این برنامه لینوکس با نام MGEScan است که آخرین نسخه آن را می توان با نام MGEScan1.3.1.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام MGEScan را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
MGEScan
Ad
شرح
MGEScan مجموعه ای از دو ابزار نرم افزاری MGEScan-LTR و MGEScan-non-LTR است.
MGEScan-LTR نرم افزاری است که می تواند رتروترانسپوزون های جدید LTR را بدون تکیه بر کتابخانه ای از عناصر شناخته شده شناسایی کند. از روش تقریبی تطبیق رشته و تجزیه و تحلیل دامنه پروتئین برای تشخیص رتروترانسپوزون های LTR دست نخورده استفاده می کند. علاوه بر این، LTR های نیمه حذف شده یا انفرادی را با استفاده از مدل های مارکوف پنهان (pHMM) شناسایی می کند.
MGEScan-non-LTR یک نرم افزار برای شناسایی رتروترانسپوزون های غیر LTR در توالی های ژنومی، به دنبال یک رویکرد محاسباتی الهام گرفته شده از یک مدل تعمیم یافته مارکوف پنهان (GHMM) است.
منابع:
1. M. Rho و همکاران، "شناسایی De novo رتروترانسپوزون های LTR در ژنوم های یوکاریوتی"، BMC Genomics (2007) 8:90.
2. M. Rho و H. Tang، "MGEScan-non-LTR: شناسایی محاسباتی و طبقه بندی رتروترانسپوزون های مستقل غیر LTR در ژنوم های یوکاریوتی"، تحقیقات اسیدهای نوکلئیک (2009) 37:21.
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان
زبان برنامه نویسی
پرل، سی پلاس پلاس
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/mgescan/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
