این دستور showpepe است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
showpep - توالی های پروتئین را با ویژگی ها در قالب زیبا نمایش می دهد
خلاصه
showpep -توالی seqall قالب فهرست -چیزها فهرست [-حروف بزرگ محدوده] [-برجسته محدوده]
[حاشیه نویسی محدوده] [منطبق با منبع رشته] [-تطابق نوع رشته] [-مین امتیاز شناور]
[-حداکثر امتیاز شناور] [تگ مطابقت رشته] [-مطابقت با ارزش رشته] [برچسب های سختگیرانه بولی]
سه نفره بولی -عدد بولی -عرض عدد صحیح -طول عدد صحیح
-لبه عدد صحیح -سیب زمینی شیرین بولی -شرح بولی -انحراف عدد صحیح -html بولی
-outfile مجموعه
showpep -کمک
شرح
showpep یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "نمایش" است.
OPTIONS
ورودی بخش
-توالی seqall
ضروری بخش
قالب فهرست
مقدار پیش فرض: 2
-چیزها فهرست
فهرستی از یک یا چند کاراکتر کد را به ترتیبی که می خواهید چیزها را مشخص کنید
یکی بالای دیگری در پایین صفحه نمایش داده شود. به عنوان مثال اگر می خواهید چیزهایی را ببینید
به ترتیب نمایش داده می شود: دنباله، خط تیک، خط خالی. سپس شما باید وارد شوید
'S,T,B'. مقدار پیش‌فرض: B,N,T,S,A,F
اضافی بخش
-حروف بزرگ محدوده
مناطق برای قرار دادن با حروف بزرگ. اگر این خالی باقی بماند، مورد توالی باقی می‌ماند
تنها. مجموعه ای از مناطق با مجموعه ای از جفت موقعیت ها مشخص می شود. موقعیت ها هستند
اعداد صحیح آنها با هر کاراکتر غیر رقمی و غیر آلفا از هم جدا می شوند. نمونه هایی از منطقه
مشخصات عبارتند از: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99
-برجسته محدوده
مناطق برای رنگ آمیزی در صورت قالب بندی برای HTML. اگر این خالی بماند، دنباله آن است
تنها مانده مجموعه ای از مناطق با مجموعه ای از جفت موقعیت ها مشخص می شود. را
موقعیت ها اعداد صحیح هستند آنها با هر رنگ فونت معتبر HTML دنبال می شوند. نمونه هایی از
مشخصات منطقه عبارتند از: 24-45 آبی 56-78 نارنجی 1-100 سبز 120-156 قرمز یک فایل
محدوده به رنگ (یک محدوده در هر خط) می تواند به عنوان '@filename' مشخص شود.
حاشیه نویسی محدوده
مناطق برای حاشیه نویسی با علامت گذاری. اگر این قسمت خالی بماند، هیچ حاشیه‌نویسی اضافه نمی‌شود. آ
مجموعه ای از مناطق با مجموعه ای از جفت موقعیت ها به دنبال متن اختیاری مشخص می شود.
موقعیت ها اعداد صحیح هستند. آنها با هر متنی دنبال می شوند (اما نه اعداد وقتی روی آن هستند
خط فرمان). نمونه هایی از مشخصات منطقه عبارتند از: 24-45 دامنه جدید 56-78 مطابقت به
Mouse 1-100 قسمت اول 120-156 oligo فایلی از محدوده ها برای حاشیه نویسی (یک محدوده در هر خط)
را می توان به عنوان '@filename' مشخص کرد.
ویژگی نمایش گزینه های
منطبق با منبع رشته
به طور پیش فرض هر منبع ویژگی در جدول ویژگی نشان داده شده است. شما می توانید این را برای مطابقت تنظیم کنید
هر منبع ویژگی که می خواهید نشان دهید. نام منبع معمولاً یا نام آن است
برنامه ای که ویژگی را شناسایی کرده است یا جدول ویژگی ها (به عنوان مثال: EMBL) است
ویژگی از منبع ممکن است با استفاده از "*" علامت گذاری شود. اگر می خواهید بیشتر نشان دهید
بیش از یک منبع، نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال: ژن* | embl پیش فرض
ارزش: *
-تطابق نوع رشته
به طور پیش فرض هر نوع ویژگی در جدول ویژگی نشان داده شده است. شما می توانید این را برای مطابقت تنظیم کنید
هر نوع ویژگی که می خواهید نشان دهید. دیدن http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ برای یک لیست
از انواع ویژگی های EMBL و ضمیمه A کتابچه راهنمای کاربر Swissprot را ببینید
http://www.expasy.org/sprot/userman.html برای لیستی از انواع ویژگی های Swissprot.
این نوع ممکن است با استفاده از "*" علامت گذاری شود. اگر می خواهید بیش از یک نوع را نشان دهید،
نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال: *UTR | اینترون مقدار پیش فرض: *
-مین امتیاز شناور
حداقل امتیاز ویژگی برای نمایش (همچنین به حداکثر امتیاز مراجعه کنید) مقدار پیش فرض: 0.0
-حداکثر امتیاز شناور
حداکثر امتیاز ویژگی برای نمایش اگر حداقل امتیاز و حداکثر امتیاز صفر باشند (
پیش فرض)، سپس هر نمره نادیده گرفته می شود مقدار پیش فرض: 0.0
تگ مطابقت رشته
برچسب ها انواع مقادیر اضافی هستند که یک ویژگی ممکن است داشته باشد. به طور پیش فرض هر برچسب ویژگی
در جدول ویژگی نشان داده شده است. می توانید این را طوری تنظیم کنید که با هر تگ ویژگی که می خواهید مطابقت داشته باشد
نشان دادن تگ ممکن است با استفاده از "*" حروف اضافه شود. اگر می خواهید بیش از یک برچسب را نشان دهید،
نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال: ژن | برچسب مقدار پیش فرض: *
-مطابقت با ارزش رشته
مقادیر تگ مقادیر مرتبط با تگ ویژگی هستند. برچسب ها انواع اضافی هستند
مقادیری که یک ویژگی ممکن است داشته باشد. به طور پیش فرض هر مقدار تگ ویژگی در جدول ویژگی
نشان داده شده است. می توانید این را طوری تنظیم کنید که با هر مقدار تگ ویژگی که می خواهید نشان دهید مطابقت داشته باشد. برچسب
مقدار ممکن است با استفاده از "*" درج شود. اگر می خواهید بیش از یک مقدار تگ را نشان دهید،
نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال: pax* | 10 مقدار پیش فرض: *
برچسب های سختگیرانه بولی
به طور پیش فرض اگر هر جفت برچسب/مقدار در یک ویژگی با برچسب و مقدار مشخص شده مطابقت داشته باشد،
سپس تمام جفت‌های برچسب/مقدار آن ویژگی نمایش داده می‌شوند. اگر قرار است این باشد
درست است، سپس فقط آن جفت‌های برچسب/مقدار در یک ویژگی که با تگ مشخص شده مطابقت دارند و
مقدار نمایش داده خواهد شد. مقدار پیش فرض: N
بیشتر بخش
سه نفره بولی
مقدار پیش فرض: N
-عدد بولی
مقدار پیش فرض: N
-عرض عدد صحیح
مقدار پیش فرض: 60
-طول عدد صحیح
-لبه عدد صحیح
مقدار پیش فرض: 10
-سیب زمینی شیرین بولی
اگر نمی‌خواهید شناسه پیش‌فرض دنباله نمایش داده شود، آن را نادرست تنظیم کنید
ارزش: Y
-شرح بولی
اگر نمی‌خواهید توضیحات دنباله نمایش داده شود، این را نادرست تنظیم کنید
مقدار پیش فرض: Y
-انحراف عدد صحیح
مقدار پیش فرض: 1
-html بولی
مقدار پیش فرض: N
تولید بخش
-outfile مجموعه
با استفاده از خدمات onworks.net از showpepe آنلاین استفاده کنید
