Il s'agit de la commande ABYSS qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
ABYSS - assembler de courtes lectures en contigs
SYNOPSIS
Abîme [OPTION] ... DOSSIER
DESCRIPTION
Assemblez tous les fichiers d'entrée, FILE, qui peuvent être dans FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM ou
format BAM et peut être compressé avec gz, bz2 ou xz et peut être goudronné.
Il est recommandé aux utilisateurs souhaitant exécuter un assemblage complet avec ABySS d'utiliser abyss-pe comme
point d'entrée plutôt que le programme ABYSS. abyss-pe est un Makefile qui coordonne de nombreux
des outils ABySS (y compris ABYSS) afin d'exécuter le pipeline d'assemblage ABySS complet.
abyss-pe est capable de faire beaucoup de choses qu'ABYSS n'est pas, comme tirer parti de la
informations de distance fournies par les lectures de fin appariées et les lectures de paires d'accouplement.
--chasteté
rejeter les lectures imprudentes [par défaut]
--pas de chasteté
ne jetez pas les lectures peu chastes
--trim-masqué
couper les bases masquées des extrémités des lectures [par défaut]
--no-trim-masqué
ne coupez pas les bases masquées des extrémités des lectures
-q, --trim-qualité=SEUIL
rogner les bases à partir des extrémités des lectures dont la qualité est inférieure au seuil
-Q, --mask-qualité=SEUIL
masquer toutes les bases dans les lectures dont la qualité est inférieure au seuil
--Qualité standard
la qualité zéro est `!' (33)
par défaut pour les fichiers FASTQ et SAM
--qualité illumina
la qualité zéro est `@' (64)
par défaut pour qseq et les fichiers d'exportation
-o, --dehors=DOSSIER
écrire les contigs dans FILE
-k, --kmer=KMER_SIZE
taille k-mer
-t, --trim-longueur=TRIM_LENGTH
longueur maximale des bords pendants à couper
-c, --couverture=COUVERTURE
supprimer les contigs avec une couverture k-mer moyenne inférieure à ce seuil
-b, --bulles=N
éclater des bulles plus courtes que N pb (par défaut : 3*k).
-b0, --pas de bulles
ne pas faire de bulles
-e, --éroder=COUVERTURE
éroder les bases aux extrémités des contigs émoussés avec une couverture inférieure à ce seuil
-E, --erode-brin=COUVERTURE
éroder les bases aux extrémités des contigs émoussés avec une couverture inférieure à ce seuil sur
l'un ou l'autre brin
--couverture-hist=DOSSIER
enregistrer l'histogramme de couverture k-mer dans FILE
-g, --graphique=DOSSIER
générer un graphique au format point
-s, --snp=DOSSIER
enregistrer les bulles éclatées dans FILE
-v, --verbeux
afficher la sortie détaillée
--Aidez-moi afficher cette aide et quitte
--version
informations de version et quitte
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