این دستور sirnae است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
sirna - دوبلکس siRNA را در mRNA پیدا می کند
خلاصه
سیرنا -توالی seqall [-poliii بولی] [-اا بولی] [-بله بولی] [-پلی بیس بولی]
-outfile گزارش -بیرون sequoutall [-متن نوشته بولی]
سیرنا -کمک
شرح
سیرنا یک برنامه خط فرمان از EMBOSS («نرم‌افزار باز زیست‌شناسی مولکولی اروپا» است
سوئیت»). این بخشی از دستور "Nucleic:Functional sites,Nucleic:2D structure" است.
گروه ها).
OPTIONS
ورودی بخش
-توالی seqall
دنباله ورودی گزینه های
-poliii بولی
این گزینه به شما امکان می دهد فقط 21 پروب پایه را انتخاب کنید که با پورین و شروع می شوند
بنابراین می توان از بردارهای بیانی Pol III بیان کرد. این است NARN(17) الگوی YNN
که توسط توشل و همکاران پیشنهاد شده است. مقدار پیش فرض: N
-اا بولی
این گزینه به شما امکان می دهد فقط آن 23 ناحیه پایه را انتخاب کنید که با AA شروع می شوند. اگر
این گزینه انتخاب نشده است، سپس مناطقی که با AA شروع می شوند با دادن مورد علاقه قرار می گیرند
آنها امتیاز بالاتری دارند، اما مناطقی که با AA شروع نمی شوند نیز گزارش خواهند شد.
مقدار پیش فرض: N
-بله بولی
این گزینه به شما امکان می دهد فقط آن 23 ناحیه پایه را انتخاب کنید که به TT ختم می شوند. اگر این
گزینه انتخاب نشده است، سپس مناطقی که به TT ختم می شوند با دادن یک علامت به آنها ترجیح داده می شوند
امتیاز بالاتر، اما مناطقی که به TT ختم نمی شوند نیز گزارش خواهند شد. پیش فرض
ارزش: N
-پلی بیس بولی
اگر این گزینه FALSE باشد، فقط آن 23 ناحیه پایه که تکرار 4 یا ندارند
تعداد بیشتری از پایگاه های متوالی گزارش خواهد شد. هیچ منطقه ای هرگز گزارش داده نخواهد شد
دارای 4 یا بیشتر G در یک ردیف. مقدار پیش فرض: Y
تولید بخش
-outfile گزارش
خروجی جدولی از قسمت های رو به جلو و معکوس 21 پایه siRNA دوبلکس است.
هر دو دنباله رو به جلو و معکوس 5' تا 3' نوشته شده اند و آماده سفارش هستند. را
دو پایه آخر با 'dTdT' جایگزین شده اند. موقعیت شروع پایه 23
منطقه و محتوای %GC نیز داده شده است. اگر می خواهید پایه 23 را کامل ببینید
sequence، سپس یا به دنباله در فایل خروجی دیگر نگاه کنید یا از آن استفاده کنید
واجد شرایط '-context' که 23 پایه دنباله رو به جلو را در این نمایش می دهد
گزارش با دو پایه اول در پرانتز. این دو پایه اول بخشی از آن را تشکیل نمی دهند
پروب siRNA که باید سفارش داده شود.
-بیرون sequoutall
این فایلی از دنباله های 23 ناحیه پایه ای است که siRNA ها انتخاب شده اند
از جانب. می‌توانید از آن برای جستجو در پایگاه‌های داده mRNA (مثلا REFSEQ) برای تأیید آن استفاده کنید
کاوشگرها منحصر به ژنی هستند که می خواهید از آن استفاده کنید.
-متن نوشته بولی
فایل گزارش خروجی توالی های 21 ناحیه siRNA پایه را آماده می کند
سفارش داده شده. این به شما نشانی از 2 پایه قبل از 21 پایه نمی دهد. آی تی
اغلب جالب است که ببینیم کدام یک از مناطق کاوشگر احتمالی پیشنهادی دارای "AA" هستند.
در مقابل آنها (یعنی مفید است که ببینید کدام یک از 23 ناحیه پایه با یک شروع می شود
'AA'). این گزینه کل 23 پایه منطقه را با دو پایه اول نمایش می دهد
در پرانتز، به عنوان مثال '(AA)' تا به شما زمینه ای برای منطقه کاوشگر بدهد. تو نباید
هنگامی که برای پروب ها سفارش می دهید، دو پایه را در براکت ها قرار دهید. پیش فرض
ارزش: N
از sirnae آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
