alien_hunter - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

alien_hunter - Motifs d'ordre variable interpolés pour l'identification horizontale
ADN acquis

SYNOPSIS

chasseur_extraterrestre [Options]

DESCRIPTION

Alien_hunter est une application pour la prédiction du transfert de gènes horizontal putatif
(HGT) avec la mise en œuvre de motifs d'ordre variable interpolés (IVOM). Un
L'approche IVOM exploite les biais de composition en utilisant des distributions de motifs d'ordre variable et
capture de manière plus fiable la composition locale d'une séquence par rapport à l'ordre fixe
méthodes. En option, les prédictions peuvent être analysées dans un Markov caché de 2e ordre à 2 états
Modèle (HMM), dans un cadre de détection de point de changement, pour optimiser la localisation du
limites des régions prévues. Les pronostics (format embl) peuvent être automatiquement
chargé dans Artemis genome viewer disponible gratuitement sur :
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

ENTRÉE : séquence génomique brute PRÉDICTION : régions HGT basées sur l'ordre variable interpolé
Arguments des motifs (IVOM) :


séquence génomique brute


nom de fichier pour les données de sortie

Arguments facultatifs :

-a pour charger le fichier de prédiction dans Artemis

-c optimiser les limites prédites avec une détection de point de changement 2 états 2nd ordre HMM

Fichiers de sortie :


prédictions (fichier tab) au format embl

.opter
prédictions optimisées (HMM) (fichier tab) au format embl

.terrain
prédictions au format Artemis User Plot à charger manuellement à l'aide de Graph -> Add
Tracé utilisateur...

.opt.plot
prédictions optimisées (HMM) au format Artemis User Plot à charger manuellement à l'aide
Graphique -> Ajouter un tracé utilisateur...

.sco
les scores sur toutes les fenêtres coulissantes - pour le contrôle de la distribution des scores

Remarque : Les prédictions qui se chevauchent avec l'opéron ARNr sont mentionnées dans le qualificateur de note

Utilisez alien_hunter en ligne en utilisant les services onworks.net