این برنامه لینوکس با نام BamBam است که آخرین نسخه آن را می توان با نام bambam-1.4.tgz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن به نام BamBam را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
بمبام
Ad
شرح
BamBam شامل ابزارهای متعددی برای تجزیه و تحلیل داده های توالی یابی نسل بعدی DNA است. ابزارهایی برای فراخوانی SNP ها و Indel ها، شناسایی حذف های در مقیاس بزرگ، جدول بندی تعداد قرائت های نقشه برداری شده، تجزیه و تحلیل متیلاسیون و موارد دیگر ارائه شده است.
بستگی به SAMtools دارد (http://samtools.sourceforge.net/) و BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools). همچنین از BioPerl استفاده می کند که در دانلود تربال موجود است.
امکانات
- SNP ها و indels تماس بگیرید
- منتسب ژنوتیپ ها
- ساخت توالی اجماع
- شمارش جدولی قرائت های نقشه برداری شده (RNA-seq)
- استنباط فازبندی هاپلوتیپ با K-means خوشه بندی
- تجزیه و تحلیل متیلاسیون DNA (توالی یابی بی سولفیت)
مخاطبان
علم/تحقیق
زبان برنامه نویسی
پرل، سی پلاس پلاس
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/bambam/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.