twofeate - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

twofeat - جفت ویژگی های همسایه را در دنباله(ها) پیدا می کند

خلاصه

twofeat -توالی seqall [-منبع رشته] -یک نوع رشته [-یک حس فهرست] [-آمین اسکور شناور]
[-amaxscore شناور] [برچسب زدن رشته] [-ارزش رشته] [-bsource رشته] -btype رشته
[-bsense فهرست] [-bminscore شناور] [-bmaxscore شناور] [-btag رشته]
[-bvalue رشته] [-همپوشانی فهرست] -مین برد عدد صحیح -Maxrange عدد صحیح
[-نوع محدوده فهرست] [-احساس، مفهوم فهرست] [-سفارش فهرست] [-دوتا تغییر وضعیت] -تایپ کردن رشته
-outfile گزارش

twofeat -کمک

شرح

twofeat یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "جدول ویژگی" است.

OPTIONS

ورودی بخش
-توالی seqall

نام خانوادگی از ویژگی های گزینه های
-منبع رشته
به طور پیش فرض هر منبع ویژگی در جدول ویژگی مجاز است. می توانید این را تنظیم کنید
با هر منبع ویژگی که می خواهید اجازه دهید مطابقت دهید. نام منبع معمولاً یا نام است
برنامه ای که ویژگی را شناسایی کرده است یا جدول ویژگی ها (به عنوان مثال: EMBL) است که
این ویژگی از منبع ممکن است با استفاده از "*" علامت گذاری شود. اگر مایل هستید اجازه دهید
بیش از یک منبع، نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال: ژن* | امبل
مقدار پیش فرض: *

-یک نوع رشته
به طور پیش فرض هر ویژگی در جدول ویژگی مجاز است. شما می توانید این را به هر نوع تنظیم کنید
نوع ویژگی که می خواهید اجازه دهید دیدن http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ برای فهرستی از
انواع ویژگی EMBL را ببینید و به ضمیمه A کتابچه راهنمای کاربر Swissprot مراجعه کنید
http://www.expasy.org/sprot/userman.html برای لیستی از انواع ویژگی های Swissprot.
این نوع ممکن است با استفاده از "*" علامت گذاری شود. اگر می خواهید به بیش از یک نوع اجازه دهید،
نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال: *UTR | اینترون مقدار پیش فرض: *

-یک حس فهرست
به طور پیش‌فرض هرگونه حس ویژگی مجاز است. شما می توانید این را برای مطابقت با حس مورد نیاز تنظیم کنید.

-آمین اسکور شناور
اگر این بیشتر یا مساوی با حداکثر امتیاز باشد، هر امتیازی مجاز است.
مقدار پیش فرض: 0.0

-amaxscore شناور
اگر این کمتر یا مساوی با حداکثر امتیاز باشد، هر امتیازی مجاز است.
مقدار پیش فرض: 0.0

برچسب زدن رشته
برچسب ها انواع مقادیر اضافی هستند که یک ویژگی ممکن است داشته باشد. به عنوان مثال در EMBL
جدول ویژگی، یک نوع ویژگی «CDS» ممکن است دارای برچسب‌های «/codon»، «/codon_start» باشد،
'/db_xref'، '/EC_number'، '/Evidence'، '/exception'، '/function'، '/gene'، '/label'،
'/map'، '/note'، '/number'، '/جزئی'، '/product'، '/protein_id'، '/شبه'،
'/standard_name'، '/translation'، '/transl_except'، '/transl_table' یا '/usedin'.
برخی از این تگ ها مقادیری نیز دارند، برای مثال '/gene' می تواند مقدار the را داشته باشد
نام ژن به طور پیش فرض هر برچسب ویژگی در جدول ویژگی مجاز است. می توانید تنظیم کنید
این برای مطابقت با هر برچسب ویژگی که مایلید اجازه دهید مطابقت داشته باشد. برچسب ممکن است با استفاده از حروف اضافه شود
'*'. اگر می خواهید به بیش از یک برچسب اجازه دهید، نام آنها را با کاراکتر جدا کنید
'|'، به عنوان مثال: ژن | برچسب مقدار پیش فرض: *

-ارزش رشته
مقادیر تگ مقادیر مرتبط با تگ ویژگی هستند. برچسب ها انواع اضافی هستند
مقادیری که یک ویژگی ممکن است داشته باشد. برای مثال در جدول ویژگی EMBL، یک نوع CDS از
ویژگی ممکن است دارای برچسب‌های '/codon'، '/codon_start'، '/db_xref'، '/EC_number'،
'/شواهد'، '/ استثنا'، '/تابع'، '/ژن'، '/برچسب'، '/نقشه'، '/توجه'، '/شماره'،
'/جزئی'، '/محصول'، '/protein_id'، '/شبه'، '/نام_استاندارد'، '/ترجمه'،
'/transl_except'، '/transl_table'، یا '/usedin'. فقط برخی از این برچسب ها می توانند داشته باشند
مقادیر، به عنوان مثال '/gene' می تواند مقدار نام ژن را داشته باشد. به طور پیش فرض هر
مقدار تگ ویژگی در جدول ویژگی مجاز است. می توانید این را برای مطابقت با هر کدام تنظیم کنید
مقدار تگ ویژگی که می خواهید اجازه دهید. مقدار تگ ممکن است با استفاده از "*" درج شود. اگر
شما می خواهید به بیش از یک مقدار تگ اجازه دهید، نام آنها را با کاراکتر جدا کنید
'|'، به عنوان مثال: pax* | 10 مقدار پیش فرض: *

دوم از ویژگی های گزینه های
-bsource رشته
به طور پیش فرض هر منبع ویژگی در جدول ویژگی مجاز است. می توانید این را تنظیم کنید
با هر منبع ویژگی که می خواهید اجازه دهید مطابقت دهید. نام منبع معمولاً یا نام است
برنامه ای که ویژگی را شناسایی کرده است یا جدول ویژگی ها (به عنوان مثال: EMBL) است که
این ویژگی از منبع ممکن است با استفاده از "*" علامت گذاری شود. اگر مایل هستید اجازه دهید
بیش از یک منبع، نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال: ژن* | امبل
مقدار پیش فرض: *

-btype رشته
به طور پیش فرض هر ویژگی در جدول ویژگی مجاز است. شما می توانید این را به هر نوع تنظیم کنید
نوع ویژگی که می خواهید اجازه دهید دیدن http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ برای فهرستی از
انواع ویژگی EMBL را ببینید و به ضمیمه A کتابچه راهنمای کاربر Swissprot مراجعه کنید
http://www.expasy.org/sprot/userman.html برای لیستی از انواع ویژگی های Swissprot.
این نوع ممکن است با استفاده از "*" علامت گذاری شود. اگر می خواهید به بیش از یک نوع اجازه دهید،
نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال: *UTR | اینترون مقدار پیش فرض: *

-bsense فهرست
به طور پیش‌فرض هرگونه حس ویژگی مجاز است. شما می توانید این را برای مطابقت با حس مورد نیاز تنظیم کنید.

-bminscore شناور
اگر این بیشتر یا مساوی با حداکثر امتیاز باشد، هر امتیازی مجاز است.
مقدار پیش فرض: 0.0

-bmaxscore شناور
اگر این کمتر یا مساوی با حداکثر امتیاز باشد، هر امتیازی مجاز است.
مقدار پیش فرض: 0.0

-btag رشته
برچسب ها انواع مقادیر اضافی هستند که یک ویژگی ممکن است داشته باشد. به عنوان مثال در EMBL
جدول ویژگی، یک نوع ویژگی «CDS» ممکن است دارای برچسب‌های «/codon»، «/codon_start» باشد،
'/db_xref'، '/EC_number'، '/Evidence'، '/exception'، '/function'، '/gene'، '/label'،
'/map'، '/note'، '/number'، '/جزئی'، '/product'، '/protein_id'، '/شبه'،
'/standard_name'، '/translation'، '/transl_except'، '/transl_table' یا '/usedin'.
برخی از این تگ ها مقادیری نیز دارند، برای مثال '/gene' می تواند مقدار the را داشته باشد
نام ژن به طور پیش فرض هر برچسب ویژگی در جدول ویژگی مجاز است. می توانید تنظیم کنید
این برای مطابقت با هر برچسب ویژگی که مایلید اجازه دهید مطابقت داشته باشد. برچسب ممکن است با استفاده از حروف اضافه شود
'*'. اگر می خواهید به بیش از یک برچسب اجازه دهید، نام آنها را با کاراکتر جدا کنید
'|'، به عنوان مثال: ژن | برچسب مقدار پیش فرض: *

-bvalue رشته
مقادیر تگ مقادیر مرتبط با تگ ویژگی هستند. برچسب ها انواع اضافی هستند
مقادیری که یک ویژگی ممکن است داشته باشد. برای مثال در جدول ویژگی EMBL، یک نوع CDS از
ویژگی ممکن است دارای برچسب‌های '/codon'، '/codon_start'، '/db_xref'، '/EC_number'،
'/شواهد'، '/ استثنا'، '/تابع'، '/ژن'، '/برچسب'، '/نقشه'، '/توجه'، '/شماره'،
'/جزئی'، '/محصول'، '/protein_id'، '/شبه'، '/نام_استاندارد'، '/ترجمه'،
'/transl_except'، '/transl_table'، یا '/usedin'. فقط برخی از این برچسب ها می توانند داشته باشند
مقادیر، به عنوان مثال '/gene' می تواند مقدار نام ژن را داشته باشد. به طور پیش فرض هر
مقدار تگ ویژگی در جدول ویژگی مجاز است. می توانید این را برای مطابقت با هر کدام تنظیم کنید
مقدار تگ ویژگی که می خواهید اجازه دهید. مقدار تگ ممکن است با استفاده از "*" درج شود. اگر
شما می خواهید به بیش از یک مقدار تگ اجازه دهید، نام آنها را با کاراکتر جدا کنید
'|'، به عنوان مثال: pax* | 10 مقدار پیش فرض: *

ویژگی ارتباط گزینه های
-همپوشانی فهرست
این به شما امکان می دهد تا همپوشانی های مجاز ویژگی های A و B را مشخص کنید. می توانید اجازه دهید
هر گونه همپوشانی یا عدم همپوشانی، مشخص کنید که باید یا نباید همپوشانی داشته باشند، باید یا باید
به طور کامل در یک ویژگی دیگر محصور نشود. مقدار پیش فرض: A

-مین برد عدد صحیح
اگر این بزرگتر یا مساوی با 'maxrange' باشد، هیچ محدوده حداقل یا حداکثری مشخص نمی شود

-Maxrange عدد صحیح
اگر این کمتر یا مساوی با 'minrange' باشد، هیچ محدوده حداقل یا حداکثری مشخص نمی شود

-نوع محدوده فهرست
این به شما امکان می دهد موقعیت هایی را مشخص کنید که حداقل یا حداکثر مجاز از آن ها هستند
فاصله بین ویژگی ها اندازه گیری می شود مقدار پیش فرض: N

-احساس، مفهوم فهرست
این به شما امکان می دهد حس مورد نیازی را که دو ویژگی باید روشن باشند را مشخص کنید. این
هنگام مشاهده ویژگی های توالی پروتئین نادیده گرفته می شود (همیشه "هر"). مقدار پیش فرض: A

-سفارش فهرست
این به شما امکان می دهد ترتیب مورد نیاز دو ویژگی را مشخص کنید. دستور است
از موقعیت های شروع ویژگی ها اندازه گیری می شود. این معیار همیشه اعمال می شود
با وجود نوع همپوشانی مشخص شده مورد نیاز. مقدار پیش فرض: A

تولید بخش
-دوتا تغییر وضعیت
اگر این را درست تنظیم کنید، خود دو ویژگی نوشته می‌شوند. اگر
به عنوان نادرست رها می شود، سپس یک ویژگی واحد نوشته می شود که این دو را پوشش می دهد
ویژگی هایی که پیدا کردید مقدار پیش فرض: N

-تایپ کردن رشته
اگر مشخص کرده اید که جفت ویژگی هایی که پیدا می شوند باید به عنوان گزارش شوند
یک ویژگی در خروجی، سپس می توانید نام "نوع" ویژگی جدید را مشخص کنید
اینجا. به طور پیش فرض هر ویژگی در جدول ویژگی مجاز است. دیدن
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ برای لیستی از انواع ویژگی های EMBL و ببینید
پیوست A کتابچه راهنمای کاربر Swissprot در http://www.expasy.org/sprot/userman.html
برای لیستی از انواع ویژگی های Swissprot. اگر یک نوع ویژگی نامعتبر را مشخص کنید
نام، سپس از نام پیش فرض «misc_feature» استفاده می شود. مقدار پیش فرض: misc_feature

-outfile گزارش

با استفاده از خدمات onworks.net از twofeate آنلاین استفاده کنید