Il s'agit de la commande bp_revtrans-motifp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
bp_revtrans-motif - Reverse translate un motif de protéine de type Profam
VERSION
Version 0.01
SYNOPSIS
À partir d'un fichier :
bp_revtrans-motif.pl -i motifs.txt
Utilisation de tuyaux :
bp_revtrans-motif.pl < motifs.txt > sortie.txt
Utilisation interactive à l'invite de commande :
$ bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGNCGCGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}
DESCRIPTION
Ce script prend un motif protéique en entrée et renvoie un oligonucléotide dégénéré
séquence qui lui correspond. La principale raison pour cela est de concevoir des dégénérescences
amorces qui amplifient un motif de séquence donné.
Le motif d'entrée consiste en une chaîne de résidus d'une lettre, avec l'un des éléments suivants
éléments syntaxiques :
[...] : Poste redondant.
Une position dans laquelle plus d'un résidu est autorisé. Exemple:
[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^
[^...] : position niée.
Une position dans laquelle tout résidu est autorisé, enregistré pour ceux entre parenthèses. Exemple:
[^PW]MK[LAE]
^^
(...){n,m,...} : Motif répété.
Un motif qui se répète n or m fois. Il peut avoir n'importe quelle syntaxe précédente
éléments. Exemple:
UNE[SN]C(TXX){2,4,8}
^^^
Les lettres autorisées sont celles qui correspondent aux 20 acides aminés naturels, plus :
B = N + D
Z = Q + E
X = Tout
OPTIONS
-i fichier-entrée :
Un fichier avec une liste de motifs à traduire à l'envers.
-h
Affichez ce message d'aide.
Utilisez bp_revtrans-motifp en ligne en utilisant les services onworks.net
