این برنامه لینوکس به نام PRADA است که آخرین نسخه آن را می توان با نام PRADA.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام PRADA را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
پرادا
Ad
شرح
توالی موازی انبوه cDNA معکوس رونویسی شده از RNA (RNASeq) تخمین دقیقی از کمیت و ترکیب mRNA ها ارائه می دهد. برای مشخص کردن رونوشت از طریق تجزیه و تحلیل داده های RNA-seq، ما PRADA را توسعه دادیم. PRADA بر پردازش و تجزیه و تحلیل تخمین بیان ژن، شناسایی همجوشی ژن تحت نظارت و بدون نظارت، و شناسایی حذف درون ژنی نظارت شده تمرکز دارد.
PRADA در حال حاضر از 7 ماژول برای پردازش و شناسایی ناهنجاری ها از داده های RNAseq پشتیبانی می کند:
پیش پردازش: فایل های BAM تراز و تنظیم شده را ایجاد می کند.
بیان: بیان ژن (RPKM) و معیارهای کیفیت را ایجاد می کند.
همجوشی: همجوشی های ژن کاندید را شناسایی می کند.
guess-ft: جستجوی نظارت شده برای رونوشت های ترکیبی.
حدس بزنید: جستجوی نظارت شده برای همجوشی های درون ژنی.
هومولوژی: همولوژی بین دو ژن داده شده را محاسبه می کند.
فریم: پیامد عملکردی رونوشت فیوژن را پیش بینی می کند
امکانات
- PRADA به زبان برنامه نویسی پایتون نوشته شده است و برای اجرا در یک محیط خط فرمان در سیستم عامل های یونیکس یا لینوکس در نظر گرفته شده است.
- شرح جزئیات مراحل نصب و استفاده از هر ماژول به همراه مثال در مستندات موجود است https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- فایل های مرجع hg19 برای دانلود در دسترس هستند http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- برای حذف آرتیفکت‌های همجوشی، ژن‌ها را با چندین شریک در یک نمونه و مشابه فیلتر می‌کنیم.
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/prada/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
