uchime - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

uchime - یک فایل fasta و فایل مرجع را می خواند و دنباله های کایمریک بالقوه را خروجی می دهد

شرح

دستور chimera.uchime یک فایل fasta و فایل مرجع را می خواند و به طور بالقوه خروجی می دهد
توالی های کایمریک برنامه اصلی uchime توسط Robert C. Edgar نوشته شده است.

خلاصه

uchime -- ورودی query.fasta [--db db.fasta] [--uchimeout results.uchime]

[--uchimealns results.alns]

OPTIONS

-- ورودی نام فایل

دنباله های پرس و جو در قالب FASTA. اگر --db گزینه مشخص نیست، uchime استفاده می کند
تشخیص de novo در حالت de novo، فراوانی نسبی باید توسط یک رشته داده شود
/ab=xxx/ جایی در برچسب، جایی که xxx یک عدد ممیز شناور است، به عنوان مثال
>F00QGH67HG/ab=1.2/.

--db نام فایل

پایگاه داده مرجع در قالب FASTA. اختیاری، اگر مشخص نشده است uchime از نو استفاده می کند
حالت.

***WARNING*** پایگاه داده فقط در رشته مثبت جستجو می شود. شما باید شامل
اگر می‌خواهید هر دو رشته باشند، توالی‌های تکمیل‌شده معکوس در پایگاه داده باشند
جستجو کرد.

-- انحراف x

حداقل کج فراوانی. پیش فرض 1.9. فقط حالت De novo. چولگی فراوانی عبارت است از:

min [ abund(parent1)، abund(parent2) ] / abund (پرس و جو).

--uchimeout نام فایل

خروجی در قالب زبانه با یک رکورد در هر دنباله پرس و جو. اولین فیلد امتیاز است
(h)، فیلد دوم برچسب پرس و جو است. برای جزئیات، به دفترچه راهنما مراجعه کنید.

--uchimealns نام فایل

ترازهای متعدد توالی پرس و جو برای والدین در قالب قابل خواندن توسط انسان.
ترازها ستون‌هایی را با تفاوت‌هایی نشان می‌دهند که از کایمریک پشتیبانی یا در تضاد هستند
مدل.

--minh h

حداقل امتیاز برای گزارش واهی. پیش فرض 0.3. مقادیر از 0.1 تا 5 ممکن است باشد
معقول. مقادیر پایین تر حساسیت را افزایش می دهند اما ممکن است موارد مثبت کاذب بیشتری را گزارش کنند.
اگر کم کردی --xn، ممکن است نیاز به افزایش داشته باشید --minh، و بالعکس.

--mindiv DIV

حداقل نسبت واگرایی، پیش فرض 0.5. نسبت Div 100٪ - ٪ هویت بین پرس و جو است
دنباله و نزدیکترین نامزد برای پدر و مادر بودن. اگه خیلی برات مهم نیست
واهی ها را ببندید، سپس می توانید افزایش دهید --mindiv مثلاً به 1.0 یا 2.0 و همچنین
کاهش -- دقیقه h، برای افزایش حساسیت، به 0.1 بگویید. چقدر خوب این کار می کند
به داده های شما بستگی دارد بهترین کار این است که پارامترها را روی یک معیار خوب تنظیم کنید.

--xn بتا

وزن یک رأی منفی که پارامتر بتا نیز نامیده می شود. پیش فرض 8.0. کاهش این
وزن تا حدود 3 یا 4 ممکن است عملکرد بهتری را در داده های حذف شده ارائه دهد.

--dn n

شبه شمارش قبل از تعداد رای بدون. پیش فرض 1.4. احتمالاً دلیل خوبی برای این کار وجود ندارد
این را تغییر دهید مگر اینکه بتوانید مجدداً به یک معیار خوب برای داده های خود بروید. معقول
مقادیر احتمالاً در محدوده 0.2 تا 2 قرار دارند.

--xa w

وزن یک رای ممتنع پیش‌فرض 1. تا اینجای کار، نتایج چندان زیاد به نظر نمی‌رسد
به این پارامتر حساس است، اما اگر یک مجموعه آموزشی خوب دارید ممکن است ارزش داشته باشد
تلاش کردن مقادیر معقول ممکن است از 0.1 تا 2 متغیر باشد.

-- تکه ها n

تعداد تکه هایی برای استخراج از دنباله پرس و جو هنگام جستجوی والدین.
4 پیش فرض

--[no]ovchunks

[از] تکه های همپوشانی استفاده نکنید. پیش فرض انجام نمی شود.

--minchunk n

حداقل طول یک تکه. پیش فرض 64.

--idsmoothwindow w

طول پنجره صاف کننده شناسه. پیش فرض 32.

--minsmoothid f

حداقل هویت جناحی بر پنجره هموار پدر و مادر نامزد. پیش فرض 0.95.

-- maxp n

حداکثر تعداد والدین نامزدی که باید در نظر گرفته شوند. پیش فرض 2. در آزمایشات تاکنون،
افزایش -- maxp فقط یک بهبود بسیار کوچک در حساسیت ایجاد می کند اما تمایل دارد
میزان خطا را کمی افزایش دهید.

--[بدون]پرش فاصله --[no]skipgaps2

این گزینه ها چگونگی تأثیر ستون های شکاف بر شمارش تفاوت ها را کنترل می کنند. اگر -- skipgaps
مشخص شده است، ستون های حاوی شکاف به عنوان تفاوت یافت نمی شوند. اگر --skipgaps2 is
مشخص شده است، اگر ستون بلافاصله در مجاورت یک ستون حاوی شکاف باشد، آن است
به عنوان یک تفاوت محاسبه نمی شود. پیش فرض است -- skipgaps --skipgaps2.

-- مینلن L --مکسلن L

حداقل و حداکثر طول دنباله. پیش‌فرض‌ها 10، 10000. برای هر دو پرس و جو و
توالی های مرجع

-- ucl

از ترازهای local-X استفاده کنید. پیش فرض global-X است. در آزمایشات تاکنون، global-X همیشه است
بهتر؛ این گزینه حفظ می شود زیرا ممکن است در برخی از انواع آینده به خوبی کار کند
از داده ها

--queryfract f

حداقل کسری از دنباله پرس و جو که باید توسط تراز محلی-X پوشش داده شود.
پیش فرض 0.5. فقط زمانی اعمال می شود -- ucl مشخص شده است.

--ساکت

پیام های پیشرفت را در stderr نمایش ندهید.

-- ثبت نام نام فایل

اطلاعات متفرقه را در فایل لاگ بنویسید. بیشتر مورد علاقه من است (
توسعه دهنده الگوریتم). استفاده کنید -- پرحرف برای دریافت اطلاعات بیشتر

--خود

در حالت پایگاه داده مرجع، اگر دنباله مرجع دارای همان برچسب باشد، آن را حذف کنید
به عنوان پرس و جو این برای محک زدن با استفاده از ref db به عنوان پرس و جو مفید است
تست مثبت کاذب

-- انحراف
کمک

-- جذب
کمک

--abx
کمک

-- همه جفت
کمک

--آلفا
کمک

--باند
کمک

--blast6out
کمک

--[no]blast_termgaps
کمک

--انفجار
کمک

--برآمدگی
کمک

--[no]cartoon_orfs
کمک

-- سی سی
کمک

--chain_value
کمک

--chain_targetfract
کمک

--زنجیره
کمک

-- زنجیر
کمک

-- تکه ها
کمک

--clstr2uc
کمک

--توده
کمک

--clump2fasta
کمک

-- clumpfasta
کمک

-- clumpout
کمک

--خوشه
کمک

--compilerinfo
اطلاعاتی در مورد انواع کامپایلر و #defines برای stdout بنویسید.

--computekl
کمک

--db
کمک

--dbstep
کمک

--[no]denovo
کمک

--درپ
کمک

--diffchar
کمک

--dn
کمک

-- داگ
کمک

-- dropct
کمک

--ارزیابی
کمک

--value_g
کمک

--دقیقا
کمک

--[no]fastalign
کمک

--fastapairs
کمک

--fastq2fasta
کمک

--فیندورفس
کمک

--[no]flushuc
کمک

--قاب
کمک

-- fspenalty
کمک

--gapext
کمک

-- باز شدن
کمک

--getseqs
کمک

-- جهانی
کمک

-- هش کمک

--hashsize
کمک

--کمک نمایش گزینه های خط فرمان

-- اجاره
کمک

--hspalpha
کمک

--شناسه
کمک

--ایدچار
کمک

--iddef
کمک

--idprefix
کمک

-- شناسه ها
کمک

--idsmoothwindow
کمک

پسوند --id
کمک

--indexstats
کمک

-- ورودی
کمک

--[no]insor
کمک

--k
کمک

--ka_dbsize
کمک

--ka_gapped_k
کمک

--ka_gapped_lambda
کمک

--ka_ungapped_k
کمک

--ka_ungapped_lambda
کمک

--[no]label_ab
کمک

--برچسب ها
کمک

--[نه]چپ فقط
کمک

--ext
کمک

-- محلی
کمک

-- ثبت نام
نام فایل لاگ

--[no]log_hothits
کمک

--[no]log_query
کمک

--[no]logmemgrows
کمک

--logopts
گزینه های ثبت نام

--[no]logwordstats
کمک

-- باز کردن
کمک

--makeindex
کمک

--همخوانی داشتن
کمک

-- ماتریس
کمک

-- حداکثر 2
کمک

-- حداکثر می پذیرد
کمک

-- maxclump
کمک

--مکسلن
کمک

-- maxovd
کمک

-- maxp
کمک

-- maxpoly
کمک

-- maxqgap
کمک

-- حداکثر را رد می کند
کمک

--maxspan1
کمک

--maxspan2
کمک

-- حداکثر اهداف
کمک

--maxtgap
کمک

-- mcc
کمک

-- ادغام می شود
کمک

- ادغام
کمک

--minchunk
کمک

--مین کدون ها
کمک

--مادیف ها
کمک

--mindiv
کمک

--minh
کمک

--minhsp
کمک

-- مینلن
کمک

--minorfcov
کمک

--minspanratio1
کمک

--minspanratio2
کمک

--[no]minus_frames
کمک

-- عدم تطابق
کمک

--mkctest
کمک

--[no]nb
کمک

--بهینه
کمک

--orfstyle
کمک

--otusort
کمک

-- خروجی
کمک

--[no]output_rejects
کمک

--probmx
کمک

--پرس و جو
کمک

--queryfract
کمک

--کوریلن
کمک

--ساکت
پیام های پیشرفت را خاموش کنید.

-- دانه رند
کمک

-- واقعی تراز کردن
کمک

--[no]rev
کمک

--[نه]درست است
کمک

-- رولن
کمک

-- ثانیه
کمک

--دانه
کمک

-- دانه دانه
کمک

--seedt1
کمک

--seedt2
کمک

--خود کمک

--[نه] خودباوری
کمک

--simcl
کمک

--[بدون]پرش فاصله
کمک

--[no]skipgaps2
کمک

--مرتب سازی
کمک

-- sortuc
کمک

-- پراکنده
کمک

--sparsedistparams
کمک

--شکاف
کمک

--[no]ssort
کمک

--sspenalty
کمک

--[no]stable_sort
کمک

- ستاره‌ای کردن
کمک

-- قدم قدم ها
کمک

-- رشته
کمک

--targetfract
کمک

-- targetlen
کمک

--tmpdir
کمک

--[بی نشان
کمک

--ترکستات
کمک

--[no]trunclabels
کمک

--[نه]دوهیت
کمک

-- uc
کمک

--uc2clstr
کمک

--uc2fasta
کمک

--uc2fastax
کمک

--اوچیمه
کمک

--uchimealns
کمک

--uchimeout
کمک

--[no]ucl
کمک

-- اوهیره
کمک

-- بدون شکاف
کمک

-فیلدهای کاربری
کمک

--userout
کمک

-- Usersort
کمک

--uslink
کمک

--[no]usort
کمک

--utax
کمک

--[نه] پرحرف
کمک

- نسخه
نمایش نسخه و خروج

--w
کمک

--wiak_value
کمک

--wiak_id
کمک

--[no]wordcountreject
کمک

--[no]weight word
کمک

--xa
کمک

--xdrop_g
کمک

--xdrop_nw
کمک

--xdrop_u
کمک

--xdrop_ug
کمک

--xframe
کمک

--xlat کمک

--xn
کمک

از uchime آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید