این برنامه لینوکس با نام COGsoft است که آخرین نسخه آن را می توان با نام COGsoft.04.19.2012.tgz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام COGsoft را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
COGsoft
Ad
شرح
نرم افزار ساخت خوشه های گروه های ارثولوژیک (شامل الگوریتم جدید EdgeSearch). آخرین مرجع: Kristensen DM، Kannan L، Coleman MK، Wolf YI، Sorokin A، Koonin EV، Mushegian A. Bioinformatics 2010.امکانات
- شرح نقاط قوت و ضعف روش های مختلف: کریستنسن DM، Wolf YI، Mushegian AR، Koonin EV. روش های محاسباتی برای استنتاج ارتولوژی ژن. بیوانفورم مختصر 2011 Sep; 12 (5): 379-91. Epub 2011 19 ژوئن. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21690100
- مرجع الگوریتم: Kristensen DM, Kannan L, Coleman MK, Wolf YI, Sorokin A, Koonin EV, Mushegian A. الگوریتم چند جمله ای کم برای جمع آوری خوشه های گروه های ارتولوگ از بهترین منطبقات متقارن بین ژنومی. بیوانفورماتیک. 2010 ژوئن 15; 26 (12): 1481-7. Epub 2010 2 مه. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btq229?ijkey=zD7TIWnncGvDGYE&keytype=ref
- بررسی خوب/کامل ارتولوگ ها/COGs: Koonin EV. ارتولوگ ها، پارالوگ ها و ژنومیک تکاملی. Annu Rev Genet. 2005؛ 39:309-38. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16285863
- مقاله COG اصلی: Tatusov RL، Koonin EV، Lipman DJ. دیدگاه ژنومی در خانواده های پروتئینی علوم پایه. 1997 اکتبر 24؛ 278 (5338): 631-7. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9381173
- پایگاه داده COG: Tatusov RL، Galperin MY، Natale DA، Koonin EV. پایگاه داده COG: ابزاری برای تجزیه و تحلیل در مقیاس ژنوم عملکرد و تکامل پروتئین. Nucleic Acids Res. 2000 ژانویه 1؛ 28 (1): 33-6. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10592175
- سایت آزمایشگاه کونین: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/groups/koonin/
- سایت رسمی FTP: ftp.ncbi.nih.gov/pub/wolf/COGs/COGsoft/ (اگرچه در حال حاضر، readme فقط به صفحه sourceforge اشاره می کند)
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان
زبان برنامه نویسی
++C
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/cogtriangles/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
