Il s'agit de la commande bp_process_sgdp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
bp_process_sgd.pl - Masse les fichiers plats d'annotation SGD dans une version adaptée au
Navigateur de génome générique
SYNOPSIS
% bp_process_sgd.pl chromosomique_features.tab > levure.gff
DESCRIPTION
Ce script masse les fichiers plats d'annotation de séquence SGD situés à
ftp://genome-ftp.stanford.edu/pub/yeast/data_dump/feature/chromosomal_features.tab en
version du format GFF adaptée à l'affichage par le navigateur génomique générique.
Pour utiliser ce script, récupérez le fichier SGD chromosomal_features.tab sur le site FTP répertorié
ci-dessus et exécutez la commande suivante :
% bp_process_sgd.pl chromosomique_features.tab > levure.gff
Le fichier levure.gff peut ensuite être chargé dans une base de données Bio::DB::GFF en utilisant les éléments suivants
commander:
% bulk_load_gff.pl -d levure.gff
Utilisez bp_process_sgdp en ligne à l'aide des services onworks.net
