bp_seqfeature_loadp - En ligne dans le cloud

PROGRAMME:

Nom

bp_seqfeature_load.pl - Charger GFF dans une base de données SeqFeature

DESCRIPTION

Transmettez n'importe quel nombre de fichiers au format GFF ou fasta (ou GFF avec fasta intégré) pour charger le
caractéristiques et séquences dans une base de données SeqFeature. La base de données (et l'adaptateur) à utiliser est
spécifié sur la ligne de commande. Utilisez l'option --create pour créer une nouvelle base de données SeqFeature.

SYNOPSIS

bp_seqfeature_load.pl [options] gff_ou_fasta_file1 [gff_ou_fasta_file2 [...]]

Essayez « bp_seqfeature_load.pl --help » ou « --man » pour plus d'informations.

OPTIONS

-d, --dsn
Source de données DBI (par défaut dbi:mysql:test)

-n, --namespace
Le préfixe de table à utiliser (par défaut non défini) Permet plusieurs fonctionnalités de séquence indépendantes
bases de données à stocker dans une seule base de données

-s, --seqfeature
Le type de SeqFeature à créer... RTSC (par défaut Bio::DB::SeqFeature)

-a, --adaptateur
L'adaptateur de stockage (classe) à utiliser (par défaut DBI::mysql)

-v, --verbeux
Activer les rapports de progression détaillés (par défaut vrai) Utilisez --noverbose pour désactiver cette option.

-f, --rapide
Activer le chargement rapide. (par défaut 0) Uniquement disponible pour certains adaptateurs.

-T, --répertoire-temporaire
Spécifiez un répertoire temporaire pour un chargement rapide (par défaut File::Spec->tmpdir())

-i, --ignore-seqregion
Si vrai, ignorez les directives ##sequence-region dans le fichier GFF3 (par défaut, créez un
fonctionnalité pour chaque région)

-c, --créer
Créez la base de données et réinitialisez-la (par défaut false). Attention, cela effacera la base de données précédente.
contenu de la base de données, le cas échéant.

-u, --utilisateur
Utilisateur pour se connecter à la base de données en tant que

-p, --password
Mot de passe à utiliser pour se connecter à la base de données

-z, --zip
Compresser les tables de la base de données pour économiser de l'espace (par défaut, false)

-S, --subfeatures
Activer l'indexation des sous-fonctionnalités (par défaut vrai) Utilisez --nosubfeatures pour désactiver cette option.

--sommaire
Générer des statistiques récapitulatives pour les graphiques de couverture (par défaut faux) Cela peut être exécuté sur un
base de données précédemment chargée ou pendant le chargement. La valeur par défaut sera true si l'option --create est activée.
utilisé.

-N, --nosummary
Ne générez pas de statistiques récapitulatives pour économiser de l'espace et du temps de chargement (par défaut si
--create n'est pas spécifié, utilisez cette option pour désactiver explicitement les statistiques récapitulatives
lorsque --create est spécifié)

--noalias-cible
Ne créez pas d'attribut Alias ​​dont la valeur est le target_id dans un attribut Target (si
la fonctionnalité contient un attribut Cible, la valeur par défaut est de créer un attribut Alias
dont la valeur est le target_id dans l'attribut Target)

S'il te plait regarde http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml pour plus d'informations sur le GFF3
format. BioPerl étend légèrement le format en ajoutant une directive ##index-subfeatures.
ceci à une valeur vraie si vous souhaitez que la base de données puisse récupérer la valeur d'une fonctionnalité
parties individuelles (telles que les exons d'un transcrit) indépendamment du niveau supérieur
fonction:

##index-subfeatures 1

Il est également possible de contrôler l'indexation des sous-fonctionnalités au cas par cas en
Ajout de « index=1 » ou « index=0 » à la liste des attributs de l'entité. Cette option doit être utilisée uniquement.
pour les sous-fonctionnalités.

L'indexation des sous-fonctionnalités est définie sur « true » par défaut. Définissez-la sur « false » (0) pour économiser de l'espace dans la base de données.
et les performances de vitesse. Vous pouvez forcer cela en utilisant l'option --nosubfeatures.

Utilisez bp_seqfeature_loadp en ligne à l'aide des services onworks.net