NGSEP برای اجرا در لینوکس دانلود آنلاین برای لینوکس

این برنامه لینوکس با نام NGSEP برای اجرای آنلاین در لینوکس است که آخرین نسخه آن را می توان با نام NGSEPcore_4.0.1.jar دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.

عکس ها

NGSEP به صورت آنلاین در لینوکس اجرا می شود

شرح

NGSEP یک چارچوب یکپارچه برای تجزیه و تحلیل داده های توالی یابی با توان بالای DNA است. کاربرد اصلی NGSEP ساخت و تجزیه و تحلیل پایین دست مجموعه داده های بزرگ از تنوع ژنومی است. NGSEP تشخیص و ژنوتیپ دقیق انواع تک نوکلئوتیدی (SNVs)، ایندل های کوچک و بزرگ، تکرارهای پشت سر هم کوتاه (STRs)، وارونگی ها، و گونه های شماره کپی (CNVs) را انجام می دهد. NGSEP همچنین ماژول هایی را برای حاشیه نویسی عملکردی، فیلتر کردن، تبدیل قالب، مقایسه، خوشه بندی، انتساب، تجزیه و تحلیل درونگرا و انواع مختلف آمار ارائه می دهد. لیست کاملی از عملکردها در ویکی ما موجود است (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).

اخبار: ما به‌تازگی اولین نسخه خط فرمان نسخه 4 را در دسترس قرار دادیم، از جمله پیاده‌سازی خودمان از یک ردیف‌خوان خواندن مبتنی بر شاخص FM. استفاده از خط فرمان در کل برنامه استاندارد شده بود. لطفاً برای به روز رسانی اسکریپت ها برای ارتقا به این نسخه جدید وقت بگذارید. جزئیات بیشتر در ویکی موجود است.

امکانات

• SNPs، CNVs و تشخیص انواع ساختاری
• تراز خواندن خام به ژنوم مرجع
• دستکاری VCF: حاشیه نویسی کاربردی، ادغام، فیلتر، مقایسه، تبدیل قالب، انتساب
• محاسبه و رسم آمار SAM/BAM و VCF
• Demultiplexing را می خواند
• هم ترازی مجموعه های ژنوم مشروح
• آمار و فیلتر روی annptations رونویسی در قالب GFF3

مخاطبان

صنعت مراقبت های بهداشتی، علم/تحقیق، سایر مخاطبان، کشاورزی

رابط کاربری

جاوا SWT، کنسول/ترمینال، Eclipse

زبان برنامه نویسی

جاوه

این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/ngsep/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.