این برنامه لینوکس با نام NGSReadsTreatment است که آخرین نسخه آن را می توان با نام NgsReadsTreatmentGI_v1.2.jar دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام NGSReadsTreatment را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
NGSReadsTreatment
Ad
شرح
NGSReadsTreatment، یک ابزار محاسباتی برای حذف خواندن های تکراری در مجموعه داده های جفتی یا تک پایانی. NGSReadsTreatment می‌تواند خواندن را از هر پلتفرمی با طول‌های توالی یکسان یا متفاوت انجام دهد. با استفاده از ساختار احتمالاتی Cuckoo Filter، قرائت های اضافی شناسایی و با مقایسه خوانده ها با خودشان حذف می شوند. بنابراین، هیچ پیش نیازی فراتر از مجموعه خواندنی ها لازم نیست. NGSReadsTreatment با سایر ابزارهای حذف افزونگی در تجزیه و تحلیل مجموعه های مختلف خواندن مقایسه شد. نتایج نشان داد که NGSReadsTreatment هم در میزان حذف افزونگی‌ها و هم در استفاده از حافظه محاسباتی برای تمام تحلیل‌های انجام‌شده، بهتر از سایر ابزارها بود.توجه: برای اجرای نسخه جدید از جاوا نسخه 11 استفاده کنید.
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/ngsreadstreatment/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
