Il s'agit de la commande bio-arc-en-ciel qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
arc-en-ciel - page de manuel pour arc-en-ciel 2.0.4 --[email protected], [email protected]>
SYNOPSIS
arc en ciel [Options]
DESCRIPTION
arc en ciel 2.0.4 -- <[email protected], [email protected]>
grappe
Format de fichier d'entrée : fichier(s) fasta/fastq apparié(s) Format de fichier de sortie :
\t \t \t
-1 Fichier fasta/fastq d'entrée, prend en charge plusieurs '-1'
-2 Fichier fasta/fastq d'entrée, prend en charge plusieurs '-2' [null]
-l
Longueur de lecture, par défaut : 0 variable
-m
Non-concordances maximales [4]
-e
Seuil correspondant exactement [2000]
-L Faible niveau de polymorphisme
div
Format de fichier d'entrée : \t \t \t Sortir
Format de fichier:
\t \t \t [\t ]
-i Fichier d'entrée [stdin]
-o Fichier de sortie [stdout]
-k
K_allele, variantes min pour créer un nouveau groupe [2]
-K
K_allele, diviser quelle que soit la fréquence lorsque le nombre de variantes dépasse cette valeur
-f
Fréquence, fréquence minimale de la variante pour créer un nouveau groupe [0.2]
fusionner
Format de fichier d'entrée :
\t \t \t [\t ]
-i Fichier de sortie rbasm d'entrée [stdin]
-a ensemble de sortie
-o Fichier de sortie pour les contigs fusionnés, une ligne par cluster [stdout]
-N
Nombre maximum de clusters divisés à fusionner [300]
-l
Chevauchement minimum lors de l'assemblage de deux lectures (valable uniquement lorsque '-a' est ouvert) [5]
-f
Fraction minimale de similarité lors de l'assemblage (valide uniquement lorsque '-a' est ouvert)
-r
Nombre minimum de lectures à assembler (valable uniquement lorsque '-a' est ouvert) [5]
-R
Nombre maximum de lectures à assembler (valide uniquement lorsque '-a' est ouvert) [300]
Utilisation: arc-en-ciel [options]
grappe
Format de fichier d'entrée : fichier(s) fasta/fastq apparié(s) Format de fichier de sortie :
\t \t \t
-1 Fichier fasta/fastq d'entrée, prend en charge plusieurs '-1'
-2 Fichier fasta/fastq d'entrée, prend en charge plusieurs '-2' [null]
-l
Longueur de lecture, par défaut : 0 variable
-m
Non-concordances maximales [4]
-e
Seuil correspondant exactement [2000]
-L Faible niveau de polymorphisme
div
Format de fichier d'entrée : \t \t \t Sortir
Format de fichier:
\t \t \t [\t ]
-i Fichier d'entrée [stdin]
-o Fichier de sortie [stdout]
-k
K_allele, variantes min pour créer un nouveau groupe [2]
-K
K_allele, diviser quelle que soit la fréquence lorsque le nombre de variantes dépasse cette valeur
-f
Fréquence, fréquence minimale de la variante pour créer un nouveau groupe [0.2]
fusionner
Format de fichier d'entrée :
\t \t \t [\t ]
-i Fichier de sortie rbasm d'entrée [stdin]
-a ensemble de sortie
-o Fichier de sortie pour les contigs fusionnés, une ligne par cluster [stdout]
-N
Nombre maximum de clusters divisés à fusionner [300]
-l
Chevauchement minimum lors de l'assemblage de deux lectures (valable uniquement lorsque '-a' est ouvert) [5]
-f
Fraction minimale de similarité lors de l'assemblage (valide uniquement lorsque '-a' est ouvert)
-r
Nombre minimum de lectures à assembler (valable uniquement lorsque '-a' est ouvert) [5]
-R
Nombre maximum de lectures à assembler (valide uniquement lorsque '-a' est ouvert) [300]
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