این دستور scoparsee است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
scoparse - فایل DCF را از فایل های خام SCOP تولید کنید.
خلاصه
کم حجم -کلاس فایل پرونده -Desinfile پرونده -قسمت های بینی بولی -نومولتی زنجیره بولی
[-نامزد بولی] -dcffile مجموعه
کم حجم -کمک
شرح
کم حجم یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "Utils:Database creation" است.
OPTIONS
ورودی بخش
-کلاس فایل پرونده
این گزینه نام فایل طبقه بندی SCOP خام dir.cla.scop.txt_X.XX را مشخص می کند.
(ورودی). این فایل طبقه بندی خام SCOP است که در اینجا موجود است
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.cla.scop.txt_1.57.
-Desinfile پرونده
این گزینه نام فایل توضیحات SCOP خام dir.des.scop.txt_X.XX را مشخص می کند.
(ورودی). این فایل توضیحات خام SCOP در دسترس است
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.des.scop.txt_1.57.
ضروری بخش
-قسمت های بینی بولی
این گزینه مشخص می کند که آیا دامنه های متشکل از بیش از یک بخش حذف شوند یا خیر.
اگر یک توالی باقیمانده پیوسته مورد نیاز باشد، لازم است. مقدار پیش فرض: N
-نومولتی زنجیره بولی
این گزینه مشخص می‌کند که آیا دامنه‌هایی که دارای بخش‌هایی از بیش از یک هستند حذف شوند
زنجیر. اگر یک توالی باقیمانده پیوسته مورد نیاز باشد، لازم است. مقدار پیش فرض:
N
اضافی بخش
-نامزد بولی
این گزینه مشخص می‌کند که آیا دامنه‌ها از کلاس‌های کوچک حذف شوند (به عنوان هر چیزی تعریف می‌شوند
نه در کلاس «همه پروتئین‌های آلفا»، «همه پروتئین‌های بتا»، «پروتئین‌های آلفا و بتا»
(a/b)' یا 'پروتئین های آلفا و بتا (a+b)'). این برای بسیاری لازم یا مناسب است
تجزیه و تحلیل مقدار پیش فرض: N
تولید بخش
-dcffile مجموعه
این گزینه نام فایل SCOP DCF (فایل طبقه بندی دامنه) (خروجی) را مشخص می کند.
یک «فایل طبقه‌بندی دامنه» حاوی طبقه‌بندی و داده‌های دیگر برای دامنه‌های از
پایگاه های داده SCOP یا CATH فایل با استفاده از DOMAINER تولید شده و به صورت DCF است
فرمت (مانند EMBL). اطلاعات توالی دامنه را می توان با استفاده از آن به فایل اضافه کرد
DOMAINSEQS. مقدار پیش فرض: test.scop
با استفاده از خدمات onworks.net از scoparsee آنلاین استفاده کنید
