Il s'agit de la commande asn2all qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
asn2all - générer des rapports à partir de données biologiques ASN.1
SYNOPSIS
asn2all [-] [-A selon] [-F nom de fichier] [-G] [-J n] [-K n] [-M] [-T] [-X] [-a type] [-b] [-c]
[-d chemin] [-f le format] [-h] [-i nom de fichier] [-k] [-l] [-n politique] [-o nom de fichier] [-p chemin]
[-r] [-v nom de fichier] [-x poste]
DESCRIPTION
asn2all est principalement destiné à générer des rapports à partir de l'ensemble binaire ASN.1 Bioseq
fichiers de publication téléchargés depuis le site ftp du NCBI (répertoire ncbi-asn1). Il peut produire
Fichiers plats GenBank et GenPept, fichiers de séquence FASTA, XML structuré INSDSet, XML TinySeq,
et des tables à 5 colonnes de style Sequin.
Les fichiers de version (qui ont l'extension .aso.gz) doit être décompressé avec
gunzip(1), ce qui donne lieu à des fichiers avec l'extension .aso. Par exemple, gbpri1.aso est le
premier fichier dans la division des primates, et la commande
gunzip gbpri1.aso.gz
aura pour résultat gbpri1.aso en cours de création. L'original gbpri1.aso.gz le fichier est supprimé après
décompression réussie.
In asn2all, le nom du fichier à traiter est spécifié par le -i ligne de commande
argument. Utilisation -a t pour indiquer qu'il s'agit d'un fichier de version et -b pour indiquer que c'est
ASN.1 binaire. Un fichier texte ASN.1 obtenu depuis Entrez peut être traité en utilisant -a a
au lieu de -a t -b.
Les enregistrements de nucléotides et de protéines peuvent être traités simultanément. Utilisez le -o argument
indique le fichier de sortie des nucléotides et le -v argument pour le fichier de sortie des protéines.
Le -f l'argument détermine le format à générer et est documenté plus en détail
(avec d'autres options) dans la section suivante.
OPTIONS
Un résumé des options est inclus ci-dessous.
- Imprimer le message d'utilisation
-A accession
L'accession à chercher ; peut prendre la forme accession,complexité,drapeaux où complexité
devrait normalement être 0 et drapeaux valeur de -1 permet de récupérer des fonctionnalités externes
-F nom de fichier
Fichier de filtre d'accession
-G Cartographie génomique détendue
-J n Séq-loc de
-K n Séq-loc à
-M Brin Seq-loc Minus
-T Utiliser des fils
-X Sortie de qualificatif étendue
-a type
Saisissez le type ASN.1 :
a Automatique (par défaut)
c Caténé
N'importe quel
e Séquençage
b Bioseq
s Kit Bioseq
m Seq-soumettre
t traitement par lots (adapté aux versions officielles ; détecte automatiquement le type spécifique)
-b Bioseq-set est binaire
-c Bioseq-set est compressé
-d chemin
Chemin vers les données binaires indexées ASN.1
-f le format
Format de sortie:
g GenBank/GenPept (par défaut)
m GenBank Master Style
f FASTA
d CDS FASTA
et Gene FASTA
Table à 5 colonnes de style paillettes
et TinySet XML (semblable à FASTA)
s INSDSet XML (semblable à GenBank/GenPept)
un texte structurellement équivalent ASN.1
x XML structurellement équivalent
composants du cache c
-h Afficher un message d'aide supplémentaire
-i nom de fichier
Nom du fichier d'entrée (entrée standard par défaut)
-k Activer la récupération locale
-l Verrouiller les composants à l'avance
-n politique
Politique proche de FASTA :
a Tout
n À proximité uniquement (par défaut)
f Loin seulement
-o nom de fichier
Nom du fichier de sortie de nucléotide
-p chemin
Chemin d'accès aux fichiers
-r Activer la récupération à distance
-v nom de fichier
Nom du fichier de sortie des protéines
-x poste Suffixe de sélection de fichier lorsque vous travaillez avec des répertoires entiers. (la valeur par défaut est .aso)
EXEMPLES
La commande
asn2all -i gbpri1.aso -at -b -fg -o gbpri1.nuc -v gbpri1.prt
générera des rapports GenBank et GenPept à partir de gbpri1.aso.
Utilisez asn2all en ligne à l'aide des services onworks.net
