Il s'agit de la commande alf qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
alf - Comparaison de séquences sans alignement
SYNOPSIS
alf [OPTIONS] -i IN.FASTA [-o OUT.TXT]
DESCRIPTION
Calculez la similarité par paire de séquences à l'aide de méthodes sans alignement dans IN.FASTA
et écrivez une matrice délimitée par des tabulations avec des scores par paires dans OUT.TXT.
-h, --Aidez-moi
Affiche ce message d'aide.
--version
informations sur la version d'affichage
-v, --verbeux
Lorsqu'ils sont donnés, les détails sur la progression sont imprimés à l'écran.
Entrée / sortie:
-i, --fichier-d'entrée DOSSIER
Nom du fichier d'entrée multi-FASTA. Les types de fichiers valides sont : fa et fasta.
-o, --fichier de sortie DOSSIER
Nom du fichier auquel la matrice délimitée par des tabulations avec des scores par paires sera
écrit à. La valeur par défaut est d'écrire sur stdout. Le type de fichier valide est : alf.tsv.
Paramètres généraux de l'algorithme :
-m, --méthode MÉTHODE
Sélectionnez la méthode à utiliser. L'un des N2, D2, D2Star et D2z. Par défaut : N2.
-k, --k-mer-taille K
Taille des k-mers. Par défaut : 4.
-mo, --bg-modèle-ordre COMMANDER
Ordre de fond Modèle de Markov. Par défaut : 1.
Paramètres de l'algorithme N2 :
-rc, --reverse-complément MODE
Quel brin marquer. Utilisez both_strands pour marquer les deux brins simultanément. Une
d'entrée, both_strands, moyenne, min et max. Par défaut : entrée.
-mm, --incompatibilités INCORRECTIONS
Nombre de discordances, l'un de 0 et 1. Lorsque 1 est utilisé, N2 utilise le k-mer-voisin
avec un décalage. Par défaut : 0.
-mmw, --mismatch-poids POIDS
Poids réel des décomptes pour les mots qui ne correspondent pas. Par défaut : 0.1.
-kwf, --k-mer-fichier-poids FICHIER.TXT
Imprimer les poids k-mer pour chaque séquence dans ce fichier s'il est donné. Le type de fichier valide est :
txt.
CONTACT ET RÉFÉRENCES
Pour toute question ou commentaire, contactez :
Jonathan Goeke[email protected]>
Veuillez vous référer à la publication suivante si vous avez utilisé la méthode ALF ou la méthode N2 pour
votre analyse :
Jonathan Goeke, Marcel H. Schulz, Julia Lasserre et Martin Vingron. Estimation de
Similarité des séquences par paires des amplificateurs de mammifères avec le nombre de mots de voisinage.
Bioinformatique (2012).
Page d'accueil du projet :
http://www.seqan.de/projects/alf
VERSION
version alf : 1.1 Dernière mise à jour le 5 janvier 2012
Utilisez alf en ligne en utilisant les services onworks.net
