Il s'agit de la commande bp_search2tribep qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
bp_search2tribe - Transformez les rapports analysables SearchIO en matrice TRIBE
SYNOPSIS
Usage:
bp_search2tribe [-o fichier de sortie] [-f format de rapport] [-w/--weight] fichier1 fichier2 ..
DESCRIPTION
Ce script est probablement trop lent pour la plupart des utilisateurs. Il vaut mieux utiliser quelque chose
comme scripts/searchio/fastam9_to_table, la sortie -m 9 de BLAST ou la blast2table de
le livre BLAST O'Reilly pour obtenir un résultat tabulaire de ces programmes et ensuite alimenter le
table dans MCL avec le script mcxdeblast et l'option --m9.
Ce script transformera un rapport de recherche de protéines (BLASTP, FASTP, SSEARCH) en un Markov
Matrice pour le clustering TribeMCL.
Les options sont:
-o nom_fichier - le nom du fichier de sortie [STDOUT par défaut]
-f format - format des résultats de recherche (blast, fasta)
(ssearch est au format fasta). la valeur par défaut est l'explosion.
-w ou --weight VALUE - Change le poids par défaut pour les hits E(0.0)
à VALEUR (par défaut = 200 (c'est-à-dire 1e-200))
-h - ce menu d'aide
Spécifiez également les noms de fichiers que vous souhaitez traiter sur la ligne de commande. Si aucun fichier
sont spécifiés, l'entrée STDIN est supposée. Vous spécifiez cela en faisant : bp_search2tribe <
fichier1 fichier2 fichier3
Utilisez bp_search2tribep en ligne à l'aide des services onworks.net
