این یک برنامه لینوکس به نام NGSEP است که آخرین نسخه آن را می‌توانید با نام NGSEPcore_5.1.0.jar دانلود کنید. این برنامه را می‌توان به صورت آنلاین در ارائه دهنده خدمات میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه‌های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام NGSEP را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
NGSEP
شرح
NGSEP یک چارچوب یکپارچه برای تجزیه و تحلیل توالی‌یابی با توان بالای DNA کوتاه و بلند است. نسخه فعلی قابلیت‌هایی را برای تجزیه و تحلیل داده‌های توالی‌یابی هدایت‌شده و غیر نو ارائه می‌کند، از جمله مونتاژ ژنوم، نقشه‌برداری خواندنی، تشخیص انواع و ژنوتیپ‌سازی و تجزیه و تحلیل denovo داده‌های تولید شده از پروتکل‌های نمایش کاهش‌یافته. NGSEP همچنین ماژول هایی را برای تجزیه و تحلیل پایگاه داده های تغییرات ژنومی (فایل های VCF)، از جمله حاشیه نویسی عملکردی، فیلتر کردن، تبدیل فرمت، مقایسه، خوشه بندی، انتساب، تجزیه و تحلیل درونگرا و انواع مختلف آمار ارائه می دهد. از نسخه 4، ما عملکردهایی را برای مدیریت ژنوم ها و رونوشت ها، از جمله تراز ژنوم و حاشیه نویسی عناصر قابل انتقال، ارائه می دهیم. لیست کاملی از عملکردها در ویکی ما موجود است (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
قبل از دانلود: دکمه سبز رنگ برای استفاده از خط فرمان به jar هدایت می شود. برای رابط کاربری گرافیکی و سایر گزینه‌ها به ویکی مراجعه کنید
امکانات
- مجموعه ژنوم های De-Novo
- تراز خواندن خام به ژنوم مرجع
- SNPs، CNVs و تشخیص انواع ساختاری
- دستکاری VCF: حاشیه نویسی کاربردی، ادغام، فیلتر، مقایسه، تبدیل قالب، انتساب
- Demultiplexing را می خواند
- هم ترازی مجموعه های ژنوم مشروح
- آمار و فیلتر روی annptations رونویسی در قالب GFF3
مخاطبان
صنعت مراقبت های بهداشتی، علم/تحقیق، سایر مخاطبان، کشاورزی
رابط کاربری
جاوا SWT، کنسول/ترمینال، Eclipse
زبان برنامه نویسی
جاوه
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/ngsep/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
