shuffle - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

shuffle - توالی ها را در یک فایل توالی تصادفی کنید

خلاصه

مخلوط کردن [گزینه ها] seqfile

شرح

مخلوط کردن یک فایل دنباله ای را می خواند seqfile هر دنباله را تصادفی می کند و تصادفی را چاپ می کند
دنباله ها در قالب FASTA در خروجی استاندارد. نام دنباله ها بدون تغییر هستند. این
به شما امکان می دهد در صورت لزوم منبع هر دنباله تصادفی را ردیابی کنید.

پیش‌فرض این است که به سادگی هر یک از دنباله‌های ورودی را به هم بزنیم و ترکیب تک نماد را حفظ کنیم
دقیقا. به هم زدن هر دنباله با حفظ تک نماد و دو نماد آن
ترکیب دقیقا، استفاده از -d گزینه.

La -0 و -1 گزینه ها به شما امکان می دهند دنباله هایی با همان ویژگی های مارکوف ایجاد کنید
هر دنباله ورودی با -0، برای هر دنباله ورودی، آمار مارکوف مرتبه 0 است
جمع آوری می شود (به عنوان مثال ترکیب نماد)، و یک دنباله جدید با همان تولید می شود
ترکیب بندی. با -1، دنباله تولید شده همان ویژگی های مارکوف مرتبه اول را دارد
دنباله ورودی (مثلاً همان فرکانس های بی نماد).

توجه داشته باشید که پیش فرض و -0، or -d و -1، شبیه هستند؛ الگوریتم های به هم زدن حفظ می شوند
ترکیب دقیقاً، در حالی که الگوریتم‌های مارکوف فقط انتظار دارند یک دنباله از
ترکیب مشابه به طور متوسط

سایر الگوریتم های به هم زدن نیز در دسترس هستند، همانطور که در زیر در گزینه ها مستند شده است.

OPTIONS

-0 فرکانس‌های مارکوف مرتبه 0 را برای هر دنباله ورودی محاسبه کنید (مثلاً باقیمانده
ترکیب بندی)؛ توالی خروجی را با استفاده از همان فرکانس‌های مارکوف مرتبه صفر تولید کنید.

-1 فرکانس‌های مارکوف مرتبه اول را برای هر دنباله ورودی محاسبه کنید (مثلاً باقیمانده
ترکیب بندی)؛ توالی خروجی را با استفاده از همان فرکانس‌های مارکوف مرتبه اول تولید کنید.
اولین باقیمانده دنباله خروجی همیشه با اولین باقی مانده از یکسان است
دنباله ورودی

-d توالی ورودی را با حفظ تک‌نماد و دو نماد به هم بزنید
ترکیب دقیقا از الگوریتم منتشر شده توسط SF Altschul و BW استفاده می کند
اریکسون، مول. Biol. تکامل. 2:526-538، 1985.

-h چاپ راهنمای مختصر. شامل شماره نسخه و خلاصه همه گزینه ها از جمله
گزینه های متخصص

-l فقط به طول هر دنباله ورودی نگاه کنید. تولید یک پروتئین خروجی iid
دنباله ای از آن طول، با استفاده از فرکانس های تک باقی مانده معمولی پروتئین ها (گرفته شده
از Swissprot 35).

-n ساخت تصادفی سازی های مختلف از هر دنباله ورودی در seqfile به جای
پیش فرض یک

-r توالی خروجی را با معکوس کردن دنباله ورودی ایجاد کنید. (بنابراین فقط یک
"تصادفی سازی" در هر دنباله ورودی ممکن است، بنابراین ارزش استفاده از آن را ندارد -n اگر شما
از معکوس استفاده کنید.)

-t هر دنباله ورودی را به طول ثابت دقیقاً کوتاه کنید باقی مانده ها اگر
دنباله ورودی کوتاهتر از دور انداخته می شود (بنابراین فایل خروجی ممکن است
حاوی توالی های کمتری نسبت به فایل ورودی). اگر دنباله ورودی بیشتر از
یک دنباله پیوسته به طور تصادفی انتخاب می شود.

-w هر دنباله ورودی را در اندازه های پنجره به صورت منطقه ای به هم بزنید ، حفظ محلی
ترکیب باقی مانده در هر پنجره احتمالاً الگوریتم مخلوط کردن بهتری برای
توالی های زیستی با ترکیب باقیمانده غیر ثابت (مثلاً ترکیبی که است
در طول توالی متفاوت است، مانند بین ایزوکورهای مختلف در ژنوم انسان
توالی).

-B (بابل ماهی). تشخیص خودکار و خواندن فرمت فایل دنباله ای غیر از حالت پیش فرض
(فاستا). تقریباً هر فرمت فایل متداول دنباله ای شناخته شده است (از جمله Genbank،
فرمت‌های توالی بدون تراز EMBL، SWISS-PROT، PIR، و GCG و استکهلم، GCG MSF،
و فرمت های تراز کلاسال). برای فهرست کامل به اسناد چاپی مراجعه کنید
از فرمت های پشتیبانی شده

EXPERT OPTIONS

-- اطلاعات
مشخص کنید که فایل sequence در فرمت باشد ، به جای FASTA پیش فرض
قالب نمونه های رایج عبارتند از Genbank، EMBL، GCG، PIR، Stockholm، Clustal، MSF،
یا PHYLIP؛ برای مشاهده لیست کامل فرمت های پذیرفته شده به اسناد چاپی مراجعه کنید
نام ها این گزینه فرمت پیش‌فرض مورد انتظار (FASTA) و -B
گزینه تشخیص خودکار بابل ماهی

-- گره
هیچ توضیح توالی را در فایل خروجی خروجی ندهید، فقط نام دنباله ها را در خروجی قرار دهید.

-- دانه
دانه اعداد تصادفی را روی . اگر می خواهید نتایج قابل تکرار داشته باشید، از همان استفاده کنید
هر بار دانه به صورت پیش فرض، مخلوط کردن هر بار از دانه متفاوتی استفاده می کند، بنابراین این کار را نمی کند
همان خروجی را در اجراهای بعدی با همان ورودی ایجاد کنید.

با استفاده از سرویس‌های onworks.net از shuffle آنلاین استفاده کنید