این برنامه لینوکس با نام SOAPdenovo2 است که آخرین نسخه آن را می توان با نام SOAPdenovo2-src-r240.tgz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام SOAPdenovo2 را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
SOAPdenovo2
Ad
شرح
SOAPdenovo2 بعدی چیست:
MEGAHIT جانشین رسمی SOAPdenovo2 است
MEGAHIT: یک راه حل فوق سریع تک گره برای مونتاژ متاژنومیکس بزرگ و پیچیده از طریق نمودار مختصر de Bruijn
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25609793
https://github.com/voutcn/megahit
آخرین کد در GitHub:
https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2
SOAPdenovo یک روش مونتاژ کوتاه خواندنی جدید است که می تواند یک مجموعه پیش نویس de novo برای ژنوم های اندازه انسان بسازد. این برنامه به طور ویژه برای جمع آوری خواندن های کوتاه Illumina طراحی شده است. فرصت های جدیدی برای ساخت توالی های مرجع و انجام تجزیه و تحلیل دقیق ژنوم های ناشناخته به روشی مقرون به صرفه ایجاد می کند. SOAPdenovo2 جانشین SOAPdenovo است. اگر می خواهید به SOAPdenovo2 استناد کنید، به مقاله منتشر شده در GigaScience (به وب سایت زیر مراجعه کنید) استناد کنید.
مخاطبان
علم/تحقیق، توسعه دهندگان
رابط کاربری
خط فرمان
زبان برنامه نویسی
C++، C
محیط پایگاه داده
فایل مسطح
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
