vcftools - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

vcftools - تجزیه و تحلیل فایل های VCF

خلاصه

vcftools [OPTIONS]

شرح

برنامه vcftools از خط فرمان اجرا می شود. رابط کاربری از PLINK الهام گرفته شده است و
بنابراین باید تا حد زیادی برای کاربران آن بسته آشنا باشد. دستورات به شکل زیر هستند:

vcftools --vcf file1.vcf --chr 20 --freq

دستور بالا به vcftools می گوید که در فایل file1.vcf بخواند، سایت ها را استخراج کند
کروموزوم 20، و فراوانی آلل را در هر محل محاسبه کنید. آلل حاصل
تخمین فرکانس در فایل خروجی out.freq ذخیره می شود. همانطور که در مثال بالا،
خروجی از vcftools عمدتا به فایل‌های خروجی ارسال می‌شود، برخلاف اینکه روی آن نشان داده می‌شود
صفحه نمایش.

توجه داشته باشید که برخی از دستورات ممکن است فقط در آخرین نسخه vcftools در دسترس باشند. بدست آوردن
در آخرین نسخه، باید از SVN برای پرداخت آخرین کد استفاده کنید، همانطور که در آن توضیح داده شده است
صفحه اصلی.

همچنین توجه داشته باشید که ژنوتیپ های پلی پلوئید در حال حاضر پشتیبانی نمی شوند.

اساسی گزینه
--vcf
این گزینه فایل VCF را برای پردازش تعریف می کند. فایل ها باید از حالت فشرده خارج شوند
قبل از استفاده با vcftools vcftools فایل هایی را با فرمت VCF v4.0، a
که مشخصات آن را می توان در اینجا یافت.

--gzvcf
این گزینه را می توان به جای گزینه --vcf برای خواندن فشرده (gzipped) استفاده کرد.
فایل های VCF به طور مستقیم. توجه داشته باشید که این گزینه هنگام استفاده با بزرگ می تواند بسیار کند باشد
فایل های.

-- خارج
این گزینه پیشوند نام فایل خروجی را برای تمام فایل های تولید شده توسط vcftools تعریف می کند.
به عنوان مثال، اگر روی output_filename تنظیم شده است، سپس تمام فایل های خروجی خواهند بود
از فرم output_filename.*** . اگر این گزینه حذف شود، تمام فایل های خروجی انجام می شود
پیشوند "خارج".

سایت فیلتر گزینه
-- chr
فقط سایت‌هایی را پردازش کنید که دارای شناسه کروموزوم هستند

--از-bp

-- به bp
این گزینه‌ها محدوده فیزیکی سایت‌ها را تعریف می‌کنند. سایت های خارج
از این محدوده مستثنی خواهد شد. این گزینه ها را فقط می توان در کنار هم استفاده کرد
-- chr.

--snp
شامل SNP(های) با شناسه منطبق. این دستور را می توان چندین بار به ترتیب استفاده کرد
برای شامل بیش از یک SNP.

--snps
فهرستی از SNP های داده شده در یک فایل را بگنجانید. فایل باید حاوی لیستی از شناسه های SNP باشد،
با یک شناسه در هر خط

-- استثناء کردن
فهرستی از SNP های ارائه شده در یک فایل را حذف کنید. فایل باید حاوی لیستی از شناسه های SNP باشد،
با یک شناسه در هر خط

-- موقعیت ها
مجموعه ای از سایت ها را بر اساس لیستی از موقعیت ها درج کنید. هر خط ورودی
فایل باید حاوی کروموزوم و موقعیت (جدا شده با تب) باشد. فایل باید
یک خط سرصفحه داشته باشید سایت هایی که در لیست قرار نگرفته اند مستثنی هستند.

--بستر

-- استثناء-تخت
شامل یا حذف مجموعه ای از سایت ها بر اساس یک فایل BED. فقط سه مورد اول
ستون‌ها (chrom، chromStart و chromEnd) مورد نیاز است. فایل BED باید دارای یک
خط سرصفحه

--remove-filtered-all

- حذف-فیلتر شده

-----فیلتر شده
این گزینه ها برای فیلتر کردن سایت ها بر اساس پرچم FILTER آنها استفاده می شود. در
گزینه اول همه سایت های دارای پرچم FILTER را حذف می کند. می توان از گزینه دوم استفاده کرد
سایت های دارای پرچم فیلتر خاص را حذف کنید. از گزینه سوم می توان برای انتخاب استفاده کرد
سایت ها بر اساس پرچم های فیلتر خاص. گزینه دوم و سوم می تواند باشد
چندین بار برای تعیین چندین فیلتر استفاده شده است. گزینه --keep-filtered است
قبل از گزینه --remove-filtered اعمال می شود.

--minQ
فقط سایت هایی با کیفیت بالاتر از این آستانه را شامل شود.

--min-meanDP

--max-meanDP
سایت‌هایی را با میانگین عمق در آستانه‌های تعریف‌شده توسط این گزینه‌ها قرار دهید.

-- ماف

-- max-maf
فقط سایت هایی با فرکانس آللی جزئی در محدوده مشخص شده را شامل شود.

-- غیر ref-af

--max-non-ref-af
فقط سایت هایی با فرکانس آللی غیر مرجع در محدوده مشخص شده را شامل شود.

--رنگ
با استفاده از یک آزمون دقیق، همانطور که توسط تعریف شده است، مکان ها را برای تعادل هاردی واینبرگ ارزیابی می کند
ویگینتون، کاتلر و آبکاسیس (2005). سایت هایی با مقدار p زیر آستانه
تعریف شده توسط این گزینه به عنوان خارج از HWE در نظر گرفته می شود، و بنابراین حذف می شود.

--گنو
سایت‌ها را بر اساس نسبت داده‌های از دست رفته حذف کنید (تعریف شده بین
0 و 1)

----آلل

-- حداکثر آلل
فقط سایت هایی با تعدادی آلل در محدوده مشخص شده را شامل شود. برای
به عنوان مثال، برای گنجاندن تنها سایت های دو آللی، می توان از موارد زیر استفاده کرد:

vcftools --vcf file1.vcf --min-alleles 2 --max-alleles 2

-- ماسک

-- ماسک معکوس

---دقیقه ماسک
سایت‌ها را بر اساس فایلی مانند FASTA اضافه کنید. فایل ارائه شده حاوی الف
دنباله ای از اعداد صحیح (بین 0 تا 9) برای هر موقعیت روی کروموزوم
مشخص کنید که آیا سایتی در آن موقعیت باید فیلتر شود یا خیر. نمونه فایل ماسک
به نظر می رسد مانند:

>1
0000011111222 ...

در این مثال، سایت‌های موجود در فایل VCF در 5 پایه اول قرار دارند
شروع کروموزوم 1 حفظ می شود، در حالی که مکان هایی در موقعیت 6 به بعد باقی می مانند
فیلتر شد عدد صحیح آستانه ای که تعیین می کند سایت ها فیلتر شده اند یا خیر، این است
با استفاده از گزینه --mask-min که به طور پیش فرض روی 0 تنظیم می شود. کروموزوم های موجود در
فایل ماسک باید به همان ترتیب فایل VCF مرتب شود. گزینه --mask
برای تعیین فایل mask مورد استفاده استفاده می شود، در حالی که گزینه --invert-mask می تواند
برای تعیین یک فایل ماسک که قبل از اعمال معکوس می شود استفاده شود.

فردی فیلترها برای تصفیه آب
--indv
فردی را مشخص کنید که در تجزیه و تحلیل نگه داشته شود. این گزینه می تواند چندین مورد استفاده قرار گیرد
زمان برای مشخص کردن افراد متعدد

--نگاه داشتن
فایلی حاوی لیستی از افراد را برای گنجاندن در تجزیه و تحلیل بعدی ارائه دهید.
هر شناسه فردی (همانطور که در سرفصل VCF تعریف شده است) باید در a گنجانده شود
خط جداگانه

--remove-indv
فردی را مشخص کنید که از تجزیه و تحلیل حذف شود. این گزینه قابل استفاده است
چندین بار برای مشخص کردن افراد متعدد. اگر گزینه --indv نیز باشد
مشخص شده، سپس گزینه --indv قبل از گزینه --remove-indv اجرا می شود.

--برداشتن
یک فایل حاوی لیستی از افراد برای حذف در تجزیه و تحلیل بعدی ارائه دهید.
هر شناسه فردی (همانطور که در سرفصل VCF تعریف شده است) باید در a گنجانده شود
خط جداگانه اگر از هر دو گزینه --keep و --remove استفاده شود،
گزینه --keep قبل از گزینه --remove اجرا می شود.

--mon-indv-meanDP

--max-indv-meanDP
میانگین پوشش را بر اساس هر فرد محاسبه کنید. فقط افراد با
پوشش در محدوده مشخص شده توسط این گزینه ها در موارد بعدی گنجانده شده است
تجزیه و تحلیل

--ذهن
حداقل آستانه نرخ تماس را برای هر فرد مشخص کنید.

-- فازی
ابتدا همه افراد دارای تمام ژنوتیپ های بدون فاز و متعاقبا را حذف می کند
تمام سایت‌های دارای ژنوتیپ بدون فاز را حذف می‌کند. بنابراین، داده های باقی مانده شامل
فقط از داده های مرحله ای

ژنوتیپ فیلترها برای تصفیه آب
--remove-filtered-geno-all

--remove-filtered-geno
گزینه اول تمام ژنوتیپ ها را با یک پرچم FILTER حذف می کند. گزینه دوم می تواند باشد
برای حذف ژنوتیپ های دارای پرچم فیلتر خاص استفاده می شود.

--minGQ
تمام ژنوتیپ های با کیفیت زیر آستانه تعیین شده توسط این گزینه را حذف کنید
(GQ).

--minDP
تمام ژنوتیپ‌هایی را که عمق توالی آنها کمتر از آنچه در این گزینه مشخص شده است، حذف کنید
(DP)

تولید آمار
-- فرکانس

-- شمارش می کند

--freq2

-- شمارش 2
اطلاعات فرکانس خروجی در هر سایت --freq فرکانس آللی را در a خروجی می دهد
فایل با پسوند 'frq'. گزینه --counts یک فایل مشابه را با
پسوند 'frq.count'، که شامل تعداد آلل خام در هر سایت است. --freq2
و گزینه --count2 برای سرکوب اطلاعات آللی در فایل خروجی استفاده می شود. که در
در این مورد، ترتیب فرکانس ها/شمارش ها به شماره گذاری در فایل VCF بستگی دارد.

--عمق
یک فایل حاوی عمق متوسط ​​برای هر فرد ایجاد می کند. این فایل دارای پسوند است
".عمق".

---سایت-عمق

--site-mean-depth
یک فایل حاوی عمق هر سایت تولید می کند. گزینه --site-depth خروجی می دهد
عمق برای هر سایت در بین افراد خلاصه می شود. این فایل دارای پسوند '.ldepth' است.
به همین ترتیب، --site-mean-depth میانگین عمق را برای هر سایت خروجی می دهد و
فایل خروجی دارای پسوند ldepth.mean است.

--گنو-عمق
یک فایل (احتمالاً بسیار بزرگ) حاوی عمق هر ژنوتیپ تولید می کند
فایل VCF به ورودی های گمشده مقدار -1 داده می شود. فایل دارای پسوند است
'.gdepth'.

--کیفیت سایت
یک فایل حاوی کیفیت SNP هر سایت، همانطور که در ستون QUAL یافت می شود، ایجاد می کند
از فایل VCF این فایل دارای پسوند '.lqual' است.

-- هت اندازه گیری هتروزیگوسیتی را بر اساس هر فرد محاسبه می کند. به طور خاص،
ضریب همخونی، F، برای هر فرد با استفاده از یک روش تخمین زده می شود
لحظات. فایل به دست آمده دارای پسوند '.het' است.

-- مقاوم
یک مقدار p را برای هر سایت از آزمون تعادل هاردی واینبرگ گزارش می دهد (همانطور که تعریف شده است
توسط ویگینتون، کاتلر و آبکاسیس (2005)). فایل حاصل (با پسوند '.hwe')
همچنین شامل اعداد مشاهده شده هموزیگوت ها و هتروزیگوت ها و
اعداد مورد انتظار مربوطه تحت HWE.

-- گم شده
دو فایل تولید می کند که عدم وجود آن را در یک فرد و برای هر سایت گزارش می کند
اساس این دو فایل به ترتیب دارای پسوندهای ".imiss" و ".lmiss" هستند.

--hap-r2

--geno-r2

--ld-پنجره

--ld-window-bp

--min-r2
این گزینه ها برای گزارش آمار عدم تعادل پیوند (LD) به عنوان استفاده می شود
با آمار r2 خلاصه شده است. گزینه --hap-r2 به vcftools برای خروجی a اطلاع می دهد
فایل گزارش آمار r2 با استفاده از هاپلوتیپ های مرحله ای. این سنتی است
اندازه گیری LD اغلب در ادبیات ژنتیک جمعیت گزارش شده است. اگر مرحله ای باشد
هاپلوتیپ ها در دسترس نیستند، سپس می توان از گزینه --geno-r2 استفاده کرد که محاسبه می کند
ضریب همبستگی مجذور بین ژنوتیپ های کدگذاری شده به صورت 0، 1 و 2 به
نشان دهنده تعداد آلل های غیر مرجع در هر فرد است. این هم همینطور است
به عنوان اندازه گیری LD گزارش شده توسط PLINK. نسخه هاپلوتیپ یک فایل را با
پسوند '.hap.ld'، در حالی که نسخه ژنوتیپ یک فایل را با پسوند خروجی می دهد.
'.geno.ld'. نسخه هاپلوتیپ شامل گزینه --phased است.

گزینه --ld-window حداکثر تفکیک SNP را برای محاسبه تعریف می کند
LD به همین ترتیب، گزینه --ld-window-bp را می توان برای تعریف حداکثر فیزیکی استفاده کرد
جداسازی SNP های موجود در محاسبه LD. در نهایت، --min-r2 a را تنظیم می کند
حداقل مقدار برای r2 که کمتر از آن آمار LD گزارش نشده است.

--SNPdnsity
تعداد و چگالی SNP ها را در سطل هایی با اندازه تعریف شده توسط این گزینه محاسبه می کند.
فایل خروجی حاصل پسوند '.snpden' دارد.

--TsTv
نسبت Transition / Transversion را در سطل‌هایی با اندازه تعریف شده توسط این محاسبه می‌کند
گزینه. فایل خروجی حاصل پسوند '.TsTv' دارد. خلاصه هم هست
در یک فایل با پسوند '.TsTv.summary' ارائه شده است.

---فیلتر-خلاصه
خلاصه ای از تعداد SNP ها و نسبت Ts/Tv برای هر دسته FILTER ایجاد می کند.
فایل خروجی دارای پسوند '.FILTER.summary است.

- سایت های فیلتر شده
دو فایل فهرست سایت هایی را ایجاد می کند که پس از فیلتر نگه داشته یا حذف شده اند. در
اولین فایل، با پسوند '.kept.sites'، سایت هایی را که توسط vcftools نگهداری می شوند را پس از فیلترها فهرست می کند.
اعمال شده اند. فایل دوم، با پسوند ".removed.sites"، سایت ها را فهرست می کند
توسط فیلترهای اعمال شده حذف می شود.

-- تک تک
این گزینه فایلی را ایجاد می کند که مکان تک تن ها و
فایل هر دو تک تک واقعی و خصوصی را گزارش می دهد
دوبلتون ها (یعنی SNP هایی که در آن آلل جزئی فقط در یک فرد منفرد رخ می دهد و
آن فرد برای آن آلل هموزیگوت است). فایل خروجی دارای پسوند است
". تک تک ها".

--site-pi

--window-pi
این گزینه ها برای تخمین سطوح تنوع نوکلئوتیدی استفاده می شود. گزینه اول
این کار را بر اساس هر سایت انجام می دهد و فایل خروجی دارای پسوند ".sites.pi" است. در
گزینه دوم تنوع نوکلئوتیدی در ویندوز را با اندازه پنجره محاسبه می کند
در آرگومان گزینه تعریف شده است. خروجی این گزینه دارای پسوند است
'.windowed.pi'. نسخه پنجره‌ای به داده‌های مرحله‌ای نیاز دارد و بنابراین از آن استفاده می‌شود
گزینه دلالت بر گزینه --phased دارد.

تولید in دیگر فرمت
--O12 این گزینه ژنوتیپ ها را به عنوان یک ماتریس بزرگ خروجی می دهد. سه فایل تولید می شود. در
اول، با پسوند '.012'، شامل ژنوتیپ های هر فرد در یک جداگانه است
خط ژنوتیپ ها به صورت 0، 1 و 2 نشان داده می شوند که در آن عدد نشان دهنده آن است
تعداد آلل های غیر مرجع ژنوتیپ های از دست رفته با -1 نشان داده می شوند. در
فایل دوم، با پسوند '.012.indv' جزئیات افراد موجود در فایل اصلی را نشان می دهد
فایل. فایل سوم، با پسوند ".012.pos" مکان های سایت موجود در آن را نشان می دهد
فایل اصلی

-- IMPUTE
این گزینه هاپلوتیپ های فازی را در قالب پنل مرجع IMPUTE خروجی می دهد. به عنوان IMPUTE
به داده‌های مرحله‌ای نیاز دارد، استفاده از این گزینه نیز به معنی فازی- است. بدون فاز
بنابراین افراد و ژنوتیپ ها حذف می شوند. فقط سایت های دو آللی هستند
در خروجی گنجانده شده است. با استفاده از این گزینه سه فایل تولید می شود. IMPUTE
فایل هاپلوتیپ دارای پسوند ".impute.hap" است و فایل افسانه IMPUTE دارای پسوند
پسوند ".impute.hap.legend". فایل سوم با پسوند '.impute.hap.indv'،
جزئیات افراد موجود در فایل هاپلوتیپ را نشان می دهد، اگرچه این فایل چنین نیست
مورد نیاز IMPUTE.

--لدات

--ldhat-geno
این گزینه ها داده ها را با فرمت LDhat خروجی می دهند. استفاده از این گزینه ها نیز نیاز به
گزینه --chr به توسط استفاده می شود. گزینه --ldhat فقط داده های مرحله ای را خروجی می دهد و بنابراین
همچنین به معنی فازی است که منجر به بدون فاز بودن افراد و ژنوتیپ ها می شود
مستثنی شده است. از طرف دیگر، گزینه --ldhat-geno با تمام داده ها به عنوان رفتار می کند
unphased، و بنابراین فایل های LDhat را در قالب ژنوتیپ/غیر فاز خروجی می دهد. در هر دو
در مورد، دو فایل با پسوندهای ".ldhat.sites" و ".ldhat.locs" تولید می شود،
که به ترتیب با فایل های ورودی LDhat 'sites' و 'locs' مطابقت دارند.

--BEAGLE-GL
این گزینه اطلاعات احتمال ژنوتیپ را برای ورودی به BEAGLE خروجی می دهد
برنامه این گزینه نیاز دارد که فایل VCF حاوی تگ FORMAT GL باشد که می تواند
به طور کلی توسط تماس گیرندگان SNP مانند GATK خروجی می شود. استفاده از این گزینه نیاز به a
کروموزوم باید از طریق گزینه --chr مشخص شود. فایل خروجی به دست آمده (با
پسوند '.BEAGLE.GL') حاوی احتمالات ژنوتیپ برای سایت های دو آللی است و
مناسب برای ورود به BEAGLE از طریق آرگومان 'like='.

--plink
این گزینه داده های ژنوتیپ را در قالب PLINK PED خروجی می دهد. دو فایل تولید می شود،
با پسوندهای '.ped' و '.map'. توجه داشته باشید که تنها جایگاه های دو آللی خروجی خواهند بود.
جزئیات بیشتر این فایل ها را می توانید در مستندات PLINK بیابید.

توجه: این گزینه می تواند در مجموعه داده های بزرگ بسیار کند باشد. با استفاده از گزینه --chr به
تقسیم کردن مجموعه داده توصیه می شود.

--plink-tped
گزینه --plink بالا می تواند در مجموعه داده های بزرگ بسیار کند باشد. یک جایگزین
خروجی در قالب انتقالی PLINK ممکن است بسیار سریعتر باشد.
این را می توان با استفاده از گزینه --plink-tped که دو فایل را با آن تولید می کند به دست آورد
پسوندهای ".tped" و ".tfam".

- رمزگذاری مجدد
گزینه --recode برای تولید یک فایل VCF از فایل ورودی VCF که دارد استفاده می شود
گزینه های مشخص شده توسط کاربر را اعمال کرد. فایل خروجی دارای پسوند است
'.recode.vcf'.

به طور پیش فرض، فیلدهای INFO از فایل خروجی حذف می شوند، همانطور که مقادیر INFO هستند
ممکن است با رمزگذاری مجدد باطل شود (مثلاً ممکن است نیاز باشد که عمق کل باشد
در صورت حذف افراد مجدداً محاسبه می شود). این قابلیت پیش فرض می تواند باشد
با استفاده از --keep-INFO لغو شد گزینه، کجا را تعریف می کند
کلید INFO برای نگهداری در فایل خروجی. پرچم --keep-INFO را می توان چندین بار استفاده کرد
بار. از طرف دیگر، گزینه --keep-INFO-all را می توان برای حفظ تمام اطلاعات استفاده کرد
زمینه ها.

متفرقه
--extract-FORMAT-info
استخراج اطلاعات از فیلدهای ژنوتیپ در فایل VCF مربوط به یک مشخص
شناسه FORMAT. به عنوان مثال، با استفاده از گزینه "--extract-FORMAT-info GT" انجام می شود
تمام ورودی های GT (یعنی ژنوتیپ) را استخراج کنید. فایل خروجی به دست آمده است
پسوند '. فرمت.

--گرفتن اطلاعات
این گزینه برای استخراج اطلاعات از قسمت INFO در فایل VCF استفاده می شود. در
آرگومان تگ INFO را مشخص می کند که باید استخراج شود و گزینه می تواند باشد
چندین بار برای استخراج چندین ورودی اطلاعات استفاده شده است. فایل حاصل،
با پسوند '.INFO'، حاوی اطلاعات اطلاعات مورد نیاز در یک برگه جدا شده است
جدول. به عنوان مثال، برای استخراج پرچم‌های NS و DB، می‌توان از دستور زیر استفاده کرد:

vcftools --vcf file1.vcf --get-INFO NS --get-INFO DB

VCF پرونده مقایسه گزینه
گزینه‌های مقایسه فایل در حال حاضر در حالت نوسانی و احتمالاً باگ هستند. اگر شما
یک اشکال پیدا کنید، لطفا آن را گزارش کنید. توجه داشته باشید که فیلترهای سطح ژنوتیپ در اینها پشتیبانی نمی شوند
گزینه.

--تفاوت

--گزدیف
یک فایل VCF را برای مقایسه با فایل مشخص شده توسط گزینه --vcf انتخاب کنید.
خروجی دو فایل توصیف سایت ها و افراد مشترک / منحصر به فرد برای هر یک
فایل. این فایل ها دارای پسوند '.diff.sites_in_files' و
به ترتیب '.diff.indv_in_files'. برای خواندن می توان از نسخه --gzdiff استفاده کرد
فایل های فشرده VCF

--تفاوت-سایت-اختلاف
در ارتباط با گزینه --diff برای محاسبه عدم تطابق در یک سایت توسط
اساس سایت فایل خروجی حاصل پسوند '.diff.sites' دارد.

--diff-indv-اختلاف
همراه با گزینه --diff برای محاسبه ناسازگاری در هر
مبنای فردی فایل خروجی حاصل پسوند '.diff.indv' دارد.

- ماتریس تفاوت-اختلاف
همراه با گزینه --diff برای محاسبه ماتریس عدم تطابق استفاده می شود. این
گزینه فقط با جایگاه های دو آللی با آلل های منطبق که در آنها وجود دارد کار می کند
هر دو فایل فایل خروجی حاصل پسوند '.diff.discordance.matrix' دارد.

--diff-switch-error
در ارتباط با گزینه --diff برای محاسبه خطاهای فازبندی استفاده می شود
(به طور خاص "خطاهای سوئیچ"). این گزینه دو فایل خروجی توصیف می کند
خطاهای سوئیچ یافت شده بین سایت ها و میانگین خطای سوئیچ برای هر فرد.
این دو فایل دارای پسوند ".diff.switch" و ".diff.indv.switch" هستند.
بود.

گزینه هنوز in توسعه
گزینه‌های زیر هنوز نهایی نشده‌اند، احتمالاً دارای اشکال هستند و احتمال می‌رود
برای تغییر در آینده

--fst

--gzfst
FST را برای یک جفت فایل VCF محاسبه کنید که فایل دوم با این مشخص شده است
گزینه. FST در حال حاضر با استفاده از فرمول شرح داده شده در محاسبه می شود
مواد تکمیلی مقاله فاز اول HapMap. در حال حاضر، فقط FST به صورت جفتی
محاسبات پشتیبانی می شوند، اگرچه احتمالاً در آینده تغییر خواهد کرد. در
گزینه --gzfst می تواند برای خواندن فایل های فشرده VCF استفاده شود.

--LROH دوره های طولانی هموزیگوسیتی را شناسایی کنید.

--ارتباط
خروجی آمار ارتباط فردی.

با استفاده از خدمات onworks.net از vcftools به صورت آنلاین استفاده کنید