --ld LD
انشعابات خطی MapIcosahedron، به عنوان مثال 80، یا 16+96 (برای هر دو 16 یا 96). پیشفرض
is 4+8+16+32+64+128

--زیاد نوشتن
پرونده های موجود را رونویسی کنید

--همی {l,r,l+r}
نیمکره های مورد پردازش ([l+r])

-S {بله خیر}، --expvol_ss {بله خیر}
حجم آزمایشی نوار جمجمه ([بله]، خیر)

--aea_opts AEA_OPTS
گزینه های داده شده به align_epi_anat ([-cmass cmass+xyz -حرکت_بزرگ])

-I, --هویت
استفاده از تبدیل هویت بین SurfVol و anat/epivol (بدون تراز)

-A {بله خیر}، --AddEdge {بله خیر}
اجرای AddEdge در حجم های تراز شده ([بله])

-f {gifti, ascii}، - فرمت سطحی {گیفتی، اسکی}
فرمت خروجی سطوح: 'ascii' (پیش فرض - در حال حاضر) یا 'gifti'

-T, --قالب
نشان دهید که حجم آزمایشی (ارائه شده توسط '-e'، '-a'، یا '-x') در
فضای قالب با این کار "-Alineate_opts'-maxrot 10" اضافه می شود -maxshf 10 -maxscl 1.5''
به --aea_opts

-t, --یادداشت
نشان دهید که حجم آزمایشی (ارائه شده توسط '-e'، '-a'، یا '-x') در
فضای قالب

این تابع *تجربی* است. با استفاده از --زیاد نوشتن گزینه ممکن است حذف و/یا بازنویسی کند
فایل های موجود

با استفاده از خدمات onworks.net از pymvpa2-prep-afni-surf آنلاین استفاده کنید