این برنامه ویندوز به نام Visualization of Protein-Ligand Graphs برای اجرا در ویندوز به صورت آنلاین از طریق لینوکس آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان vplg_2016_07_18.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه را با نام Visualization of Protein-Ligand Graphs به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید تا در ویندوز به صورت آنلاین از طریق لینوکس به صورت آنلاین با OnWorks اجرا شود.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. هر شبیه ساز آنلاین OS OnWorks را از این وب سایت راه اندازی کنید، اما شبیه ساز آنلاین ویندوز بهتر است.
- 5. از OnWorks Windows OS که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. برنامه را دانلود و نصب کنید.
- 7. Wine را از مخازن نرم افزار توزیع لینوکس خود دانلود کنید. پس از نصب، می توانید روی برنامه دوبار کلیک کنید تا آنها را با Wine اجرا کنید. همچنین می توانید PlayOnLinux را امتحان کنید، یک رابط کاربری فانتزی بر روی Wine که به شما کمک می کند برنامه ها و بازی های محبوب ویندوز را نصب کنید.
Wine راهی برای اجرای نرم افزار ویندوز بر روی لینوکس است، اما بدون نیاز به ویندوز. Wine یک لایه سازگار با ویندوز منبع باز است که می تواند برنامه های ویندوز را مستقیماً بر روی هر دسکتاپ لینوکس اجرا کند. اساساً، Wine در تلاش است تا به اندازه کافی از ویندوز را از ابتدا مجدداً پیاده سازی کند تا بتواند همه آن برنامه های ویندوز را بدون نیاز به ویندوز اجرا کند.
عکس ها
Ad
تجسم نمودارهای پروتئین لیگاند برای اجرا در ویندوز به صورت آنلاین از طریق لینوکس به صورت آنلاین
شرح
بسته نرم افزاری Visualization of Protein-Ligand Graphs (VPLG) نمودارهای پروتئین را محاسبه و تجسم می کند. در سطح ساختار فوق ثانویه کار می کند و از مختصات اتم فایل های PDB و تخصیص SSE الگوریتم DSSP استفاده می کند.VPLG نرم افزار خط فرمان است. اگر دستورات تایپ را دوست ندارید، وب سرور PTGL ما را امتحان کنید: http://ptgl.uni-frankfurt.de/
امکانات
- خواندن داده های اتم سه بعدی از فایل های PDB و تخصیص ساختار ثانویه از فایل های DSSP
- نمودار پروتئین لیگاند را از داده ها محاسبه می کند و نمودار را تجسم می کند
- پشتیبانی از خروجی تصاویر نمودار در قالب‌های بیت مپ (png.) و برداری (svg.)
- نمودارهای پروتئین لیگاند را در یک فایل متنی ساده در قالب خود (plg.) صادر می کند که ویرایش، تجزیه و تولید آن با یک برنامه کامپیوتری و همچنین در تعدادی از فرمت های استاندارد فایل گراف آسان است.
- می تواند نمودارهای پروتئینی را از فایل های plg. بخواند و مستقیماً تجسم کند
- نرم افزار منبع باز رایگان (FOSS)
- پشتیبانی از پایگاه داده (کاملا اختیاری، بدون نیاز به سرور پایگاه داده به طور پیش فرض)
- رابط خط فرمان امکان پردازش دسته ای آسان از طریق اسکریپت های پوسته را فراهم می کند
- اجازه می دهد تا لیگاندها را با شماره اتمی فیلتر کنند
- رابط کاربری گرافیکی جدید نوشته شده در جاوا، دیگر نیازی به تایپ دستورات کنسول نیست!
- نرم افزاری که سرور وب PTGL را تامین می کند: http://ptgl.uni-frankfurt.de/
مخاطبان
علم/تحقیق، آموزش، کاربران نهایی پیشرفته
رابط کاربری
جاوا Swing، کنسول/ترمینال، خط فرمان
زبان برنامه نویسی
جاوه
محیط پایگاه داده
JDBC
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/vplg/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
