Il s'agit de la commande autogrid4 qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
autogrid - préparation de protéines et de ligands pour l'analyse AutoDock
SYNOPSIS
grille automatique4 [Options] -p fichierparamètregrille
DESCRIPTION
Grille automatique prépare une représentation en grille 3D des énergies d'interaction non covalentes qui
divers types d'atomes de ligand spécifiés par l'utilisateur seront rencontrés autour d'une cible spécifiée par l'utilisateur
macromolécule. De plus, le réseau d'énergie sans potentiel électrostatique et sans désolvatation
des cartes peuvent également être calculées. Les cartes quadrillées sont stockées dans des fichiers en texte brut avec le
l'extension '.map' et sont requis par AutoDock 4 pour effectuer les amarrages. AutoGrid aussi
génère un fichier '.xyz' qui décrit les étendues spatiales de la boîte de grille, et un AVS
fichier de champ '.fld' qui décrit l'ensemble cohérent de cartes de grille d'affinité atomique qui
ont été calculés ensemble pour une macromolécule cible donnée. Remarque : il est nécessaire de
calculer des cartes de grille pour tous les types d'atomes dans le ligand ou l'ensemble de ligands qui seront
amarré, ainsi qu'une carte de grille de potentiel électrostatique et une carte d'énergie sans désolvatation.
Par exemple, si un ligand a un carbone aliphatique et un oxygène acceptant les liaisons hydrogène
atome, il serait nécessaire de calculer à la fois une carte « C » et une carte « OA ». Voir
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
paramètres pour plus d'informations sur les types d'atomes AutoDock 4.
L'entrée dans AutoGrid est mieux préparée avec la suite de programmes AutoDockTools. Il n'y a pas
façon d'exécuter autodock4 sans grille.
OPTIONS
-o Utiliser l'ancien format PDBq (q dans les colonnes 55-61)
-u Informations d'utilisation, également -h sur Debian.
-d Augmentation de la verbosité des messages pour faciliter le débogage.
-l fichier journal
-p nom de fichier Spécifie le fichier de paramètres de grille
EXEMPLE
Une gamme de tests est disponible avec les sources AutoGrid qui peuvent être utilisées comme suit :
$ D=/usr/share/doc/autogrid/Tests
$ cd / Tmp
$ ln -s $D/AD4_paramètres.dat .
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_ receiver_types.gpf -l hsg1_no_ receiver_types.glg
Cette commande prépare les fichiers de carte de grille pour chacun des types d'atomes AutoDock spécifiés dans le
fichier de paramètres de grille (dans ce cas : hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), l'AVS
field (hsg1_sm.maps.fld) et hsg1_sm.maps.xyz. Pour effectuer le calcul d'armement,
AutoDock doit être exécuté, bien qu'il exige un fichier de paramètres d'amarrage séparé (avec
extension .dpf). Le 'DPF' fait référence aux fichiers de carte de grille qui sont nécessaires à l'amarrage
et permet le réglage d'autres paramètres importants, tels que la méthode de recherche et comment
de nombreux amarrages à effectuer.
Utilisez autogrid4 en ligne en utilisant les services onworks.net
