این برنامه لینوکس با نام VarScan است که آخرین نسخه آن را می توان با نام VarScan.v2.3.9.jar دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام VarScan را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
VarScan
شرح
تشخیص نوع در توالی موازی انبوه. برای یک نمونه، ژنوتیپ های SNP، indels و اجماع نامیده می شود. برای جفت های تومور طبیعی، هر گونه را بیشتر به عنوان Germline، Somatic یا LOH طبقه بندی می کند، و همچنین تغییرات تعداد کپی سوماتیک را تشخیص می دهد. آخرین نسخه در GITHUB موجود است
امکانات
- SNP ها و Indels را از فایل های SAMtools pileup فراخوانی می کند
- انواع را بر اساس پوشش، عمق خواندن، فرکانس متغیر و کیفیت پایه فیلتر می کند
- وضعیت جسمی (سوماتیک، ژرملاین، LOH) را برای جفت های تومور-طبیعی تعیین می کند.
- دو لیست از انواع را مقایسه، ادغام و قطع می کند
- تماس های مختلف را به مجموعه ای از موقعیت های هدف یا مناطق هدف محدود می کند
- رایگان برای استفاده غیر تجاری.
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان
زبان برنامه نویسی
جاوه
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/varscan/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.