دانلود BLAST Ring Image Generator برای لینوکس

این برنامه لینوکس با نام BLAST Ring Image Generator است که آخرین نسخه آن را می توان با نام BRIG-0.95-dist.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.

عکس ها

BLAST Ring Image Generator

شرح

BRIG یک برنامه کاربردی بین پلتفرمی (ویندوز/مک/یونیکس) است که می‌تواند مقایسه‌های دایره‌ای بین تعداد زیادی از ژنوم‌ها را با تمرکز بر مدیریت داده‌های مونتاژ ژنوم نمایش دهد.

اگر از BRIG برای تولید ارقام برای انتشارات استفاده می شود، لطفاً به مقاله BRIG استناد کنید: NF Alixan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): مقایسه های ساده ژنوم پروکاریوت ها, BMC Genomics, 12:402. PMID: 21824423

امکانات

• تصاویر شباهت بین یک توالی مرجع مرکزی و سایر توالی ها به عنوان حلقه های متحدالمرکز را نشان می دهند.
• BRIG تمام مقایسه های BLAST و تجزیه فایل ها را به صورت خودکار از طریق یک رابط کاربری گرافیکی ساده انجام می دهد.
• مرزهای Contig و پوشش خوانده شده را می توان برای پیش نویس ژنوم نمایش داد. نمودارها و حاشیه نویسی های سفارشی را می توان نمایش داد.
• با استفاده از مجموعه‌ای از ژن‌های تعریف‌شده توسط کاربر به‌عنوان ورودی، BRIG می‌تواند حضور، عدم حضور، برش یا تغییرات توالی ژن را در مجموعه‌ای از ژنوم‌های کامل، ژنوم‌های پیش‌نویس یا حتی داده‌های توالی خام و مونتاژ نشده نمایش دهد.
• BRIG همچنین فایل‌های نقشه‌خوانی با فرمت SAM را می‌پذیرد که امکان مقایسه همزمان نواحی ژنومی موجود در داده‌های توالی مونتاژ نشده از چندین نمونه را فراهم می‌کند.

مخاطبان

علم/تحقیق

زبان برنامه نویسی

جاوه

این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/brig/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.