این برنامه ویندوز به نام fcGENE: مبدل فرمت ژنوتیپ برای اجرا در ویندوز به صورت آنلاین از طریق لینوکس آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان fcgene-1.0.7.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه را با نام fcGENE به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید: مبدل فرمت ژنوتیپ برای اجرا در ویندوز به صورت آنلاین از طریق لینوکس به صورت آنلاین با OnWorks.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. هر شبیه ساز آنلاین OS OnWorks را از این وب سایت راه اندازی کنید، اما شبیه ساز آنلاین ویندوز بهتر است.
- 5. از OnWorks Windows OS که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. برنامه را دانلود و نصب کنید.
- 7. Wine را از مخازن نرم افزار توزیع لینوکس خود دانلود کنید. پس از نصب، می توانید روی برنامه دوبار کلیک کنید تا آنها را با Wine اجرا کنید. همچنین می توانید PlayOnLinux را امتحان کنید، یک رابط کاربری فانتزی بر روی Wine که به شما کمک می کند برنامه ها و بازی های محبوب ویندوز را نصب کنید.
Wine راهی برای اجرای نرم افزار ویندوز بر روی لینوکس است، اما بدون نیاز به ویندوز. Wine یک لایه سازگار با ویندوز منبع باز است که می تواند برنامه های ویندوز را مستقیماً بر روی هر دسکتاپ لینوکس اجرا کند. اساساً، Wine در تلاش است تا به اندازه کافی از ویندوز را از ابتدا مجدداً پیاده سازی کند تا بتواند همه آن برنامه های ویندوز را بدون نیاز به ویندوز اجرا کند.
عکس ها
Ad
fcGENE: مبدل فرمت ژنوتیپ برای اجرا در ویندوز به صورت آنلاین از طریق لینوکس به صورت آنلاین
شرح
کاربرد اصلی دو جنبه است: اول تبدیل داده‌های SNP ژنوتیپ به فرمت‌های ابزارهای انتساب مختلف مانند PLINK MACH، IMPUTE، BEAGLE و BIMBBAM، دوم تبدیل داده‌های ورودی به فرمت‌های فایل مختلف مانند PLINK، HAPLOVIEW، EIGENSOFT و SNPTEST.فرمت های فایل قابل خواندن: plink-pedigree (ped و map)، plink-raw، plink-dosage، mach، minimac، impute، snptest، beagle و bimbam. به طور مشابه، انواع انتساب خروجی ها نیز پذیرفته شده است.
فرمت هایی که می توانند توسط fcGENE تولید شوند: plink-pedigree، plink-raw، plink-dosage، mach-inputs، minimac-inputs، impute-inputs، beagle-inputs and bimbam-inputs، HAPLOVIEW-inputs، EIGENSOFT-inputs.
کاربرد بیشتر:
- به دست آوردن الگوهای دستورات انتساب لازم و دستورات سایر ابزارهای انتساب
- کنترل کیفیت با توجه به MAF، HWE و CALLRATE.
کلمات کلیدی: تبدیل ژنوتیپ، تبدیل فرمت ژنوتیپ، خروجی انباشت، PLINK، IMPUTE، MACH، Minimac، HAPLOVIEW، BEAGLE، BIMBAM، EIGENSOFT.
امکانات
- می تواند کنترل کیفیت SNP-عاقلانه و فردی را ایجاد کند و می تواند SNP ها و افراد رد صلاحیت شده را در حین تغییر شکل داده ها فیلتر کند.
- می تواند تبدیل فرمت دو طرفه داده های SNP ژنوتیپ را انجام دهد (به عنوان مثال PLINK -> ابزار انتساب و ابزارهای انتساب -> PLINK). این می تواند هر دو فایل شجره نامه و باینری با فرمت plink را بخواند و بنویسد
- می‌تواند SNPهای غیرمجاز را بر اساس امتیاز کیفیت انتساب فیلتر کند
- می تواند الگوهای دستورات ابزار تجزیه و تحلیل GWA را تولید کند
- داده های ژنوتیپ را از قالب یک ابزار انتساب به ابزار دیگر تبدیل می کند.
- تبدیل مراجع انتساب به فرمت plink. این به مقایسه داده های ژنوتیپ با پانل مرجع کمک می کند.
- می‌تواند داده‌های snp را با فرمت GenABEL از داده‌هایی که در ابتدا در قالب‌های دیگر داده شده است ایجاد کند
- می تواند فایل هایی با فرمت های متفاوت تولید کند که حاوی دوز بالایی از فرکانس آللی جزئی هستند
- برای محققانی که در زمینه ژنتیک آماری کار می کنند بسیار مفید است.
- نوشته شده در c++، استفاده از ظروف STL
- می تواند فایل های gezid را بخواند و بنویسد
- می تواند FST را با دستور --fst محاسبه کند
- می تواند داده های استاندارد ژنوتیپ را با تعداد آلل ها و دوزهای آلل بخواند و بنویسد
- می تواند فایل هایی با فرمت vcf که برای BEAGLE4 استفاده می شود ایجاد کند
زبان برنامه نویسی
++C
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/fcgene/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
