این برنامه لینوکس با نام codonPhyML است که آخرین نسخه آن را می توان با نام codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام codonPhyML را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
codonPhyML
شرح
codonPhyML از مدل‌های کدون مارکووی تکامل در بازسازی فیلوژنی استفاده می‌کند. با توجه به مجموعه‌ای از گونه‌ها که با توالی‌های DNA به عنوان ورودی مشخص می‌شوند، codonPhyML درخت فیلوژنتیکی را که به بهترین شکل رابطه تکاملی آنها را توصیف می‌کند، برمی‌گرداند. مقاله ما که کدون PhyML را توصیف می کند در مجله "بیولوژی مولکولی و تکامل" (MBE) منتشر شده است. برای جزئیات بیشتر، لینک را دنبال کنید: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML روی جلد MBE است! این را بررسی کنید (اوت 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.برای نسخه چند مدل CodonPhyML، لطفاً از تاربال «codonphyml_multi.tgz» استفاده کنید.
امکانات
- مدل‌های کدون مارکووی تکامل: گلدمن و یانگ 1994، میوز و گوت 1994، کوسیول و همکاران 2007، اشنایدر و همکاران 2005، یاپ و همکاران 2010
- اکتشافی جستجوی توپولوژی درختی NNI و SPR
- پارامترهای نرخ جایگزینی با حداکثر احتمال برآورد شده است
- پشتیبانی چند هسته ای از طریق OpenMP
- احتمال قابل مقایسه در مدل های مختلف (مانند AA، NT و CODON)
مخاطبان
علم/تحقیق، آموزش
رابط کاربری
کنسول/ترمینال، خط فرمان
زبان برنامه نویسی
C
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/codonphyml/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
