Hierachical_DNAcoder برای اجرا در لینوکس دانلود آنلاین برای L

این برنامه لینوکس به نام Hierachical_DNAcoder برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان Sourcecode.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.

عکس ها

Hierachical_DNAcoder برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین

شرح

ذخیره سازی و انتقال داده های داده های ژنومی بزرگ به دغدغه های مهم محققان زیست پزشکی تبدیل شده است. ما یک روش فشرده سازی ژنوم مبتنی بر چند مرجع جدید با ساختار سلسله مراتبی ارائه می کنیم. رویکرد ما برای فشرده‌سازی فرمت هم‌ترازی استاندارد واقعی (یعنی BAM) که در حال حاضر نیاز مبرم است، کار می‌کند. ما توالی‌های جدید را با استفاده از SOAP3، یک نرم‌افزار هم‌ترازی مبتنی بر GPU، با یک دنباله مرجع تراز می‌کنیم و ویژگی‌های نقشه‌برداری و اطلاعات را برای خواندن دقیق نقشه‌برداری خلاصه می‌کنیم. برای افزایش نرخ تراز دقیق، ما همچنین با تغییر دنباله مرجع یا کوتاه کردن طول خواندن، قرائت‌های تقریباً نقشه‌برداری شده و نگاشت نشده را مجدداً تنظیم می‌کنیم. در همین حال، ما مطالعه را با استفاده از مقادیر کیفیت "زیان" از طریق طرح خوشه‌بندی k-means ادامه می‌دهیم و اثر دقیق آن را بر برنامه‌های پایین دستی می‌یابیم. روش پیشنهادی نسبت‌های فشرده‌سازی را از 0.5 تا 0.65 به دست آورده است که مربوط به صرفه‌جویی در فضا 35٪ -50٪ در مجموعه داده‌های تجربی است.

امکانات

• موثر
• سریع
• نوید دهنده

مخاطبان

فناوری اطلاعات، علوم/تحقیقات، مهندسی

زبان برنامه نویسی

++C

این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/hierachicaldnac/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.