Artemis - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

Artemis - analyse interactive des données EXAFS

DESCRIPTION

Artemis est un programme d'analyse de données EXAFS utilisant des normes théoriques de Feff.
Artemis inclut des interfaces pour Atomes et Feff ainsi que des formulaires pour définir des paramètres et
en appliquant ces paramètres aux chemins à partir du Feff calcul. Artemis utilise chi(k) comme
Il s'agit d'une entrée. Il ne gère aucune tâche de traitement de données, comme la conversion de données brutes en
mu(E) ou suppression de l'arrière-plan. Artemisprogramme sœur de Athena est le traitement des données
.

SYNOPSIS

Artemis est un programme graphique et interactif écrit en langage de programmation perl,
en utilisant le moteur d'affichage Tk, le Ifeffit Bibliothèque EXAFS et bibliothèque de traçage PGPLOT.
(Voir ci-dessous pour une liste d'URL pertinentes.)

Artemis vous aide à organiser tous les aspects d'un projet d'essayage, y compris l'exécution du Feff
calcul, paramétrage de la transformée de Fourier et ajustement des données,
paramétrer les chemins à partir du Feff calcul, exécution de l'ajustement et traçage de la
résultats. le Artemis La fenêtre est divisée en trois panneaux. Le plus grand représente l'espace
où se déroule la majeure partie du travail. Son contenu est modélisé et dépend de l'état des données.
et la liste des chemins. Cette liste se trouve dans le panneau central, plus étroit. L'autre panneau, plus étroit,
contient les contrôles utilisés pour spécifier comment les tracés sont réalisés.

En haut de la fenêtre se trouvent la barre de menus et la barre de projet. La barre de projet affiche
le nom du fichier de projet actuel. Il contient également un indicateur qui vous indique si le
Le projet a été modifié depuis son dernier enregistrement. Cliquer sur le bouton « Modifié »
L'indicateur enregistrera le projet (tout comme Cs ou l'élément « Enregistrer le projet » dans le fichier
(menu). En bas de l'écran se trouve la zone d'écho, où Artemis écrit toutes sortes de
messages utiles lorsque vous utilisez le programme.

La liste Données et chemins contient une liste arborescente de tous les objets qui peuvent être
manipulé comme vous l'utilisez ArtemisLorsque le programme démarre, deux de ces éléments s'affichent.
Pendant que tu cours Feff calculs, importation Feff chemins et autres ensembles de données, et exécuter des ajustements, plus
Des éléments sont ajoutés à cette liste. Au total, elle comprend cinq types d'entrées :
chacun d'entre eux contrôlant un aspect différent de ArtemisCes cinq types d'entrées de liste
sont : (1) les paramètres d'ajustement, (2) les données, (3) les ajustements, (4) Feff calcul, ou (5) Feff chemin.
Lorsque vous cliquez sur un élément dans la liste des données et des chemins, cet élément sera « sélectionné » et
« ancré ». Un élément sélectionné est surligné en orange. Un élément ancré est entouré d'un
une ligne pointillée. Un seul élément peut être ancré. 0, 1 ou plusieurs éléments peuvent être sélectionnés.

L'élément ancré détermine le mode du grand panneau. Par exemple, lorsque l'option « Devinez,
L'élément « Def, Set » est ancré, le panneau principal affichera une page utilisée pour définir l'élément
paramètres d'ajustement. Lorsqu'un élément de données est ancré, le panneau principal affiche une page pour
définition des paramètres de la transformée de Fourier, de la plage d'ajustement et d'autres paramètres associés
avec les données. De nombreuses fonctions dans Artemis dépendent du mode du panneau principal. Certains
Les fonctionnalités ne sont disponibles que dans certains modes. Chaque mode est décrit dans son propre
Section du document. Voir « SECTIONS DU DOCUMENT ».

Parcelles dans Artemis sont toujours créés à partir des éléments sélectionnés. Pour tracer, par exemple, des données, un
et plusieurs chemins individuels, il est nécessaire de sélectionner chacun de ces éléments. De nombreux
autres fonctions dans Artemis fonctionne également sur l'ensemble des éléments sélectionnés.

L'ancrage et la définition des chemins se font généralement à l'aide de la souris dans la liste des données et des chemins,
bien qu'il existe plusieurs autres façons de modifier l'ancre et la sélection à l'aide de la souris
ou le clavier. Voici une liste d'événements de souris utiles dans la liste des données et des chemins :

Gauche souris bouton (dans la fenêtre de contrôle qui apparaît maintenant)
Cliquer sur le bouton gauche de la souris effacera toutes les sélections, puis sélectionnera et ancrera le
Élément cliqué. Le panneau principal affichera la page correspondant à l'élément ancré.

souris bouton (dans la fenêtre de contrôle qui apparaît maintenant)
Cliquer sur le bouton central de la souris ancrera l'élément cliqué sans modifier le
sélection. Le panneau principal affichera la page appropriée à l'élément ancré.

Droite souris bouton (dans la fenêtre de contrôle qui apparaît maintenant)
Cliquer sur le bouton droit de la souris ancrera l'élément cliqué sans modifier le
sélection. Il affichera également un menu de fonctions adaptées à l'élément cliqué.
Ces menus sont les mêmes que ceux de la barre de menus en haut de la fenêtre.
le panneau principal affichera la page appropriée à l'élément ancré.

Control clé + à gauche souris bouton (dans la fenêtre de contrôle qui apparaît maintenant)
Cliquer sur le bouton gauche de la souris tout en maintenant la touche Ctrl enfoncée ajoutera l'élément
Cliquez sur le groupe d'éléments sélectionnés. L'ancre reste inchangée.

Shift clé + à gauche souris bouton (dans la fenêtre de contrôle qui apparaît maintenant)
Cliquer sur le bouton gauche de la souris tout en maintenant la touche Maj enfoncée sélectionnera tous les éléments
entre l'ancre et l'élément cliqué, inclusivement. L'ancre n'est pas modifiée.

Gauche souris bouton (dans la fenêtre de contrôle qui apparaît maintenant) + souris glisser
Cliquer sur le bouton gauche de la souris puis faire glisser la souris tout en maintenant le bouton enfoncé
sélectionnera tous les éléments sur lesquels vous faites glisser le curseur. L'élément initialement cliqué sera
être ancré et le panneau principal affichera la page appropriée à l'élément ancré.

Contrôle-k, Contrôle-j
Appuyer sur les touches k ou j tout en maintenant la touche Ctrl enfoncée déplacera l'ancre vers le
élément précédent ou suivant dans la liste sans modifier la sélection. Le panneau principal
afficher la page correspondant à l'élément ancré. Ces deux séquences de touches se comportent
différemment lorsque l'élément « Deviner, Définir, Définir » est ancré. Voir la page « Deviner, Définir, Définir »
pour information

Contrôle-l
Appuyer sur la touche l tout en maintenant la touche Ctrl enfoncée mettra le focus sur les données et
Liste des chemins. Cette option vous permet de parcourir la liste à l'aide des touches fléchées.

La couleur et la police du texte dans la liste des données et des chemins indiquent l'état de chaque
élément. Tout élément écrit en noir et en texte vertical est un élément qui peut être tracé. Lorsqu'un
ensemble de données ou Feff chemin est exclu de l'ajustement, il sera écrit en texte marron.
Deviner, Déf, Définir l'élément et le Feff les éléments de calcul sont écrits en italique.
Le texte en italique indique les éléments qui ne peuvent pas être représentés graphiquement. Bien que ces éléments non-représentables puissent l'être,
être sélectionnés, ils seront ignorés lorsqu'un tracé est réalisé.

ARTÉMIS : L'exposition Date Page

ARTEMIS - La page de données

La page de données s'affiche dans Artemispanneau principal de lorsqu'un élément de données est ancré dans le
Liste des données et des chemins. Consultez la section principale du document pour une explication de l'ancrage et
sélection d'éléments dans la liste des données et des chemins.

La page de données est divisée en cinq sections. En haut se trouve un encadré contenant le titre.
Lignes associées à ces données. Celles-ci sont lues depuis le fichier de données d'entrée, mais peuvent être
modifiables à tout moment par l'utilisateur. Lorsque les données sont écrites dans des fichiers de sortie, leur contenu
Les éléments de cette boîte sont indiqués comme des en-têtes. Sous les titres se trouve le nom du fichier de données.
qui a été importé. En dessous se trouvent quatre cases contenant des groupes de contrôles associés.

Date Bascule
Cette boîte contient trois boutons qui contrôlent certains aspects de l'ajustement. Les deux premiers
ne sont pertinentes que dans le cadre d'un ajustement de plusieurs ensembles de données. Lors de la configuration d'un projet contenant un
ajustement de plusieurs ensembles de données, il est parfois utile d'exclure un ensemble de données entier de l'ajustement
sans le supprimer du projet. Ceci peut être fait avec le premier bouton. Lorsqu'un
l'ensemble de données est exclu, lui et tous les éléments en dessous sont affichés en texte marron dans les données et
Liste des chemins pour indiquer qu'ils ont été exclus de l'ajustement.

Une fois l'ajustement terminé, Artemis veut montrer son travail et afficher une parcelle de
les données et l'ajustement qui vient d'être terminé. Dans le cas d'un ajustement sur plusieurs ensembles de données, vous pourriez
Vous avez une préférence quant à l'ensemble de données à tracer. Cliquez sur ce bouton pour l'activer.
ensemble de données préféré.

Le troisième bouton indique Artemis pour effectuer un raffinement de la spline d'arrière-plan lorsqu'elle
effectue l'ajustement. Ce corefinement est, en fait, la même opération qui a été
interprété par Athena pour supprimer l'arrière-plan des données. Le paramètre « rmin » sert
le même but que AthenaParamètre « rbkg ». Lorsque l'ajustement est effectué avec le
corefinement d'arrière-plan, une spline est utilisée pour ajuster les composantes de Fourier des données ci-dessous
"rmin" et le Feff les chemins sont utilisés pour ajuster les composantes de Fourier entre « rmin » et
« rmax ». Le nombre de paramètres utilisés pour déterminer la spline est le nombre de
points indépendants dans cette partie des données : « 2*delta_k*delta_R/pi », où « delta_k » est
la plage de la transformée de Fourier et « delta_R » est la plage comprise entre 0 et « rmin ».
avantage de faire le corefinement d'arrière-plan, autre que la possibilité de faire le
l'ajustement semble plus agréable à faible R, est-ce que ce sont des corrélations entre les paramètres d'arrière-plan et les
les paramètres d'ajustement peuvent être mesurés.

Fourier transforment et raccord paramètres
Cette boîte contient les commandes utilisées pour définir les plages de la transformée de Fourier directe et
de l'ajustement. La plage d'ajustement est également utilisée comme plage de transformée de Fourier arrière lorsqu'un
L'intrigue est un espace q créé. Voir « Piquer les boutons » pour une discussion sur les petits boutons carrés.
marqué d'un x bleu.

D'autres contrôles sont utilisés pour définir les formes fonctionnelles de la fenêtre de transformée de Fourier utilisée
en k et R. Les largeurs des seuils de ces fonctions sont définies à l'aide des zones de saisie
étiquetés « dk » et « dr ».

poids k paramètres
Les commandes de cette boîte permettent de définir les valeurs de poids k à utiliser dans les ajustements.
Il y a des boutons pour activer le poids k de 1, 2 ou 3. Il y a également un bouton pour
en spécifiant une valeur arbitraire de k-weight.

Il s'agit des valeurs de pondération k utilisées dans l'ajustement, mais pas de la pondération k utilisée pour tracer les données.
Ces deux objectifs du poids k sont traités indépendamment par Artemis. Voir Tracé dans
Artemis pour une discussion sur le traçage des contrôles de poids k.

Les gens sont parfois confus par le concept de multiplicité des poids k pour l'ajustement.
Le but du choix d'une valeur faible ou élevée pour le poids k est de tenter de mettre l'accent sur l'un ou l'autre
limite k faible ou élevée des données. Étant donné que différentes régions des données sont sensibles à
différents types de paramètres, on peut choisir une valeur basse ou élevée pour augmenter la
précision de mesure de certains paramètres. Effectuer plusieurs ajustements de pondération K est une sorte de
compromis – une manière de mettre l’accent sur les deux extrémités des données dans l’ajustement.

L'ajustement est déterminé en minimisant une quantité appelée khi-deux. Le khi-deux est évalué.
en additionnant les carrés de la différence entre les données et la théorie. Puisque la FT est
complexe, il y a une partie réelle et une partie imaginaire. Le khi carré est donc proportionnel à :

/ \
somme < Re[ données(R) - th(R) ]^2 + Im[ données(R) - th(R)]^2 >
R \ /

Dans un ajustement à pondérations multiples, la somme comporte simplement plus de termes. Prenons un kw = 1 et 3.
Ceci est un exemple. Cette sommation est effectuée pour les données et la théorie kw=1. Et le
Une sommation est effectuée pour les données kw=3 et la théorie. Les sommations sont additionnées et la
la somme totale est utilisée pour évaluer le chi carré.

En fin de compte, il n’existe qu’un seul ensemble de paramètres de supposition qui ont été optimisés
par l'ajustement. Ces paramètres d'estimation, ainsi que les paramètres définis, sont utilisés pour évaluer
paramètres de définition et les paramètres de chemin. Les paramètres de chemin servent à évaluer
Équation exafs pour chaque chemin. Les équations exafs des chemins sont additionnées pour obtenir
Chi(k) théorique le mieux ajusté. Vous disposez d'un chi(k) de données et d'un chi(k) le mieux ajusté. Ceux-ci peuvent
puis être tracé comme vous le souhaitez - même en utilisant un poids k qui n'a pas été utilisé pour déterminer
l'ajustement.

Autres paramètres
La dernière case contient plusieurs commandes qui ne rentrent pas dans les autres cases. Il y a un
Menu de sélection de l'espace d'ajustement. Vous pouvez choisir d'ajuster les données dans l'un des espaces suivants : k, R ou q.
espace. La valeur par défaut est de s'adapter à R.

Epsilon est l'incertitude utilisée pour évaluer le khi carré. Normalement, on peut poser
Artemis utiliser la valeur par défaut (qui est déterminée à partir de la valeur RMS des données entre
15 et 25 angströms dans l'espace R). Dans certaines situations, il peut être utile d'indiquer explicitement
définir une valeur pour epsilon.

Après la crise, Artemis écrit un fichier journal documentant l'ajustement. Parmi les informations contenues dans
Ce fichier journal contient les corrélations entre tous les paramètres d'ajustement. Vous pouvez définir
niveau en dessous duquel Artemis exclura une corrélation de ce rapport.

Enfin, il existe un menu permettant de sélectionner le chemin à utiliser pour les tracés corrigés en phase.
le menu contient les cinq premiers chemins de chaque Feff calcul utilisé avec l'ensemble de données.
Lorsqu'un chemin est sélectionné pour les tracés corrigés en phase, le déphasage complet de ce chemin --
l'atome central et les parties de l'atome diffusant seront soustraits de tout
c'est-à-dire une transformée de Fourier avant d'être tracée. Si un chemin est sélectionné pour la phase
correction et vous faites un tracé, par exemple, des données, de l'ajustement et de plusieurs chemins, les sélectionnés
Le déphasage sera soustrait de chaque élément avant son tracé. La correction de phase est
Pour le traçage uniquement. Les ajustements sont toujours effectués sur des données non corrigées en phase.

Pluck boutons
Plusieurs des commandes de cette page ont un petit bouton avec un x bleu à côté d'eux.
Ceux-ci sont appelés boutons de pincement et sont utilisés pour récupérer des valeurs dans la fenêtre de tracé.
Lorsque vous cliquez sur l'un de ces boutons, une invite s'affiche dans la zone d'écho vous demandant
pour cliquer sur un point du graphique. La valeur sur laquelle vous avez cliqué sera
inséré dans la zone de saisie adjacente au bouton de pincement. Artemis fait attention à ne pas laisser
vous extrayez une valeur k d'un tracé dans R, ou vice versa.

Contexte menus
Lorsque vous passez la souris sur les étiquettes de la page de données, le texte sous la souris change
couleur. Ce changement de couleur indique que les clics de souris auront un effet. Un clic gauche
un clic de souris sur l'une de ces étiquettes entraînera l'affichage d'une brève description de ce paramètre.
affichées dans la zone d'écho. Nombre de ces descriptions suggèrent également des valeurs raisonnables pour
le paramètre.

En cliquant avec le bouton droit de la souris sur l'une des étiquettes, un menu contextuel d'informations utiles s'affichera.
fonction. Une de ces fonctions consiste à restaurer ce paramètre à sa valeur par défaut. Si vous avez
un ensemble de données multiples s'adapte, les autres options de menu vous permettent de contraindre le paramètre
entre les ensembles de données.

Les étiquettes en haut des cases sont toutes sensibles au bouton gauche de la souris.
au-dessus de la transformée de Fourier et de la boîte de plage d'ajustement et de la boîte de poids k sont également sensibles à
le clic droit de la souris.

ARTÉMIS : devinez, Ensemble, Def Paramètres

ARTEMIS - Deviner, définir, définir les paramètres

Cette page permet de définir les paramètres du modèle d'ajustement. Artemis il y en a six
types de paramètres :

Guess
Les paramètres de conjecture sont ceux qui sont optimisés au cours de l'ajustement pour obtenir le meilleur résultat.
adapter la théorie aux données.

Def Les paramètres de définition sont généralement exprimés sous forme d'expressions mathématiques qui peuvent être fonctionnellement
dépend d'autres paramètres. Ces expressions mathématiques sont mises à jour tout au long de
Au cours de l'ajustement. Les paramètres de définition sont mis à jour à mesure que les paramètres de supposition sont mis à jour.

complet » Les paramètres définis sont évalués au début de l'ajustement et ne sont pas mis à jour tout au long
L'ajustement. C'est la principale différence entre les paramètres def et set.
peut être des nombres ou des expressions mathématiques.

Retenue
Les contraintes sont des expressions mathématiques qui, comme les paramètres def, sont mises à jour tout au long du
cours de l'ajustement, mais qui jouent un rôle particulier dans l'ajustement. Une contention est
évalué et ajouté en quadrature à l'évaluation du paramètre chi-carré.
la retenue peut donc être utilisée pour incorporer un biais dans le résultat de l'ajustement
vers une connaissance préalable du système physique. Voir le Ifeffit |
discussion complète des contraintes.

Skip
Les paramètres de saut sont conservés dans le projet mais ne sont utilisés d'aucune manière dans le
ajustement. L'intérêt d'un paramètre de saut est de maintenir, sans utiliser, un paramètre compliqué
avec une expression mathématique compliquée.

Après
Un after est similaire à un paramètre def dans la mesure où il peut s'agir d'une expression mathématique dépendante
sur d'autres paramètres. Un après ne fait cependant pas partie du modèle d'ajustement.
Il s’agit plutôt d’un paramètre qui sera évalué à la fin de l’ajustement à l’aide de
Valeurs optimales. La liste des paramètres suivants sera consignée dans le fichier journal.
L'utilisation d'un paramètre after n'importe où dans votre modèle d'ajustement entraînera Artemis
signaler une erreur dans le modèle. Les suites peuvent dépendre d'autres suites, mais vous devriez
Veillez à respecter l'ordre d'apparition des « après » dans la liste. Les paramètres « après »
ne sera évalué qu'une seule fois après l'ajustement, donc des dépendances circulaires ou désordonnées
ne sera pas résolu.

La page « Deviner, Définir, Définir » est divisée en deux sections. En haut se trouve une liste déroulante contenant
la liste de tous les paramètres définis. En bas se trouve la zone d'édition contenant les
contrôles utilisés pour établir les paramètres.

L'exposition paramètre listbox
Cette zone contient une liste en quatre colonnes de tous les paramètres définis dans un projet.
La colonne la plus à gauche compte les paramètres. La deuxième colonne contient une balise identifiant le
type du paramètre. La troisième colonne contient le nom du paramètre. La colonne la plus à droite
la colonne contient l'expression mathématique du paramètre.

Les paramètres sont codés par couleur et par l'étiquette de la deuxième colonne. Les paramètres de supposition sont
Les paramètres sont écrits en violet et comportent la balise « g: ». Les paramètres de définition sont écrits en vert.
et comportent la balise « d: ». Les paramètres définis sont écrits en noir et comportent la balise « s: ».
Les restrictions sont écrites en rose et comportent la balise « r: ». Les paramètres de saut sont indiqués en
texte gris et sans balise. Les paramètres suivants sont écrits en texte bleu-gris et ont la
Balise « a : ».

Il existe un grand nombre de clics de souris et de séquences de touches qui ont une fonction dans le
zone de liste:

1. Un clic gauche de la souris sélectionne un paramètre et l'affiche dans la zone d'édition.

2. Un double clic du bouton gauche de la souris sélectionne un paramètre, l'affiche dans l'éditeur
et vous invite à saisir l'annotation du paramètre. Voir « Annotations des paramètres ».

3. Un clic droit de la souris sélectionne un paramètre, l'affiche dans la zone d'édition et publie un
Menu contextuel concernant ce paramètre. Ce menu comporte plusieurs options. L'option « Déplacer »
Le sous-menu « Make » permet de repositionner le paramètre actuel dans la liste.
permet de modifier le type du paramètre. L'option « Copier » répliquera le
paramètre ancré, ajoutant quelques caractères à la fin de son nom. Le paramètre « Build »
L'élément « Retenue » est abordé ci-dessous. L'élément de menu « Annoter » invite à saisir
Annotation des paramètres. L'option « Rechercher » du menu permet de rechercher tous les paramètres et chemins.
expressions mathématiques de paramètres et vous montrer comment ce paramètre est utilisé dans le projet.
L'élément de menu « Grab » n'est activé que pour les paramètres de supposition et insérera le meilleur ajustement
valeur d'un ajustement comme valeur de ce paramètre. Enfin, l'option de menu « Supprimer »
supprimera ce paramètre de la liste après avoir demandé confirmation.

4. Ctrl-d définira le paramètre dans la zone d'édition.

5. Ctrl-g récupérera la valeur d'ajustement optimale des paramètres actuels à partir d'un ajustement.

6. Ctrl-e affichera la zone d'édition si elle est masquée.

7. Ctrl-k et Ctrl-j déplaceront la sélection vers le haut ou vers le bas dans la liste. Notez que
ces deux séquences de touches servent à déplacer l'ancre vers le haut et vers le bas dans la liste des données et des chemins
lorsque la page Guess, Def, Set ne s'affiche pas.

8. Ctrl-n effacera la sélection et se concentrera sur la zone de saisie du nom du paramètre afin que
vous pouvez créer un nouveau paramètre.

9. Ctrl-y vous invitera à appuyer sur l'une des touches g, d, s, r, k ou e pour définir le
type du paramètre. C'est la seule façon de définir le type de paramètre qui ne
impliquer la souris.

Expansion sélection
Plusieurs éléments de la liste des paramètres peuvent être sélectionnés à l'aide des touches Ctrl-clic, Maj-
séquences de clic et de clic-glisser décrites pour la liste des données et des chemins et pour le journal
visualiseur. Seul l'élément de liste ancré (c'est-à-dire celui entouré d'une ligne pointillée et
(affiché dans la zone d'édition) peut avoir son nom et son expression mathématique modifiés.

L'avantage de la sélection étendue est que certaines des options du menu contextuel décrites
L'élément 3 ci-dessus peut agir sur plusieurs paramètres simultanément. En effectuant une sélection étendue,
en cliquant sur le bouton droit de la souris quelque part dans la région sélectionnée, le menu contextuel s'affichera
affiché avec des options pour le groupe de paramètres sélectionnés. Actuellement, les groupes de paramètres
peuvent avoir leurs types définis et peuvent être supprimés de cette manière.

Si vous faites un clic droit en dehors de la région sélectionnée, la sélection étendue sera effacée et
le paramètre sur lequel on clique sera ancré et sélectionné.

L'exposition éditer la surface
La zone d'édition comporte trois rangées de commandes. La rangée supérieure comporte deux zones de saisie.
Le plus petit à gauche sert à saisir le nom du paramètre. Le plus grand à gauche
la droite sert à saisir l'expression mathématique du paramètre.

Sous les zones de saisie se trouve un ensemble de cinq boutons radio permettant de sélectionner le type de paramètre
en cours d'édition.

Au bas de la zone d'édition se trouvent cinq boutons permettant d'agir sur le paramètre en cours
modifié. Le bouton « Annuler la modification » efface les champs de saisie et annule les modifications.
Le bouton « Nouveau » permet de définir un nouveau paramètre. Il efface la saisie.
cases, désélectionne les paramètres dans la liste déroulante et donne le focus à la zone de saisie pour saisir les
nom du paramètre. Le bouton « Saisir » est activé après l'exécution d'un ajustement. Il insère le
valeur optimale pour un paramètre de sélection. Le bouton « Supprimer » supprime un paramètre de la liste.
Liste. Une boîte de dialogue de confirmation de suppression s'affiche. Enfin, le bouton « Masquer » supprime la modification.
pour afficher davantage de paramètres dans la liste. Lorsque la zone d'édition
est masqué, il est remplacé par un bouton permettant de restaurer la zone d'édition.

Voici les détails du comportement de ces contrôles :

1. Appuyer sur Entrée dans la zone de saisie du nom du paramètre définit le paramètre, l'insère ou
met à jour l'expression dans la liste et place le focus sur la zone de saisie de l'expression mathématique. Si une expression mathématique
l'expression n'a pas encore été définie, le paramètre sera défini comme 0.

2. Appuyer sur Entrée dans la zone de saisie de l'expression mathématique définit le paramètre, insère ou
le met à jour dans la liste déroulante et laisse le focus sur la zone de saisie de l'expression mathématique.

3. Cliquer sur l'un des boutons radio définit le paramètre, l'insère ou le met à jour
dans la liste déroulante et laisse le focus inchangé.

Paramètre annotations
Une annotation est une courte chaîne de texte associée au paramètre. Cette chaîne
est écrit dans la zone d'écho chaque fois que le paramètre est sélectionné dans la liste déroulante sur le
Page « Devinez, Définissez, Définissez ». L'annotation a pour but d'écrire un petit indice sur la
Rôle joué par le paramètre dans le modèle d'ajustement. Si un paramètre de supposition n'a pas d'annotation
Lorsqu'un ajustement est exécuté, son annotation est générée automatiquement.
L'annotation d'un paramètre de supposition correspond à sa valeur de meilleur ajustement +/- sa barre d'erreur. L'automatique
l'annotation pour un paramètre def, after ou restrain est sa valeur évaluée après l'ajustement.

Développer contention
L'un des éléments du menu contextuel affiché lors d'un clic droit sur un paramètre est pour
Création de contraintes basées sur des paramètres de supposition ou de définition. Cet outil propose une boîte de dialogue pour
construire un type particulier de contrainte - le type qui contraint un paramètre à rester
dans les limites de sa valeur. La boîte de dialogue demande une valeur minimale et maximale,
Pour un terme appelé « amplificateur ». L'expression mathématique construite est la suivante :

restreindre param_res = pénalité(param, min, max) * amp

La fonction de pénalité est évaluée à 0 lorsque « param » est compris entre « min » et « max », pour
"abs(min-param)" lorsque "param" est inférieur à "min", et à "abs(param-max)" lorsque "param" est
supérieur au « max ». Ceci est ajouté en quadrature au khi-deux réduit, car l'ajustement est
évalué.

Le terme « amplificateur » détermine l'ampleur de la pénalité. Une valeur élevée pour « amp »
Forcer la valeur ajustée de « param » à ne pas trop s'écarter de ses limites. Une petite valeur
permettra à l'ajustement plus de liberté pour laisser « param » s'écarter de votre estimation initiale.

Voir le Ifeffit FAQ, question 8.1 pour plus de discussion sur les restrictions, y compris la discussion
d'autres façons de définir des restrictions qui n'impliquent pas la fonction « penalty() ».

Attention : les contentions ne sont pas toujours appropriées. Par exemple, si un ajustement est
renvoyant une valeur négative pour sigma^2, il peut ne pas être approprié d'appliquer une valeur rigide
retenue comme moyen de forcer ce sigma^2 à être une valeur attendue. Souvent, un
un sigma^2 négatif indique un autre problème dans le modèle d'ajustement tel que
désordre structurel excessif, un nombre de coordination qui est forcé d'être trop petit, le
Espèce atomique incorrecte pour un rétrodiffuseur, ou similaire. Utilisation d'une contrainte sur sigma^2
dans un cas comme celui-ci ne résoudrait pas le problème. Bien au contraire, cela pourrait favoriser une
faux sentiment d'accomplissement en « résolvant » le « problème » sigma^2 sans réellement
abordant le problème réel dans le modèle d'ajustement.

Mise en évidence
Le menu GDS propose une option permettant de surligner les paramètres. Cette option vous invite à saisir un
chaîne de texte. Tous les noms de paramètres ou expressions mathématiques correspondant à cette chaîne seront
marqué d'un fond vert. Ceci est particulièrement utile pour les grandes listes de paramètres.
La chaîne de texte est interprétée comme une expression régulière Perl et donc toute expression régulière Perl valide
Des métacaractères peuvent être utilisés. (Cela inclut les expressions régulières utilisant « (?{ code }) » et
d'autres constructions similaires, une pratique dont l'auteur Artemis ne recommande pas, mais le fait
ne pas empêcher.)

Importation et l'exportation texte fichiers
Pour les modèles d'ajustement volumineux et complexes, il peut être pratique de modifier la liste des paramètres avec un
éditeur de texte ou même d'écrire un programme qui génère les paramètres et les écrit dans un
fichier texte. Dans ce cas, il est pratique de pouvoir importer et exporter un fichier texte.
Représentation de la liste des paramètres. Ces fichiers sont d'un format simple. Toute ligne comme
celles-ci:

devinez un 5
ensemble b 6
déf c a+b

peuvent être importés et exportés depuis la page Guess, Def, Set via le menu GDS.
fichier importé, toute ligne commençant par « guess », « def », « set », « restrain », « after »,
ou « skip » sera importé comme paramètre. Le deuxième mot de la ligne sera considéré comme
le nom du paramètre et les mots restants sur la ligne seront concaténés pour former le
Expression mathématique. À l'exportation, les lignes suivront le format suivant :

nom du type = expression_mathématique

Très peu de vérifications d'erreurs sont effectuées lors de l'importation pour vérifier que le paramètre est
défini de manière judicieuse, utilisez donc cette fonctionnalité avec prudence.

ARTÉMIS : ATOMES, L'exposition Cristallographique Avant Fin à FEFF

ARTEMIS - ATOMES, Le front-end cristallographique à FEFF

À notre humble avis, Atomes consiste à générer un fichier « feff.inp » à partir de données cristallographiques.
La partie la plus difficile de la création d'un fichier « feff.inp » est de créer la longue liste de coordonnées atomiques.
Atomes ce qui rend la partie difficile de la course Feff facile, du moins pour les matériaux cristallins.

Cette page peut être utilisée pour créer des données d'entrée pour Atomes à partir de zéro. Il sera également utilisé
pour afficher les données cristallographiques importées d'un fichier « atoms.inp » ou d'un fichier CIF.
importer un fichier « atoms.inp » ou un fichier CIF, utilisez la boîte de dialogue d'importation de fichier normale.

L'exposition titre boîte
En haut se trouve une zone de texte permettant de saisir des lignes de titre identifiant les données cristallographiques.
Ces lignes seront écrites dans le fichier « feff.inp » et en haut de la Feff
page d'interprétation. C'est un bon endroit pour citer la référence bibliographique ou pour fournir
autres informations importantes sur le cristal.

Cristal paramètres
Sur le côté gauche de la page se trouvent des zones de saisie pour saisir le groupe spatial, les constantes de réseau,
et les angles du réseau du cristal. Un groupe d'espace doit toujours être fourni. Atomes est très
flexible quant à la façon dont le symbole du groupe spatial est saisi. Vous pouvez utiliser la méthode Hermann-Maguin ou
Symboles de Scheonflies ou index du groupe spatial des Tables internationales.
l'algorithme qui interprète le symbole est insensible aux espaces blancs et aux majuscules --
« P m -3 m » et « PM-3M » sont interprétés de la même manière. Pour plus de détails sur la façon dont
les symboles sont interprétés, voir le Atomes documentation sur le site Web de Bruce.

Les constantes de réseau sont saisies en unités d'Angströms, les angles sont saisis sous forme de nombres décimaux
en degrés (et non en minutes d'arc - c'est-à-dire que 89 degrés et demi sont entrés comme 89.5 plutôt que
de 89'30"). De nombreux groupes spatiaux présentent des symétries qui créent certains angles de réseau et
constantes identiques. Dans ces situations, il suffit de compléter les éléments essentiels.
valeurs. Par exemple, un groupe spatial cubique ne nécessite qu'une valeur pour la constante « a ».
Atomes saura définir les autres constantes du réseau de la même manière et définir les angles à 90
degrés. Pour les groupes de symétrie inférieurs, vous devez fournir toutes les informations nécessaires.

Sous les constantes du réseau se trouvent des zones de saisie pour « Rmax » et le vecteur de décalage ainsi qu'un menu pour
sélection du bord d'absorption du Feff calcul. « Rmax » est l'étendue radiale du
cluster qui sera écrit dans le fichier « feff.inp ». Certains groupes d'espaces sont indiqués dans le
Tables internationales avec deux origines différentes - c'est-à-dire que l'origine est placée sur des sites avec
deux symétries ponctuelles différentes. Les coordonnées fractionnaires des sites sont différentes pour
les deux réglages différents du cristal. Dans ces cas-là, Atomes nécessite que vous utilisiez un
l'une des deux options. Si vos données d'entrée utilisent l'autre origine,
Cela devrait être assez évident. Dans ce cas, les nombres de coordination et les distances
Les couches de coordination sont généralement manifestement erronées. Lorsqu'on utilise l'un des groupes spatiaux
pour lesquels deux choix d'origine existent, Artemis émettra un avertissement. Si vous suspectez que
un mauvais choix d'origine a été utilisé, insérez les valeurs du vecteur de décalage qui ont été
signalé dans le message d'avertissement.

À l'occasion, des cristaux sont signalés dans la littérature en utilisant des origines autres que
Norme utilisée dans les Tables internationales. L'oxyde de germanium en est un exemple célèbre.
sont les données cristallines pour GeO2 :

titre GeO2 (hexagonal)
espace p 32 2 1
a=4.98502 c=5.64800
rmax=6.0 core=Ge
décalage 0 0 0.66667
atomes
Ge 0.4513 0.0 0.0
O 0.3969 0.3021 0.0909

Pour une raison quelconque, la référence de cristallographie pour ce matériau utilise une origine qui est
décalé de 2/3 dans la direction z par rapport à l'origine utilisée dans les Tables internationales.
Pour obtenir Atomes pour calculer correctement cette structure, le vecteur de décalage donné ci-dessus doit être
utilisé.

L'exposition atomes liste
À droite de la page se trouve la liste des sites cristallographiques uniques. À mesure que de nouveaux sites apparaissent,
sont créés, ils sont insérés dans la liste. Les sites ne sont pas modifiés directement,
la zone d'édition en bas de l'écran est utilisée et la liste de tous les sites est
affiché ici. Son fonctionnement est similaire à celui de la page « Deviner, Définir, Définir ».

Pour modifier un site, faites un clic gauche sur son entrée dans la liste. Ses symboles d'éléments, ses coordonnées,
et la balise du site s'afficheront dans la zone d'édition. Un clic droit sur un site de la liste
publier un menu contextuel avec plusieurs fonctions exécutables sur ce site. Vous pouvez
Réorganisez la liste à l'aide du menu « Déplacer ». Un site peut être copié et sa copie ajoutée à
la liste via le menu « Copier ». Le menu « Supprimer » supprime complètement le site.
dans la liste. La liste prend en charge une sélection étendue. Lorsque plusieurs sites sont sélectionnés (par exemple,
(surligné en jaune), l'élément de menu « Supprimer » fonctionnera sur tous les sites sélectionnés.

Les sites peuvent également être réorganisés à l'aide du clavier. Les raccourcis clavier « Alt-k » et « Alt-j » permettent de se déplacer.
le site sélectionné vers le haut ou vers le bas dans la liste.

L'exposition éditer la surface
Au bas de la page se trouve la collection de widgets utilisés pour créer et éditer réellement
sites cristallographiques uniques. La case Élément permet d'insérer l'élément à deux lettres.
Symbole du site. Le site ne sera pas créé si ce symbole n'est pas valide. La balise
Il peut s'agir de n'importe quelle chaîne de 10 lettres servant à identifier le site. La balise sert à le différencier.
sites qui contiennent le même élément.

Les cases pour les coordonnées « x », « y » et « z » peuvent être remplies avec des nombres à virgule flottante
ou fractions simples. Autrement dit, 0.5 et 1/2 sont tous deux acceptables. Ces coordonnées sont
positions fractionnaires dans la cellule unitaire et ne sont pas des coordonnées cartésiennes.

Une fois tous les sites créés dans votre cristal, cliquez sur le bouton « Exécuter les atomes ».
traiter les données cristallographiques, créer le fichier « feff.inp », afficher le fichier « feff.inp »
.

Atomes modèle fichiers
Les données « feff.inp » générées lorsque le bouton « Exécuter les atomes » est enfoncé sont déterminées
par le contenu d'un fichier modèle spécial. Artemis est distribué avec un certain nombre de
Fichiers modèles à usages divers. La structure des données « feff.inp » est définie par
la valeur de la préférence « atomes->modèle ». La valeur par défaut est « feff », ce qui indique
Artemis pour utiliser le fichier modèle adapté à l'exécution Feff6.

Si vous souhaitez exécuter une autre version de Feff, vous devez définir les « atomes->modèle »
variable de préférence à la valeur appropriée. Des modèles sont fournis avec Artemis pour
Feff7 et Feff8 fichiers d'entrée. Feff8 des fichiers d'entrée peuvent être écrits qui conviennent
pour les calculs XANES ou EXAFS non auto-cohérents.

Parfois, il est utile de modifier les fichiers modèles pour écrire des « feff.inp » spécialisés.
données. Si ces fichiers de modèles modifiés sont placés dans «~/.horae/atp/" (unix) ou "C:Program
Fichiers\Ifeffit\horae\atp" (windows), Artemis pourra les retrouver.

Final noter
Une explication complète de la façon dont le Atomes Le fonctionnement des algorithmes dépasse le cadre de ce document
.

ARTÉMIS : L'exposition FEFF Entrée Fichier

ARTEMIS - Le FEFF fichier d'entrée

Cette page affiche les Feff données d'entrée, qui incluent certains paramètres de contrôle et une longue
liste de coordonnées atomiques. Cette page n'est pas plus sophistiquée qu'une zone de texte
sert d'éditeur primitif et de bouton en bas pour exécuter Feff. Expliquer Feff
dépasse le cadre du présent document.

Quand feff une fois terminé, une boîte de dialogue vous demandera combien de chemins importer.
Les choix sont : aucun, le premier chemin, les 10 premiers chemins et tous les chemins. Le nombre dans
La troisième option est configurable dans les préférences. Si vous devez la réexécuter,
Feff Après avoir démarré un projet, « aucun » est généralement la bonne réponse. Les autres options peuvent
cela entraîne la définition d'un ou plusieurs chemins deux fois dans le projet, ce qui crée une situation confuse.

If Feff ne parvient pas à se terminer, Artemis va essayer de reconnaître le problème et poster un
suggestion pour résoudre le problème. Si Artemis ne reconnaît pas votre problème,
explique-le à Bruce pour qu'il puisse ajouter ce problème à Artemisbase de données de dépannage
de Red Lion

ARTÉMIS : Interprétation of le FEFF Calcul

ARTEMIS - Interprétation de la FEFF calcul

Cette page fournit un aperçu concis de la Feff calcul. En haut de la page se trouve
un résumé de certaines statistiques du calcul. Ci-dessous se trouve un graphique montrant
détails de chaque chemin du calcul. Pour chaque chemin, la dégénérescence et le demi-chemin
La longueur et le facteur d'amplitude sont affichés. La dernière colonne présente un résumé tokenisé de
le chemin de diffusion - cela vous permet de voir en un coup d'œil quels atomes ont été impliqués dans le
chemin.

Les informations et les menus contextuels disponibles sur cette page vous permettent d'organiser, de comprendre,
et manipuler les chemins dans ce Feff calcul. Presque toutes les fonctions impliquant
les chemins sauf l'écriture d'expressions mathématiques pour les paramètres de chemin est disponible sur ce
.

L'exposition l'interprétation tracer
Les couleurs et les polices utilisées dans le graphique transmettent des informations :

gras, noir fonte
Ce sont des chemins qui ont été importés dans le projet et qui sont inclus dans l'ajustement.

gras, marron fonte
Il s'agit de chemins qui ont été importés dans le projet mais qui sont exclus de l'ajustement.

normalement, noir texte
Ce sont des chemins qui n'ont pas été importés dans le projet mais qui sont disponibles
à importer.

normalement, gris texte
Il s'agit de chemins non disponibles à l'importation dans le projet. Ils peuvent être
rendu disponible en réexécutant le Feff calcul. Après le Feff courir, il vaut mieux
Choisissez l'option « N'importer aucun chemin » pour éviter de réimporter des chemins déjà présents dans le projet.
que ces chemins seront écrits en texte noir normal, indiquant qu'ils sont
disponible à l'importation.

Léger marron fond
Le fond marron clair est utilisé pour indiquer les chemins de diffusion simples.

Léger Bleu fond
Le fond bleu clair est utilisé pour indiquer les multiples colinéaires ou presque colinéaires
chemins de dispersion.

Contexte menus
Chaque partie de cette page propose des menus contextuels intéressants et utiles. Ces menus
sont disponibles en cliquant avec le bouton droit de la souris.

Un clic droit n'importe où dans la zone de texte en haut de la page fera apparaître un menu avec
options pour afficher les fichiers à partir du Feff calcul.

Un clic droit dans le tableau d'interprétation affichera un menu d'options pertinentes pour le
chemin sur la ligne sur laquelle vous avez cliqué. Chacun des quatre types de chemins donnés par les quatre
les polices décrites ci-dessus ont leur propre menu.

Pour les chemins importés dans l'ajustement, le menu propose des options pour tracer le chemin,
afficher la page de ce chemin, inclure ou exclure le chemin dans l'ajustement, sélectionner ou
désélectionner ce chemin pour le traçage, faire de ce chemin la valeur par défaut pour l'évaluation de def
paramètres après un ajustement, affichage du texte du fichier contenant le chemin ou suppression
le chemin. Les choix d'inclusion ou d'exclusion, et de sélection ou de désélection dépendent
sur l'état de ce chemin dans la liste des données et des chemins. Certaines options peuvent également être grisées.
en fonction de l'état de ce chemin.

Pour les chemins qui n’ont pas été importés dans le projet, le menu contextuel vous permet de
importer le chemin avec la possibilité d'afficher sa page ou de laisser l'affichage sur le Feff
Interprétation. Pour les chemins non importables, un message le signalant est affiché.
lorsque l'une de ces lignes est cliquée avec le bouton droit de la souris.

Le tableau d'interprétation permet une sélection étendue des lignes du graphique. Vous pouvez
sélectionnez des chemins supplémentaires en maintenant la touche Ctrl enfoncée tout en cliquant avec le bouton gauche de la souris
bouton. Maintenir la touche Maj enfoncée tout en cliquant avec le bouton gauche sélectionne toutes les lignes entre l'ancre
(celle encadrée par une ligne pointillée) et celle sur laquelle vous cliquez. Vous pouvez également cliquer et
Faites glisser pour sélectionner toutes les lignes sur lesquelles vous faites glisser le curseur. Lorsque plusieurs lignes sont sélectionnées, le
le contenu du menu contextuel change pour refléter une fonctionnalité qui a du sens pour beaucoup
chemins. La sélection étendue dans le tableau d'interprétation est donc un bon moyen de
inclure/exclure, sélectionner/désélectionner ou tracer un grand nombre de chemins.

Le menu contextuel qui apparaît lorsque de nombreuses lignes sont sélectionnées peut être un peu surprenant.
Son contenu dépend de l'état de la ligne ancrée, qui dans ce cas est celle
sur lequel vous faites un clic droit pour afficher le menu. Les options du menu contextuel seront
adapté à l'état de la sélection ancrée indépendamment des états des autres
lignes sélectionnées. Si vous choisissez un élément de menu qui n'a pas de sens pour certains
lignes sélectionnées, ces lignes seront ignorées.

Voici un exemple concret. Supposons que vous sélectionniez un certain nombre de lignes, dont certaines sont
inclus dans l'ajustement et dont certains n'ont pas été importés dans l'ajustement. Si vous
faites un clic droit sur l'un des chemins inclus, vous obtiendrez des options appropriées à inclure
chemins. Si vous demandez ensuite de tracer les chemins sélectionnés avec les données, les chemins inclus
seront tracés et les chemins importés seront ignorés. Si, au contraire, vous cliquez sur l'un des
les chemins qui n'ont pas encore été importés, le menu contextuel vous donnera la possibilité de
Importer les chemins sélectionnés. Dans ce cas, les chemins déjà importés
Sera ignoré.

Difficulté tournage
À l'occasion, vous pourriez voir des lignes dans le Feff l'interprétation ne rend pas correctement compte
Le contenu du chemin. Dans ce cas, les balises du site sont remplacées par la chaîne suivante :
" ". Il y a quelques raisons courantes pour lesquelles vous pourriez voir le " " tags:

1. Vous avez fait du vaudou avancé avec Feff, en modifiant les fichiers « files.dat » ou « paths.dat »
fichiers puis réexécutez le dernier module pour produire une sortie spécialisée.

2. Vous avez découvert un bug dans l'algorithme Artemis utilise pour récolter des informations à partir de
le Feff calcul. Dans ce cas, vous devez envoyer le fichier « feff.inp » ou le
Artemis fichier de projet à Bruce afin qu'il puisse résoudre le problème.

Notez que l'apparition du " " Les tags ne sont probablement pas une indication que Feff a
s'est mal comporté. Le Feff le calcul doit être exécuté jusqu'à son terme et générer sa sortie normale
avant que ce problème ne se manifeste. Feff le calcul est presque certainement utilisable
pour analyser les données. Le Feff la page d'interprétation est Artemistentative d'organisation
informations sur le Feff calcul dans un format convivial. Que cela
L'échec de l'effort organisationnel n'est pas nécessairement une indication que Feff échoué.

ARTÉMIS : L'exposition Chemin Page

ARTEMIS - La page du chemin

La page de chemin s'affiche chaque fois qu'un Feff le chemin est sélectionné dans la liste des données et des chemins.
Cette page permet d'établir les expressions mathématiques des paramètres de chemin pour ce chemin.

En haut de la page se trouve une ligne identifiant laquelle Feff calcul d'où provient ce chemin.
En dessous se trouvent trois boutons. L'un permet d'inclure ou d'exclure le chemin de
utiliser dans l'ajustement. Il existe de nombreuses autres façons Artemis inclure et exclure d'autres chemins
plutôt que d'utiliser cette option. Consultez la page d'interprétation de Feff et « artemis_menubar » pour en savoir plus.
Discussion à ce sujet. Ctrl-t revient également à cliquer sur ce bouton.

La deuxième bascule est utilisée pour spécifier les chemins que vous souhaitez tracer après un ajustement (ou une somme).
des chemins) est terminé. Par défaut, les données et l'ajustement (ou la somme) sont tracés après l'ajustement.
(ou somme) et aucun chemin n'est tracé. Tous les chemins sélectionnés pour le tracé seront ajoutés à la
tracer une fois l'ajustement (ou la somme) terminé.

La troisième bascule est utilisée pour définir quel chemin est le chemin par défaut pour l'évaluation de Def
paramètres après l'ajustement. Il est possible d'écrire des expressions mathématiques qui évaluent
différemment selon les chemins. Par exemple, une expression mathématique utilisant « reff »
paramètre. Pour tout paramètre Def de ce type, il est nécessaire d'indiquer Artemis quel chemin devrait
être utilisé pour signaler ces paramètres dans le fichier journal. La valeur par défaut est
premier chemin répertorié dans la liste des données et des chemins.

En dessous se trouve un encadré résumant le parcours. Il fournit quelques statistiques sur le parcours.
ainsi qu'une carte couleur du chemin de diffusion. L'atome central est
toujours affichés en rouge. Les autres atomes sont en noir. Le texte gris indique
longueur et angle de diffusion de chaque branche du chemin. Dans le cas d'un multiple d'ordre élevé
chemin de diffusion dont les jambes ont un angle êta eulérien non nul entre elles, le
L'angle êta sera également affiché. Si cette dernière phrase était du charabia, il suffit de
sachez que les chemins de ce type ne sont presque jamais observables dans les données EXAFS réelles.

En bas de la page se trouve la liste des paramètres du chemin. C'est le plus important.
section de la page car c'est ici que sont réalisés les détails du modèle d'ajustement.
Il existe une zone de saisie pour chacun des différents types de paramètres de chemin. Les mathématiques
L'expression appropriée à chaque paramètre doit être saisie dans la zone de saisie.

Quand un Feff le calcul est importé dans Artemis, un ensemble de paramètres automatiques sont
généré, entré dans la liste sur la page Guess, Def, Set et entré dans le chemin
cases de paramètres pour chaque chemin importé. Le comportement par défaut de Artemis est de générer un
ensemble de paramètres appropriés pour un ajustement simple, à diffusion unique et à première couche. Bien qu'il
il pourrait être acceptable de cliquer immédiatement sur le gros bouton vert, la plupart des modèles adaptés nécessiteront
édition substantielle.

Le bouton droit de la souris remplit de nombreuses fonctions importantes sur la page de chemin. Cliquer sur
le bouton droit de la souris n'importe où dans l'une des zones de saisie mettra en surbrillance le mot en dessous
le curseur et afficher un menu. Les entrées du menu servent à définir le mot comme
paramètre sur la page Guess, Def, Set. Pour chaque type de paramètre, il existe l'option
sauter ou rester. Dans les deux cas, le paramètre est défini et ajouté à la liste sur le
Page GDS. Pour sauter, la page GDS s'affiche. Pour rester, le chemin actuel s'affiche.
la page reste affichée.

Un clic droit sur l'une des étiquettes de paramètres de chemin affichera un menu de fonctions associées
pour définir les expressions mathématiques des paramètres de chemin. L'option « Modifier » ouvre une boîte de dialogue permettant
pour saisir une expression mathématique puis éventuellement exporter sa valeur vers d'autres chemins.
L'option « Effacer » fait exactement cela.

Les différentes options « Exporter » sont des moyens de contraindre les paramètres de chemin à être les mêmes pour
d'autres chemins. L'option « Saisir » rend le paramètre de chemin actuel identique au chemin
paramètre dans le chemin précédent ou suivant.

L'étiquette « sigma^2 » propose des options supplémentaires. Celles-ci permettent d'insérer les valeurs syntaxiquement correctes.
texte approprié à l'utilisation des modèles de Debye corrélé ou d'Einstein à fréquence unique
pour le sigma^2 du chemin.

Pour activer l'affichage des espaces pour « dphase », « k_array », « amp_array » ou « phase_array »
paramètres de chemin, vous devez cliquer sur le bouton « Paramètres de chemin étendus » dans les chemins
menu.

ARTÉMIS : L'exposition Historique Téléspectateur

ARTEMIS - Le visualiseur de journaux

Lorsqu'un ajustement est ancré dans la liste Données et chemins, la visionneuse de fichiers journaux s'affiche dans le
panneau principal. Le but de cette page est d'examiner les fichiers journaux de l'ajustement le plus récent ou
des crises précédentes. Ces fichiers journaux peuvent être consultés individuellement ou des rapports peuvent être générés.
en fonction de leur contenu.

Lorsque cette page est affichée, chaque ajustement est saisi dans la liste déroulante sur le côté gauche de la
page. Un double clic gauche sur un élément de la liste déroulante affichera ce dernier.
Fichier journal brut d'un ajustement. Un clic droit sur un ajustement affichera un menu avec des options d'affichage.
ce fichier journal d'ajustement sous forme brute, rapide ou en colonnes ou pour effectuer d'autres tâches
en rapport avec cet ajustement.

Mais bien plus intéressant que d'afficher les fichiers journaux, c'est de générer des rapports sur les
fichiers journaux. En haut de la page se trouve une liste déroulante permettant de sélectionner les paramètres
la page « Deviner, Définir, Définir ». En choisissant une option, puis en cliquant sur le bouton « Écrire un rapport »,
trouver l'extrait correspondant à la valeur optimale et à l'incertitude des paramètres de chaque fichier journal.
Cette fonctionnalité vous permet de suivre l'évolution des paramètres d'ajustement individuels au fur et à mesure de votre développement.
votre modèle d'ajustement.

La zone de liste déroulante contenant les noms des paramètres d'ajustement est remplie à l'aide du contenu
de la page « Deviner, Définir, Définir ». Il peut parfois être utile de remplir la liste déroulante.
avec les noms de paramètres extraits d'un fichier journal. Ceci serait utile, par exemple :
pour examiner un paramètre qui a été utilisé à un moment donné, mais qui n'est plus sur la page GDS
ou a été transformé en paramètre de saut (et n'est donc pas inclus dans la zone de liste déroulante par
Pour ce faire, faites un clic droit sur un ajustement et sélectionnez l'élément « Obtenir la liste des paramètres ».

Certaines modifications peuvent être apportées aux rapports générés par le visualiseur de journaux. En cliquant sur
le bouton « Calculer la valeur moyenne » indique Artemis pour calculer la moyenne arithmétique et
écart type du paramètre par rapport aux valeurs extraites des différents fichiers journaux.
Ceux-ci seront affichés dans l'en-tête du rapport.

En cliquant sur le bouton « Ajuster la température d'Einstein », vous saurez Artemis pour ajuster les données sigma^2 à
un modèle composé d'un oscillateur à fréquence unique et d'un décalage constant. Le rapport
l'en-tête contiendra alors les meilleures valeurs d'ajustement et les incertitudes pour la caractéristique
température et décalage constant. Ce calcul n'est effectué que pour les chiffres de
les valeurs de mérite pour les fichiers journaux sélectionnés sont les températures et les valeurs les plus adaptées pour les fichiers choisis
Les paramètres sont des valeurs sigma^2 raisonnables. Cette fonction effectue une série de vérifications sur
chiffres de mérite et valeurs de meilleure adéquation pour déterminer s'ils semblent être des données appropriées pour
Ce calcul. Ces heuristiques peuvent être ajustées en définissant des paramètres dans la vue journal.
section de la boîte de dialogue des préférences.

L'élément final du menu contextuel qui s'affiche lorsque vous cliquez avec le bouton droit de la souris sur un élément dans le
La liste des fichiers journaux propose une option permettant de restaurer ce modèle d'ajustement. Parmi les informations disponibles,
enregistré à chaque fois qu'un ajustement est effectué est une description complète du modèle d'ajustement, y compris
quel fichier de données est en cours d'ajustement, la liste complète des Feff chemin utilisé et toutes les données d'ajustement,
et les paramètres de chemin. Cette fonctionnalité vous permet de revenir Artemis à l'état dans lequel il était lorsque
Un ajustement antérieur a été effectué. Lorsque vous effectuez cette inversion, Artemis effacera le contenu de
la liste des données et des chemins, puis recréez le projet sous la forme du raccord sélectionné
modèle. Il s'agit de bien plus qu'un simple changement de valeurs de paramètres. Artemis garde une trace de tout
données et Feff chemins utilisés tout au long du projet et peuvent restaurer même les ajustements
qui sont sensiblement différents de l’ajustement actuel.

Importation Athena données du projet || Fichiers de sortie || Artemis fichiers de projet ||

ARTÉMIS : Traçage Date

ARTEMIS - Tracé des données

Parcelles dans Artemis sont créés à l'aide des éléments sélectionnés dans la liste des données et des chemins, qui sont
ceux surlignés en orange. Consultez la section principale du document pour une explication sur la façon de procéder.
aux éléments sélectionnés pour le traçage.

En haut du panneau de tracé se trouvent trois gros boutons rouges. L'un permet de créer un tracé.
l'espace k, l'un est pour l'espace R et le troisième est pour l'espace q (c'est-à-dire l'espace k rétrotransformé).

Pondération k
Sous les boutons de tracé se trouve un ensemble de boutons radio permettant de définir le poids k à utiliser dans le
tracés. Le poids k choisi sera utilisé pour pondérer un tracé dans l'espace k ou pour pondérer les données pour
Transformation de Fourier. Le même coefficient k est utilisé pour chaque élément sélectionné. Le bouton
La mention « kW » nécessite quelques explications. Lorsque ce bouton est sélectionné, la pondération k à utiliser dans
Le tracé sera déterminé à partir des données tracées. Si le poids k arbitraire
activé pour l'ensemble de données, la valeur du poids k arbitraire sera utilisée, sinon le
La plus petite valeur de pondération K activée sera utilisée. Il y a deux raisons d'utiliser « kw ».
bouton. L'une consiste à tracer en utilisant votre pondération arbitraire. L'autre consiste à créer un graphique de deux
ou plusieurs ensembles de données utilisant un poids k différent pour chaque ensemble de données.

Notez que ces contrôles de poids k ne sont pas liés aux contrôles qui définissent le poids k
utilisé dans l'ajustement. La pondération K pour l'ajustement et le tracé est contrôlée indépendamment.

Sélection Organisateur Ce que Obtient tracé
Sous les boutons radio de poids k se trouvent des menus permettant de choisir quelle partie des fonctions complexes
khi(R) ou khi(q) à tracer. Tracés impliquant plusieurs parties de fonctions complexes (par exemple
(réel+enveloppe) ne sont pas actuellement possibles.

Sous ces menus se trouvent trois boutons à cocher utilisés pour tracer la fenêtre de transformée de Fourier,
la fonction d'arrière-plan et le résidu. Si le bouton de la fenêtre est enfoncé,
La fonction de fenêtre appropriée sera représentée dans n'importe quel tracé. L'arrière-plan et le résiduel
Les fonctions ne sont tracées que si l'un des éléments sélectionnés est correct. L'arrière-plan
ne peut être tracé que si un raffinement d'arrière-plan a été effectué pour cet ajustement. Si un ajustement ne figure pas parmi
les éléments sélectionnés, l'arrière-plan et les résidus ne seront pas tracés. Notez qu'un tracé
avec plus d'un ajustement sélectionné peut être assez déroutant si l'arrière-plan ou le résidu
les boutons sont enfoncés car l'arrière-plan et le résidu seront tracés pour chaque ajustement.

Les plages sur lesquelles l'intrigue sera réalisée dans les trois espaces sont contrôlées par le
trois ensembles de boîtes d'entrée.

Extra Traçage Fonctionnement
Les deux onglets supplémentaires du panneau de traçage contiennent les commandes pour les éléments suivants
utilitaires:

Indicateurs

Les indicateurs sont des barres verticales qui peuvent être placées à des emplacements choisis par l'utilisateur dans k-, R- ou
Espace q. Ces indicateurs s'afficheront à chaque tracé. L'idée est la suivante :
Les indicateurs sont un guide pour l'œil, attirant l'attention sur un lieu d'intérêt en tant que données
les changements en cours de tracé.

Les indicateurs sélectionnés dans l'espace k ou q seront tracés dans l'espace k et q, mais
pas dans l'espace R. De même, les indicateurs sélectionnés dans l'espace R ne seront pas représentés dans l'espace k ou
espace q.

Plusieurs caractéristiques des indicateurs, notamment le nombre, le type de ligne et le
couleur, peut être définie dans la section Tracé de la boîte de dialogue des préférences.

Les indicateurs fonctionnent bien avec chacune des options de traçage décrites ci-dessous.

Empilement

L'empilement désigne un déplacement vertical des différentes traces. Ceci est particulièrement utile pour
tracer les différentes contributions de chemin dans l'espace k, mais est parfois utile dans d'autres types
des tracés également. L'empilement nécessite trois paramètres définis dans l'empilement.
carte de notes. La première commande est une série de boutons radio permettant de choisir si l'empilement
se produit dans l'espace k, toujours ou jamais. Si l'option espace k est choisie, alors les tracés de l'espace q
des parties réelles ou imaginaires seront également empilées. (En gros, le choix de « k-space »
fait référence à toute fonction ondulante du nombre d'onde.) Les deux autres commandes définissent la valeur initiale
valeur de décalage et l'incrément entre les étapes.

Inverser

L'inversion est un outil utile pour afficher les contributions de chemin dans les tracés « |chi(R)| ».
Lorsque cette option est sélectionnée, le « |chi(R)| » de tous les chemins inclus dans le tracé sera
multiplié par -1 pour qu'ils restent sous l'axe des zéros. Espérons que ce type de tracé
aident à réduire l'encombrement tout en aidant à montrer quels chemins contribuent où.
les boutons radio de cette fiche vous permettent de choisir entre ne jamais inverser, inverser
« |chi(R)| », ou en inversant « |chi(R)| » et « |chi(q)| ». Les parties réelle et imaginaire de
Les espaces R et q ne sont jamais inversés. chi(k) n'est jamais inversé non plus. L'inversion est désactivée.
chaque fois que l'empilement est sélectionné et affecterait le tracé actuel (c'est-à-dire que vous ne pouvez pas empiler et
inverser en même temps).

Date set compensations

Cette fonctionnalité est utile pour les tracés de plusieurs ensembles de données. Elle est similaire à l'empilement en ce sens
Le paramètre indique un décalage vertical à utiliser dans le tracé. Chaque trace associée à un
un ensemble de données particulier est tracé au même niveau, mais les ensembles de données seront décalés par le
montant spécifié par ce contrôle. Cela permet de visualiser simultanément tous les
parties d'un ensemble de données multiples. Des valeurs négatives sont recommandées, avec une valeur négative
décalage, les traces seront tracées dans le même ordre de haut en bas que dans le tracé
Légende.

L'empilement est désactivé lorsque des décalages d'ensembles de données sont utilisés. L'inversion est utilisée avec les ensembles de données.
décalages, même si je pense que cela donne lieu à des tracés confus.

Palettes || Utilisation de la liste des données et des chemins || =head1 ARTEMIS : Édition d'expressions mathématiques

ARTEMIS - Édition d'expressions mathématiques

La boîte de dialogue d'édition d'expression mathématique est un moyen de définir des expressions mathématiques de paramètres de chemin pour
plusieurs chemins à la fois. Il fonctionne sur un paramètre de chemin donné, par exemple en définissant e0 ou sigma^2 pour
Plusieurs chemins, mais sans toucher aux autres paramètres. Cette boîte de dialogue est disponible en deux versions.
Différents menus contextuels. Un clic droit sur l'étiquette d'un paramètre de chemin dans la page de chemin
et sélectionnez « Modifier pour plusieurs chemins », puis la boîte de dialogue apparaîtra pour modifier cela
paramètre. Si vous faites un clic droit sur une entrée du Feff page d'interprétation et sélectionnez le
"Modifier les paramètres de chemin" en cascade, puis sélectionnez un paramètre de chemin, la boîte de dialogue apparaîtra pour
modifier ce paramètre.

Opération of le dialogue
La boîte de dialogue est assez simple. En haut se trouve une zone de texte pour saisir vos données mathématiques.
expression. En dessous se trouvent divers boutons radio permettant de spécifier comment appliquer l'expression mathématique.
Expression des différents chemins de votre projet. Les options sont :

1. Ajoutez l'expression mathématique à chaque chemin dans le chemin actuel Feff calcul.

2. Ajoutez l'expression mathématique à chaque chemin dans chaque Feff calcul.

3. Ajoutez l'expression mathématique à chaque chemin dans chaque Feff calcul associé à la
ensemble de données actuel.

4. Ajoutez l'expression mathématique aux chemins sélectionnés (c'est-à-dire ceux surlignés en orange dans le
(Liste des données et des chemins).

Tokens
Vous pouvez écrire vos expressions mathématiques en utilisant des jetons. Les jetons sont de courtes chaînes de caractères qui
sera remplacé par des informations spécifiques au chemin lorsque l'expression mathématique est appliquée à chaque
chemin. Les jetons sont :

%i L'index du chemin depuis le Feff calcul. Ceci est en fait calculé à partir du nom de
le fichier `feffNNNN.dat' du Feff calcul. Par exemple, si le fichier est
`feff0029.dat', alors %i s'étendra à 29.

%I L'index du chemin depuis le Feff calcul, complété pour remplir quatre caractères. Pour
Par exemple, si le fichier est « feff0029.dat », alors %I sera étendu à 0029.

%r La longueur effective du chemin (ou « reff ») à partir du Feff calcul du chemin.

%d La dégénérescence du chemin.

Modèle %DA pour la fonction Debye. Il est toujours développé en chaîne.
"debye(temp,thetad)" et peut nécessiter d'être modifié après coup pour utiliser la variable correcte
noms. Ceci est proposé car l'auteur a du mal à se souvenir de l'ordre des
arguments de la fonction Debye.

Modèle %EA pour la fonction Einstein. Il est toujours développé en chaîne.
"eins(temp,thetae)" et peut nécessiter d'être modifié après coup pour utiliser la variable correcte
noms. Ceci est proposé car l'auteur a du mal à se souvenir de l'ordre des
arguments de la fonction d'Einstein.

ARTÉMIS : Chaînes de vente Prénom coquille Théorie

ARTEMIS - Théorie automatisée de la première coque

Parfois, réfléchir à un modèle adapté est plus qu'un simple problème. On veut juste un
coup rapide et sale sur le premier obus - peut-être pour mesurer le centroïde du
distribution, peut-être pour dire si un échantillon est 4- ou 6-coordonné. Peu importe.

Artemis n'est pas particulièrement adapté à une analyse rapide du premier obus. De par sa conception,
Artemis tend à forcer l'utilisateur à ralentir et à réfléchir sérieusement à chaque étape. Artemis is
puissante, mais elle n'est pas simple.

L'outil théorique Quick First Shell (QFS) est une tentative de combler cette lacune.
fonctionne comme ceci:

1. Importez des données. Définissez les paramètres de transformation de Fourier et d'ajustement.
valeurs. Plus précisément, assurez-vous de définir la plage d'ajustement de manière à ce qu'elle englobe les
premier pic des données.

2. Sélectionnez « Théorie rapide de la première coque » dans le menu Théorie. Le QFS s'affichera.
dialogue.

3. La boîte de dialogue QFS fournit des espaces pour sélectionner les paramètres d'un premier shell simple
théorie. Celles-ci incluent les espèces atomiques de l'absorbeur et du diffuseur,
bord d'absorption de l'expérience, la distance approximative entre l'absorbeur et
diffuseur et la géométrie de coordination à utiliser dans le Feff calcul.

Actuellement, les géométries de coordination suivantes sont disponibles :

· Cristal à 4 coordonnées

· Cristal à 6 coordonnées

· molécule octaédrique

· molécule tétraédrique

· molécule carrée-plane

La théorie QFS n’est probablement pas très sensible au choix de la coordination
géométrie. Étant donné que l'échantillon inconnu n'est probablement pas bien décrit par aucun de ces
géométries, elles ne sont que des approximations à utiliser dans un ajustement rapide et sale.

4. Une fois que vous avez défini les paramètres de la théorie QFS, cliquez sur le bouton « Faites-le ! ».
Cela vous permettra de parcourir les étapes suivantes sans interruption :

a. Construisez un fichier d'entrée pour le Feff calcul

b. Exécuter Feff

c. Importez le premier chemin depuis le Feff calcul

d. Créez un ensemble de paramètres de supposition pour l'amplitude, le sigma^2, le e0 et le
delta R. Des paramètres définis sont également créés pour les troisième et quatrième cumulants, mais
Ils sont mis à zéro. Ces paramètres cumulatifs supérieurs sont créés pour
il est facile de considérer les cumulants plus élevés dans les ajustements ultérieurs simplement en les changeant de
mis à deviner.

Si vous avez une première coque mixte, vous pouvez choisir de répéter les étapes 2 à 4 deux fois ou plus.
fois.

À la fin de cette séquence, il vous reste Artemis dans son état normal. Vous pourriez avoir besoin
pour ajuster les paramètres utilisés dans l'ajustement. La boîte de dialogue QFS n'est en réalité qu'un outil
la mise en place initiale du projet. Cela ne modifie en rien le fonctionnement normal du Artemis.

Si vous importez des données à partir d'un Athena fichier de projet, l'espèce de l'absorbeur et le bord
sera correctement défini lorsque vous démarrerez la boîte de dialogue.

La barre de menus || La boîte de dialogue des préférences ||

Références

Voici les URL pertinentes :

IFEFFIT
http://cars.uchicago.edu/ifeffit

PGPLOT
http://www.astro.caltech.edu/~tjp/pgplot/

Perl
http://www.perl.com

perl/TK
http://www.lehigh.edu/~sol0/ptk/

DISPARU Fonctionnalités

Tu parles!

QU'EST-CE QUE IN A NOM?

Artemis était la déesse de la chasse, une métaphore appropriée pour l'analyse EXAFS. ARTemis est aussi
un jeu de mots sur la nature de l'analyse EXAFS qui fonctionne en anglais et dans les langues romanes.

Utilisez Artemis en ligne avec les services onworks.net