babel - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

babel, Obebel — un convertisseur pour les fichiers de données de chimie et de modélisation moléculaire

SYNOPSIS

babel [-H options-aide]
babel [OPTIONS] [-i type d'entrée] dans le fichier [-o le type de sortie] fichier de sortie

Obebel [-H options-aide]
Obebel [OPTIONS] [-i type d'entrée | -"SMILES-chaîne"] dans le fichier [-o le type de sortie] -O fichier de sortie

DESCRIPTION

babel est un programme multiplateforme conçu pour l'interconversion entre de nombreux formats de fichiers utilisés dans
modélisation moléculaire et chimie computationnelle et domaines connexes.

Obebel ainsi que babel sont légèrement différents. Le premier est plus proche de la convention Unix normale
pour les programmes en ligne de commande et plus flexible lorsque l'utilisateur doit spécifier les valeurs des paramètres
sur les options. Avec babel cela ne fonctionne que lorsque l'option est la dernière sur la ligne ; avec Obebel
aucune restriction de ce type ne s'applique. Il dispose en outre d'un raccourci pour saisir les chaînes SMILES, qui
peut être utilisé à la place d'un fichier d'entrée.

Open Babel est également une boîte à outils complète pour programmeurs pour le développement de logiciels de chimie. Pour
plus d'informations, voir les pages Web Open Babelhttp://openbabel.org/>.

OPTIONS

Si seuls les fichiers d'entrée et de sortie sont fournis, Open Babel devinera le type de fichier à partir du
extension de nom de fichier.

-"SMILES-chaîne"
Entrez la chaîne SMILES et utilisez-la à la place d'un fichier d'entrée. La chaîne SMILES doit être
entre guillemets. Plus d'un peut être utilisé, et un titre de molécule peut être
inclus s'il est entre guillemets.

-a Options
Options de saisie spécifiques au format. Voir -H ID-format pour les options autorisées par un
le format

--addtotitre
Ajouter du texte au titre actuel de la molécule

--ajouter une formule
Ajouter la formule moléculaire après le titre actuel de la molécule

-b Convertir des liaisons datives : par exemple, [N+]([O-])=O en N(=O)=O

-c Centrer les coordonnées atomiques à (0,0,0)

-C Combinez les molécules du premier fichier avec d'autres ayant le même nom

-e Continuer après les erreurs

-d Supprimer les hydrogènes

---niveau d'erreur 2
Filtrez le niveau d'erreurs et d'avertissements affichés :
1 = erreurs critiques uniquement
2 = inclure également les avertissements (par défaut)
3 = inclure également des messages d'information
4 = inclure les messages « journal d'audit » des modifications apportées aux données
5 = inclure également les messages de débogage

-f # Pour une entrée à entrées multiples, commencez l'importation avec la molécule # comme première entrée

-F Sortir les types d'empreintes digitales disponibles

-h Ajouter des hydrogènes

-H Informations sur l'utilisation de la sortie

-H ID-format
Informations de formatage de sortie et options pour le format spécifié

-Salle
Informations et options de formatage de sortie pour tous les formats

-je
Spécifie le format d'entrée, voir ci-dessous pour les formats disponibles

-j

--rejoindre
Rejoindre toutes les molécules d'entrée en une seule entrée de molécule de sortie

-k Traduire des mots-clés de modélisation de chimie computationnelle (par exemple, GAMESS et Gaussian)

-m Produire plusieurs fichiers de sortie, pour permettre :
- Fractionnement d'un fichier d'entrée - placez chaque molécule en numérotation consécutive
fichiers de sortie
- Conversion par lots - convertissez chacun des multiples fichiers d'entrée en un fichier spécifié
format de sortie

-l # Pour une entrée à entrées multiples, arrêtez l'importation avec le numéro de molécule comme dernière entrée

-o ID-format
Spécifie le format de sortie, voir ci-dessous pour les formats disponibles

-O fichier de sortie
Spécifiez le fichier de sortie. Cette option s'applique à Obebel seulement.

-p Ajouter des hydrogènes appropriés pour le pH (utiliser des transformations dans phmodel.txt)

--biens
Ajouter ou remplacer une propriété (par exemple, dans un fichier SD MDL)

-s SMART
Convertir uniquement les molécules correspondant au modèle SMARTS spécifié

--séparé
Séparez les fragments déconnectés en enregistrements moléculaires individuels

-t Tous les fichiers d'entrée décrivent une seule molécule

--Titre titre
Ajouter ou remplacer un titre moléculaire

-x Options
Options de sortie spécifiques au format. Voir -H ID-format pour les options autorisées par un
le format

-v SMART
Convertir uniquement des molécules ne pas correspondant au modèle SMARTS spécifié

-V Sortir le numéro de version et quitter

-z Compresser la sortie avec gzip

DOSSIER FORMATS

Les formats suivants sont actuellement pris en charge par Open Babel :
acr -- Carine ASCI Cristal
alc -- Format d'alchimie
arc -- format Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR [Lecture seule]
bgf -- format MSI BGF
box -- Format Dock 3.5 Box
bs -- format boule et bâton
c3d1 -- format Chem3D cartésien 1
c3d2 -- format Chem3D cartésien 2
caccrt -- Cacao format cartésien
cache -- format CAChe MolStruct [écriture seule]
cacint -- Cacao Format interne [écriture seule]
can -- format canonique SMILES
voiture -- format Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR [Lecture seule]
ccc -- format CCC [Lecture seule]
cdx -- format binaire ChemDraw [Lecture seule]
cdxml -- format ChemDraw CDXML
cht -- format Chemtool [écriture seule]
caf -- Fichier d'informations cristallographiques
cml -- Langage de balisage chimique
cmlr -- Format de réaction CML
com -- Gaussian 98/03 Entrée cartésienne [écriture seule]
copy -- Copie le texte brut [écriture seule]
crk2d -- Format de diagramme 2D du kit de ressources chimiques
crk3d -- Format 3D du kit de ressources chimiques
csr -- format Accelrys/MSI Quanta CSR [écriture seule]
cssr -- format CSSR CSD [écriture seule]
ct -- Format de la table de connexion ChemDraw
dmol -- format de coordonnées DMol3
ent -- Format de la banque de données sur les protéines
fa -- format FASTA [écriture seule]
fasta -- format FASTA [écriture seule]
fch -- format de fichier de point de contrôle au format gaussien [Lecture seule]
fchk -- format de fichier de point de contrôle au format gaussien [Lecture seule]
fck -- format de fichier de point de contrôle au format gaussien [Lecture seule]
exploit -- Format d'entité
fh -- format Fenske-Hall Z-Matrix [écriture seule]
correctif -- format SMILES FIX [écriture seule]
fpt -- format d'empreinte digitale [écriture seule]
fract -- Forme libre Format fractionnaire
fs -- Ouvrir la base de données Babel FastSearching
fsa -- format FASTA [écriture seule]
g03 -- Sortie gaussienne 98/03 [Lecture seule]
g98 -- Sortie gaussienne 98/03 [Lecture seule]
gam -- Sortie GAMESS [Lecture seule]
gamin -- Entrée GAMESS [écriture seule]
gamout -- Sortie GAMESS [Lecture seule]
gau -- Gaussian 98/03 Entrée cartésienne [écriture seule]
gjc -- Entrée cartésienne gaussienne 98/03 [écriture seule]
gjf -- Entrée cartésienne gaussienne 98/03 [écriture seule]
gpr -- Format glyphique
gr96 -- format GROMOS96 [écriture seule]
hin -- format HyperChem HIN
inchi -- IUPAC InChI [écriture seule]
inp -- Entrée GAMESS [écriture seule]
ins -- format ShelX [Lecture seule]
jin -- format d'entrée Jaguar [écriture seule]
jout -- format de sortie Jaguar [Lecture seule]
mdl -- format MDL MOL
mmd -- format MacroModèle
mmod -- format MacroModèle
mol -- format MDL MOL
mol2 -- format Sybyl Mol2
molreport -- Ouvrir le rapport sur les molécules Babel [Écriture seule]
moo -- Format de sortie MOPAC [Lecture seule]
mop -- format cartésien MOPAC
mopcrt -- format cartésien MOPAC
mopin -- MOPAC Interne
mopout -- Format de sortie MOPAC [Lecture seule]
mpc -- format cartésien MOPAC
mpd -- format de descripteur Sybyl [écriture seule]
mpqc -- format de sortie MPQC [Lecture seule]
mpqcin -- format d'entrée simplifié MPQC [écriture seule]
nw -- format d'entrée NWchem [écriture seule]
nwo -- format de sortie NWchem [Lecture seule]
pc -- format PubChem [Lecture seule]
pcm -- format PCModel
pdb -- Format de la banque de données sur les protéines
pov -- format d'entrée POV-Ray [écriture seule]
pqs -- format de solutions quantiques parallèles
prep -- format Amber Prep [Lecture seule]
qcin -- format d'entrée Q-Chem [écriture seule]
qcout -- Format de sortie Q-Chem [Lecture seule]
rapport -- Ouvrir le format de rapport Babel [écriture seule]
res -- format ShelX [Lecture seule]
rxn -- format MDL RXN
sd -- format MDL MOL
sdf -- format MDL MOL
smi -- format SOURIRE
sy2 -- format Sybyl Mol2
tdd -- Format thermique
test -- Format de test [écriture seule]
therm -- Format thermo
tmol -- format de coordonnées TurboMole
txyz -- format Tinker MM2 [écriture seule]
unixyz -- format UniChem XYZ
vmol -- format ViewMol
xed -- format XED [écriture seule]
xml -- format XML général [Lecture seule]
xyz -- format de coordonnées cartésiennes XYZ
yob -- YASARA.org format YOB
zin -- format d'entrée ZINDO [écriture seule]

Format OPTIONS

Les formats de fichiers individuels peuvent avoir des options de formatage supplémentaires.

Les options de format d'entrée sont précédées de 'a', par exemple -as

Les options de format de sortie sont précédées de 'x', par exemple -xn

Pour plus d'informations et d'options spécifiques, utilisez -H
par exemple, -Hcml

EXEMPLES

Conversion standard :
babel -ixyz éthanol.xyz -opdb éthanol.pdb
Conversion d'un fichier SMI en STDIN vers un fichier Mol2 écrit en STDOUT :
babel-ismi-omol2
Divisez un fichier multi-molécule en new1.smi, new2.smi, etc. :
babel infile.mol nouveau.smi -m

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