bp_seqfeature_loadp - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

bp_seqfeature_load.pl - Charger GFF dans une base de données SeqFeature

DESCRIPTION

Passez n'importe quel nombre de fichiers au format GFF ou fasta (ou GFF avec fasta intégré) pour charger le
caractéristiques et séquences dans une base de données SeqFeature. La base de données (et l'adaptateur) à utiliser est
spécifié sur la ligne de commande. Utilisez l'indicateur --create pour créer une nouvelle base de données SeqFeature.

SYNOPSIS

bp_seqfeature_load.pl [options] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

Essayez 'bp_seqfeature_load.pl --help' ou '--man' pour plus d'informations.

OPTIONS

-d, --dsn
Source de données DBI (par défaut dbi:mysql:test)

-n, --espace de noms
Le préfixe de table à utiliser (undef par défaut) Permet plusieurs fonctionnalités de séquence indépendantes
bases de données à stocker dans une seule base de données

-s, --seqfonctionnalité
Le type de SeqFeature à créer... RTSC (par défaut Bio::DB::SeqFeature)

-a, --adaptateur
L'adaptateur de stockage (classe) à utiliser (DBI::mysql par défaut)

-v, --verbeux
Activer les rapports de progression détaillés (par défaut true) Utilisez --noverbose pour désactiver cette option.

-f, --rapide
Activer le chargement rapide. (par défaut 0) Uniquement disponible pour certains adaptateurs.

-T, --répertoire-temporaire
Spécifiez le répertoire temporaire pour un chargement rapide (File::Spec-> par défauttmpdir())

-i, --ignore-seqregion
Si vrai, ignorez les directives ##sequence-region dans le fichier GFF3 (par défaut, créez un
caractéristique pour chaque région)

-c, --créer
Créez la base de données et réinitialisez-la (par défaut false) Remarque, cela effacera les précédents
contenu de la base de données, le cas échéant.

-u, --utilisateur
Utilisateur à connecter à la base de données en tant que

-p, --mot de passe
Mot de passe à utiliser pour se connecter à la base de données

-z, --zip
Compresser les tables de la base de données pour économiser de l'espace (par défaut false)

-S, --sous-fonctionnalités
Activer l'indexation des sous-fonctionnalités (par défaut true) Utilisez --nosubfeatures pour désactiver cette fonction.

--sommaire
Générer des statistiques récapitulatives pour les graphiques de couverture (faux par défaut) Cela peut être exécuté sur un
base de données précédemment chargée ou pendant le chargement. Il sera par défaut à true si --create est
utilisé.

-N, --nosummary
Ne générez pas de statistiques récapitulatives pour économiser de l'espace et du temps de chargement (par défaut si
--create n'est pas spécifié, utilisez cette option pour désactiver explicitement les statistiques récapitulatives
quand --create est spécifié)

--noalias-cible
Ne créez pas un attribut Alias ​​dont la valeur est le target_id dans un attribut Target (si
l'entité contient un attribut Cible, la valeur par défaut consiste à créer un attribut Alias
dont la valeur est le target_id dans l'attribut Target)

S'il te plait regarde http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml pour plus d'informations sur le GFF3
format. BioPerl étend légèrement le format en ajoutant une directive ##index-subfeatures. Régler
ceci à une valeur vraie si vous souhaitez que la base de données puisse récupérer une entité
parties individuelles (telles que les exons d'un transcrit) indépendamment du niveau supérieur
fonction:

##index-sous-fonctionnalités 1

Il est également possible de contrôler l'indexation des sous-fonctionnalités au cas par cas en
en ajoutant "index=1" ou "index=0" à la liste des attributs de l'entité. Cela ne doit être utilisé que
pour les sous-fonctionnalités.

L'indexation des sous-fonctions est vraie par défaut. Définir sur false (0) pour économiser beaucoup d'espace de base de données
et les performances de vitesse. Vous pouvez utiliser --nosubfeatures pour forcer cela.

Utilisez bp_seqfeature_loadp en ligne à l'aide des services onworks.net