دانلود sRNAWorkbench برای لینوکس

این برنامه لینوکس با نام sRNAWorkbench است که آخرین نسخه آن را می توان با نام UEA_Workbench_4.7_update.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.

عکس ها

sRNAWorkbench

شرح

مجموعه ای از ابزارها برای تجزیه و تحلیل داده های RNA کوچک (sRNA) از دستگاه های توالی یابی نسل بعدی. از جمله پروفایل بیان میرکو RNA شناخته شده (miRNA)، شناسایی miRNA جدید در داده های توالی یابی عمیق و شناسایی سایر نقاط عطف جالب در داده های ژنتیکی با توان عملیاتی بالا.

امکانات

• Adapter Remover: قطعات آداپتور را از داده های دنباله خواندن کوتاه خام حذف می کند و داده ها را به فرمت FASTA خروجی می دهد.
• فیلتر: یک نسخه فیلتر شده از مجموعه داده sRNA را تولید می کند که توسط چندین معیار تعریف شده توسط کاربر، از جمله طول توالی، فراوانی، پیچیدگی، انتقال و حذف RNA ریبوزومی کنترل می شود.
• miRCat2 (رده‌بندی miRNA): miRNA‌های بالغ و پیش‌سازهای آن‌ها را از مجموعه داده‌های sRNA و ژنوم پیش‌بینی می‌کند.
• SiLoCo (مقایسه جایگاه RNA تداخلی کوتاه): سطوح بیان sRNA را در چندین نمونه با گروه بندی sRNA ها به جایگاه ها بر اساس مکان ژنومی مقایسه می کند.
• ta-siRNA (RNA تداخلی کوتاه با اثر ترانس): پیش‌بینی فازی ta-siRNA در مجموعه داده‌های sRNA گیاه.
• miRProf (miRNA Profiler): سطوح بیان نرمال شده sRNA ها را که با miRNA های شناخته شده در miRBase مطابقت دارند را تعیین می کند.
• حاشیه نویسی سنجاق سر: ساختار ثانویه را از دنباله RNA ایجاد می کند و مناطق مورد علاقه را با استفاده از RNAplot برجسته می کند.
• VisSR (Visualisation of sRNAs): یک نمایش بصری از sRNA ها و ویژگی های ژنومی وارد شده توسط کاربر ایجاد می کند.
• PAREsnip2: اهداف miRNA را که از طریق تجزیه نشان داده شده اند، شناسایی کنید

مخاطبان

علم/تحقیق

رابط کاربری

جاوا Swing

زبان برنامه نویسی

C++، جاوا

دسته بندی ها

این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/srnaworkbench/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.