این برنامه لینوکس با نام KMC-KaiC است که آخرین نسخه آن را می توان با نام KMC_KaiC_Original.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام KMC-KaiC را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
KMC-KaiC
شرح
این کد یک الگوریتم اختصاصی مونت کارلو (KMC) است که مدلی از ساعت شبانه‌روزی Kai پس از ترجمه را شبیه‌سازی می‌کند.
این کد به شما امکان می دهد سیستم Kai را در سطح هگزامرها و مونومرهای KaiC فردی شبیه سازی کنید و به صراحت گردش هر نوکلئوتید ATP را ردیابی کنید. به غیر از هیدرولیز ATP، همه واکنش ها از تعادل دقیق پیروی می کنند.
کاربرد کد در مقاله ما با عنوان "یک مدل سازگار ترمودینامیکی از ساعت شبانه روزی Kai پس از ترجمه" توضیح داده شده است، که به طور رایگان در مجله دسترسی آزاد PLOS Computational Biology در دسترس است:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
*به روز رسانی* ما یک نسخه کاملا برگشت پذیر از مدل خود ساختیم، از جمله واکنش های معکوس برای هیدرولیز ATP. این امکان اجرای مدل در تعادل ترمودینامیکی را فراهم می کند. این نسخه از مدل را می توان در KMC_KaiC_Rev.zip دانلود کرد.
اگر دوست دارید از مدل ما برای تحقیقات خود استفاده کنید، لطفاً به مقاله زیست شناسی محاسباتی PLoS ما مراجعه کنید.
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان
زبان برنامه نویسی
++C
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
