Il s'agit de la commande arden-create qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
arden-create - génère un génome artificiel de référence (AR) à partir d'une entrée donnée
SYNOPSIS
arden-créer [Options] [DOSSIER DE SORTIE] [CONTRIBUTION RAPIDE] ...
DESCRIPTION
Script pour générer un génome de référence artificiel (RA) à partir d'une entrée donnée. L'AR
remplit les conditions suivantes par les paramètres par défaut :
1 a une distribution de nucléotides égale au génome d'entrée
2 a une distribution d'acides aminés (aa) égale au génome d'entrée
3 maintient le voisinage aa similaire au voisinage dans le génome d'entrée
4 protège les codons de départ et d'arrêt des mutations
OPTIONS
Arguments requis:
DOSSIER DE SORTIE
chemin complet vers le dossier de destination de sortie
CONTRIBUTION RAPIDE
Fichier Fasta à séquence unique.
--version
afficher le numéro de version du programme et quitter
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
-d DISTANCE, --distance=DISTANCE
distance entre 2 mutations au niveau de l'ADN. La distance minimale sera alors d-3.
[par défaut : 15]
-o ORF, --orf=ORF
1- protéger la structure de l'ORF des mutations. 0 - autoriser les mutations en start/stop
codon [par défaut : 1]
-r REVSUB, --revsub=REVSUB
1 - substitution inverse si aucune contrepartie appropriée n'a été trouvée (mutation équilibrée).
0 - conserver les mutations déséquilibrées.[défaut : 1]
-m ALÉATOIRE, --Aléatoire=RANDOM
1/0 variable. 1 - positions de départ mélangées pour le
mutations. 0 - mutation linéaire [par défaut : 1]
-s SOFR, --saveorfs=SORF
Enregistrer les codons de démarrage et d'arrêt trouvés dans un fichier pickle (peut être chargé si l'entrée fasta
est à nouveau utilisé si un nom de fichier est spécifié). [défaut: ]
-l LORF, --loadorfs=LORF
Spécifiez le nom de fichier à un fichier pickle précédemment créé (contient les positions de
start/stop codons) [défaut : ]
-n NOM --Nom=Nom
Spécifiez le nom qui sera utilisé comme en-tête. [défaut: ]
-p EXEMPLES, --exemples=EXEMPLES
mis à 1 si vous voulez imprimer des exemples
Utilisez arden-create en ligne en utilisant les services onworks.net
