GenSeed-HMM برای اجرا در لینوکس دانلود آنلاین برای لینوکس

این برنامه لینوکس به نام GenSeed-HMM برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان tutorial_files.tgz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.

عکس ها

GenSeed-HMM برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین

شرح

GenSeed-HMM یک برنامه برای مونتاژ پیشرونده DNA مبتنی بر دانه است. از بسیاری جهات با GenSeed که قبلا منتشر شده بود متفاوت است، اما مهمتر از آن با استفاده از نمایه HMM به عنوان بذر.

اساساً GenSeed-HMM سه عملیات را به طور مکرر انجام می دهد:
- با تطبیق آنها به دانه، مطالب را استخدام کنید
- جمع آوری قرائت های به کار گرفته شده (از جمله موارد جمع آوری شده قبلی)
- تولید دانه‌های جدید (برای دور بعدی مونتاژ پیشرونده) از انتهای همه رگه‌های تولید شده

اولین دانه توسط کاربر ارائه می شود و می تواند یک قطعه DNA یا توالی پروتئین یا یک پروفایل HMM برای افزایش حساسیت باشد.

این برنامه به BLAST+ یا hmmsearch و تعدادی ابزار پشتیبانی شخص ثالث (EMBOSS' transeq and splitter، bowtie، sfffile 454 و sffinfo) بستگی دارد. اینکه کدام ابزار اجباری خواهد بود بستگی به نوع بذر و مونتاژ مورد استفاده دارد.

اسمبلرهایی که در حال حاضر پشتیبانی می شوند عبارتند از CAP3، Newbler، SOAPdenovo، Velvet و Abyss.

امکانات

• مونتاژ مترقی
• مونتاژ دانه محور
• انتخاب بزرگ مونتاژ کننده ها
• دانه ها می توانند مشخصات HMM، DNA یا پروتئین باشند

مخاطبان

علم/تحقیق، کاربران نهایی پیشرفته، کاربران نهایی/دسکتاپ

رابط کاربری

خط فرمان

زبان برنامه نویسی

پرل

این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/genseedhmm/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.