این دستور sam-stats است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
sam-stats - ea-utils: تولید آمار هضم شده
خلاصه
sam-stats [گزینه های] [file1] [file2...فایلن]
شرح
نسخه: 1.38.681
تعداد زیادی آمار قابل هضم را برای فایل های فهرست شده تولید می کند
گزینه ها (پیش فرض در پرنس):
-D ترازهای متعدد را پیگیری کنید -O PREFIX فعال کردن پیشوند خروجی
خروجی توسعه یافته (به زیر مراجعه کنید) -R پوشش FIL/خروجی RNA (پوشش، بایاس 3 و غیره،
دلالت دارد -A) -A همه chr sigs را گزارش کنید، حتی اگر بیش از 1000 باشد -b INT
تعداد خوانده شده برای نمونه برای هر پایه آماری (1M) -S INT اندازه ascii-signature
(30) -x پسوند فایل FIL برای مدیریت چندین فایل (آمار) -M تنها
بازنویسی اگر جدیدتر باشد (نیاز دارد -xیا چندین فایل) -B ورودی بام است، نکن
زحمت نگاه کردن به جادو -z وقتی صفر ورودی در sam نیست شکست نخورید
خروجی:
اگر یک فایل مشخص شده باشد، خروجی آن استاندارد است. اگر چندین فایل هستند
مشخص شده، یا اگر -x گزینه ارائه شده است، فایل خروجی است . . پیش فرض
پسوند "آمار" است.
آمار کامل:
: میانگین، حداکثر، stdev، میانه، Q1 (صدک 25)، Q3
می‌خواند: # از ورودی‌های فایل sam، ممکن است # خوانده نشده باشد
phred : مقیاس phred استفاده می شود
bsize: # خواندن برای آمارهای کیفی استفاده می شود
نقشه برداری می خواند
: تعداد خواندن های تراز شده (توالی های شناسه پروب منحصر به فرد)
پایگاه های نقشه برداری شده
: مجموع طول های خوانده شده تراز شده
رو به جلو
: تعداد قرائت های تراز جلو
معکوس
: تعداد قرائت های تراز معکوس
نرخ snp
: مبانی ناهماهنگ / کل پایه ها (نرخ snv)
نرخ اینچ
: درج پایه ها / پایه های کل
نرخ حذف
: پایه های حذف شده / کل پایه ها
عدم تطابق pct
: درصد از خوانده‌هایی که ناهماهنگی دارند
pct تراز
: درصد از خواندنی که تراز شد
لن
: خواندن آمار طول، در صورت ثابت بودن نادیده گرفته می شود
mapq
: آمار برای کیفیت های نقشه برداری
درج کنید
: آمار برای اندازه های درج
% : درصد پایگاه های نقشه برداری شده در هر chr، به دنبال آن یک امضا
زیر نمونه برداری شده آمار (1 M می خواند حداکثر):
کیفیت پایه : آمار برای کیفیت های پایه %A,%T,%C,%G : درصد پایه
معنی of la در هر کروموزوم امضا:
یک آسکی-هیستوگرام نقشه برداری شده بر اساس موقعیت کروموزوم خوانده می شود. تنها در صورتی خروجی است که
SAM/BAM اصلی دارای هدر است. مقادیر log2 از # قرائت های نقشه برداری شده در هستند
هر موقعیت + ascii '0'.
تمدید شده تولید حالت تولید می کند a تنظیم of فایل ها:
.stats: خروجی اولیه
.fastx: خروجی سازگار با fastx-toolkit
rcov: شمارش و پوشش هر مرجع
.xdist: توزیع عدم تطابق
.ldist: توزیع طول (در صورت وجود)
mqdist
: توزیع کیفیت نقشه برداری
از sam-stats آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
