این برنامه لینوکس با نام SPANDx است که آخرین نسخه آن را می توان با نام SPANDx_v3.2.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام SPANDx را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
SPANDx
شرح
SPANDx ابزار یک مرحله ای شما برای شناسایی انواع SNP و indel در ژنوم های هاپلوئید با استفاده از داده های NGS است.
SPANDx تراز خواندن های NGS خام را با ژنوم مرجع یا پان ژنوم انتخابی شما انجام می دهد و به دنبال آن فراخوانی و حاشیه نویسی دقیق نوع و تعیین حضور/غیاب مکان وجود دارد. SPANDx ماتریس های SNP و indel را برای آنالیزهای فیلوژنتیکی پایین دست تولید می کند. SNPها و ایندلهای دارای حاشیه نویسی در سطح ژنوم نیز در صورت مشخص شدن قابل شناسایی هستند و در قالب قابل خواندن توسط انسان خروجی می شوند. یک ماتریس حضور/غیاب نیز ایجاد می‌شود تا به شما امکان می‌دهد محتوای ژنوم هسته/لوازم جانبی را در تمام ژنوم‌های خود شناسایی کنید.
خروجی های تولید شده توسط SPANDx را می توان به PLINK برای تجزیه و تحلیل ارتباط ژنوم میکروبی (mGWAS) وارد کرد.
SPANDx می تواند از PBS، SGE یا SLURM برای مدیریت منابع استفاده کند. SPANDx همچنین می تواند مستقیماً در خط فرمان اجرا شود اگر مدیر منبع در دسترس نباشد.
برای به روزترین نسخه SPANDx، ما را در GitHub بررسی کنید: https://github.com/dsarov/SPANDx
امکانات
- 30 نوامبر 16: SPANDx 3.2 اکنون از BWA-mem برای ترازهای دقیق تر سریعتر استفاده می کند.
- 31 مه 16: SPANDx 3.1.1 اکنون روی سیستم های TORQUE/PBS قبل از نسخه 2.3.1 کار می کند.
- 14 فوریه 16: SPANDx 3.1 اکنون می توان پرچم -z را طوری تنظیم کرد که SNP های آللی سه و چهار در خروجی های nex.
- 26 دسامبر 15: SPANDx 3.0 دارای ارتقاءهای زیادی از جمله سازگاری samtools بهبود یافته، ادغام بهتر PLINK برای GWAS است و می تواند تا 9 ایندل و هر چهار SNP را در یک مکان واحد فراخوانی کند!
- 05 آگوست 15: SPANDx v2.7 اکنون روی SGE، PBS، SLURM و سیستم‌ها بدون مدیر منبع کار می‌کند.
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان
زبان برنامه نویسی
یونیکس شل
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/spandx/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
