Chemtool - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

chemtool - éditeur de structures chimiques

SYNOPSIS

outil chimique [nom de fichier]

DESCRIPTION

outil chimique est un programme pour dessiner des molécules organiques et les exporter sous forme de bitmap X, PNG,
Fichier PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL ou EPS. Il fonctionne sous le système X Window en utilisant le GTK
ensemble de widgets.

Le programme offre essentiellement un nombre illimité d'annulations/rétablissements, deux polices de texte plus des symboles, sept
couleurs, dessin à plusieurs échelles de zoom et grilles de fond carrées et hexagonales pour faciliter
alignement.

EXEMPLES

Dans tous les modes de dessin et d'édition, le premier bouton de la souris (généralement le bouton gauche) est utilisé pour
marquer ou dessiner des objets, tandis que le bouton trois (le bouton droit) peut être utilisé pour supprimer des objets
du type actuel. Le bouton du milieu est principalement utilisé dans les modes de dessin de liaison où il
permet un changement rapide des types de liaison. À partir de la version 1.5, le stockage par défaut
répertoire pour les fichiers de données, et l'extension de nom de fichier à utiliser, peuvent être enregistrés via un
boîte de dialogue de configuration.

Dessin of obligations :
Les liaisons peuvent être tracées selon 4 angles différents (hexagone avec des intervalles de 30°, deux
pentagones avec des intervalles de 72° (orientation différente) et un octogone de 45° i). (Intermédiaire
les angles sont également possibles dans tous ces modes - ignorez simplement les points de repère dans ce
Cas).

Le sélecteur de style d'obligation au centre de la barre de boutons détermine le type d'obligation qui est
tiré - au départ, il s'agit d'une liaison simple. Si vous souhaitez modifier le type d'une obligation ultérieurement,
soit cliquez dessus avec le bouton central de votre souris pour passer au(x) type(s) suivant(s), soit
sélectionnez le type approprié dans le sélecteur, puis passez en mode bondtype et choisissez tout
obligations que vous souhaitez passer au nouveau type. (La couleur utilisée pour le lien est
mis à jour en même temps si nécessaire.) En appuyant sur le bouton central de la souris sur un lien en
Le mode « Bondtype » inverse la direction de cette liaison.

L'utilisation du troisième bouton de la souris (généralement le bouton droit) supprime le lien à côté du curseur
position.

Les types d'obligations disponibles sont :

· liaison simple

· double liaison

· double liaison (ligne plus courte de l'autre côté)

· double liaison centrée

· triple liaison (lignes latérales plus courtes que centrales)

· triple liaison (avec des longueurs de ligne égales)

· quadruple liaison

· liaison en forme de coin

· lien pointillé en forme de coin

· ligne ondulée

· demi-flèche

· flèche régulière

· liaison large

· cercle

· ligne pointillée

· liaison simple chevauchante (qui découpe un segment de toute liaison qu'elle croise)

· lobe orbital pi léger

· lobe orbital pi sombre

Semi-automatique dessin of anneaux:
Des anneaux de 3 à 12 membres peuvent être dessinés facilement en maintenant la touche Ctrl enfoncée tout en dessinant un
ligne. Cette ligne deviendra alors le premier segment d'un anneau qui se dessine automatiquement
dans le sens des aiguilles d'une montre. La taille de l'anneau est par défaut celle appropriée pour la sélection
mode de dessin (c'est-à-dire 5, 6 ou 8 côtés), mais il peut être défini anneau par anneau en appuyant sur
Ctrl- avant de dessiner l'anneau, où les nombres 3-9 correspondent à 3 à 9 chaînons
anneaux, tandis que 0 à 2 sélectionnent des anneaux à 10, 11 et 12 chaînons, respectivement.

Les anneaux nouvellement dessinés peuvent être supprimés en appuyant simultanément sur Ctrl et sur le bouton 3 de la souris.

Dessin of courbé lignes:
Des lignes courbes pour des objets tels que des flèches ou des lobes orbitaux peuvent être tracées en mode courbe spline en
spécifiant quatre points de contrôle qui forment un polygone englobant (point de départ, deux points sur
de part et d'autre du pic, point final). Parmi les types d'obligations standard disponibles dans le menu Style,
la 'ligne simple', la 'demi-flèche', la flèche et la 'ligne pointillée' conservent leur fonction habituelle, tandis que
le type 'ligne large' est utilisé pour désigner un polygone rempli. Les points de contrôle ne sont que
visible dans Move mode, où ils peuvent être déplacés pour changer la forme d'une courbe après
il est dessiné.

Paramètres lien Catégorie
En mode style de liaison, cliquer sur n'importe quelle liaison dans le diagramme change sa représentation en la
type sélectionné dans le menu déroulant à côté du Type .

Le type d'obligation supplémentaire disponible dans le menu déroulant,

flèche courbe

n'est disponible que pour le dessin. C'est en fait un raccourci pour l'un des dessins de courbe
fonctions décrites ci-dessus, avec les deuxième et troisième points de contrôle automatiquement
généré. En tant que tel, il ne peut pas être converti vers ou à partir de l'un des types d'obligations conventionnels.

(On peut cependant le convertir en n'importe quel autre type de courbe, par exemple pour changer le type de
pointe de flèche). La forme de la flèche devra généralement être ajustée en déplaçant le
point de contrôle qui apparaît à côté de lui en mode « Move ».

Insertion texte
Le texte écrit dans la zone de texte peut être positionné avec le curseur et peut apparaître à gauche,
au milieu ou aligné à droite dans le dessin. La taille et la couleur du texte sont sélectionnables à partir d'un
liste de choix. Il y a deux caractères spéciaux à utiliser pour l'indice et l'exposant
le caractère suivant :

'^' pour monter (par exemple N^+)

'_' pour décaler vers le bas (par exemple CH_3)

Le caractère de contrôle '|' est utilisé pour mettre en italique le caractère suivant, comme dans |t-Bu.

Un type de police gras, généralement utilisé pour la numérotation des composés, peut être sélectionné en précédant le
caractère avec un '#'.

Le caractère spécial '@' passe en mode symbole, qui utilise le symbole standard X11
Police de caractère. Toutes les touches alphabétiques produisent les caractères grecs correspondants dans ce mode, et
plusieurs autres symboles sont disponibles si leurs équivalents Latin1 standard sont déjà
mappé sur le clavier :

yen -> infini

tiret -> flèche vers le haut

macron -> flèche vers le bas

Les symboles 'plusminus' et 'registered' (marque déposée) sont déjà dans la police standard,
bien qu'ils ne soient normalement pas disponibles sur le clavier. Utilisez les commandes suivantes (ou
ajoutez les déclarations à votre .xmodmaprc ) pour les rendre disponibles via +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R enregistré' \
-e 'keysym o = o O yen' \
-e 'keysym p = p P plusmoins' \
-e 'keysym u = u U tiret' \
-e 'keysym d = d D macron'

(cela conduit à AltGr-P = plusmoins, AltGr-R = enregistré en mode normal et AltGr-O =
l'infini, AltGr-U = flèche vers le haut, AltGr-D = flèche vers le bas dans la police des symboles).

Pour les diagrammes en "points et croix", les correspondances suivantes avec la police des symboles peuvent être
utile : aigu -> croix (par exemple keysym x = x X aigu) point central -> point plein (par exemple keysym
d = d D période centrée) (en utilisant le signe du degré pour le point ouvert).

Les versions cerclées des signes plus et moins pour indiquer la charge ionique sont disponibles sous la forme @+
et @- .

Lorsque vous souhaitez utiliser des symboles comme indice ou exposant, placez l'indice ou l'exposant
caractère avant le caractère '@', par exemple K__@a .

En mode texte, le bouton droit de la souris supprime l'étiquette à la position du curseur. En changeant
la taille, la police ou la couleur d'une étiquette peut se faire en cliquant dessus après avoir choisi le
combinaison de paramètres souhaitée. Lorsque la zone de saisie de texte au-dessus de la zone de dessin est vide,
seuls les paramètres sont mis à jour sans modifier le contenu de l'étiquette, sinon le
le texte de l'étiquette est également remplacé. Si vous souhaitez copier le texte d'une étiquette existante dans le
zone de saisie de texte, cliquez dessus avec le bouton central de la souris.

Étiquetage raccourcis
Dans tous les modes de dessin de liaison, plusieurs raccourcis clavier sont disponibles pour ajouter des symboles atomiques
sans avoir à quitter le mode dessin. L'étiquette est placée à la position de dessin actuelle
(l'extrémité de la dernière ligne tracée ou le dernier point sur lequel vous avez cliqué).

Les touches 'c','h','n','o','s','p' et 'r' insèrent la lettre majuscule correspondante, 'l'
(L minuscule) insère « Cl », tandis que « 1 », « 2 », « 3 » insère respectivement CH, CH_2 et CH_3. Les
La touche astérisque (*) insère un cercle plein.

En appuyant une fois sur la barre d'espace, vous pouvez saisir des étiquettes arbitraires, qui seront placées à
la position actuelle lorsque vous appuyez sur la touche Retour.

Dessin électron paires
Les touches du pavé numérique peuvent être utilisées pour tracer de courtes lignes de « paire d'électrons » à côté d'un
symbole de l'élément - si l'on imagine que le symbole de l'élément est assis sur la touche centrale « 5 »,
chaque touche dessine la paire d'électrons appropriée pour sa position. Lorsqu'il est utilisé avec le
Touche Shift, deux points sont dessinés au lieu d'une ligne - supprimez simplement l'un des points à nouveau si
vous avez besoin d'un nombre impair d'électrons.

Numérotage atomes
Pour une numérotation rapide des atomes d'une molécule, passez à l'un des modes texte, maintenez enfoncé
la touche Ctrl et sélectionnez successivement chaque atome avec le bouton gauche de la souris. Numérotage
commence à 1, et la séquence peut être réinitialisée à tout moment en cliquant sur le bouton droit de la souris.
Si vous devez utiliser votre propre schéma de numérotation, cliquez sur le bouton du milieu (tout en
en maintenant la touche Contrôle enfoncée) le fait saisir n'importe quel numéro dans le champ de saisie de texte.

Centrage
S'il n'y a pas assez de place pour votre molécule vous pouvez la mettre au milieu de la feuille
avec le bouton central.

Exportation à étranger formats:
Vous pouvez exporter vos molécules sous forme de bitmap X, d'image PNG ou EMF, d'un fichier encapsulé
fichier postscript, un fichier d'entrée pour Brian Smith' xfig(1) programme, un MDL ver. 2000 molfile
pour l'échange de données avec des packages commerciaux, un fichier SVG pour les pages Web XHTML, ou dans le
Format PicTeX pour une inclusion directe dans les documents LaTeX. Le PicTeX, PNG, EMF et
Les fonctions de sortie Postscript reposent sur le fig2dev81) programme de la transfiguration(1) paquet
et ne sont disponibles que lorsque ce programme a été détecté au démarrage. Si la fig2sxd(1)
programme est installé, une option d'exportation supplémentaire est disponible pour le format OpenOffice SXD.
De même, si le programme (open)babel est installé, un menu Export supplémentaire proposant
l'accès à tous les types de fichiers pris en charge par cet outil devient disponible.

Vous pouvez créer les sorties dans différentes tailles en fonction de l'échelle de zoom actuelle.
Les fichiers Postscript et PicTeX peuvent également être créés à des échelles arbitraires sélectionnables sur le
menu d'exportation de fichier.

Une option dans le menu de configuration peut être paramétrée pour appeler fig2dev en langue internationale
mode, qui rendra automatiquement tout texte écrit dans la police alternative (Times) en utilisant
la police postscript appropriée pour les paramètres régionaux actuels (actuellement croate, cyrillique,
tchèque, hongrois, japonais, coréen, polonais). Voir le fig2dev documentation pour plus de détails.

Pour inclure le fichier PicTeX dans votre document LaTeX, vous aurez besoin du package de macro pictex.
Selon les versions que vous utilisez, vous devrez peut-être également charger le package 'color' dans le
préambule de votre fichier LaTeX. Si vous rencontrez des messages d'erreur « capacité TeX dépassée »,
augmentez le paramètre extra_mem_bot dans votre texmf.cnf fichier (généralement dans
/usr/share/texmf/web2c, /usr/local/texmf or /etc/texmf). Pictex est connu pour ses
(selon les normes tex) les exigences de mémoire, et les paramètres standard ne tiennent pas compte de cela
(bien que vous puissiez trouver un commentaire à la « changez cela si vous utilisez pictex » dans le texmf.cnf
déposer). Quelque chose comme extra_mem_bot=400000 ne devrait pas faire de mal à tout modérément moderne
système.

Impression dessins
Depuis la version 1.5, impression directe des diagrammes sur un périphérique d'impression compatible Postscript (ou
plus généralement une file d'attente d'impression exécutant ghostscript) est possible. Le format du papier,
l'agrandissement, le nom de l'imprimante et la commande d'impression à utiliser (actuellement soit lp(1), LPR(1)
or imprimante k(1)) peut être stocké dans la boîte de dialogue de configuration.

Sélection TOUTE or les pièces of a dessin en métamorphoses :
À l'aide du bouton « Marquer », vous pouvez facilement sélectionner des parties du dessin actuel en joignant
eux avec un rectangle 'élastique'.

Si vous devez ajouter des atomes en dehors de la zone rectangulaire à votre sélection, dessinez simplement
un autre élastique autour d'eux tout en maintenant la touche Ctrl enfoncée.

Les pièces sélectionnées apparaîtront surlignées en bleu et sont immédiatement disponibles pour

en mouvement faites simplement glisser le fragment à la position souhaitée avec la souris tout en maintenant
enfoncé le bouton gauche de la souris. (Si vous avez seulement besoin de déplacer des atomes individuels ou
obligations, vous pouvez simplement les sélectionner et les faire glisser en mode « Déplacer » sans avoir à les marquer
eux d'abord).

tournant le mouvement horizontal de la souris se traduit par une rotation fluide autour du
point de pivot sélectionné en appuyant sur le bouton de la souris

retournement (mettre en miroir) le fragment autour d'un plan miroir horizontal ou vertical à travers
son centre : cela s'effectue en cliquant sur le bouton de menu approprié

copier cliquer sur le bouton de menu 'Copier' crée une copie exacte de la sélection
fragment légèrement décalé par rapport à l'original. La marque est automatiquement
transféré vers la nouvelle copie.

remise à l'échelle le mouvement horizontal de la souris se traduit par une augmentation ou une diminution régulière de
taille du fragment marqué

suppression pour supprimer le fragment marqué, cliquez simplement sur le troisième (généralement le droit)
bouton de la souris après avoir été mis en surbrillance.

encadrement en choisissant l'une des icônes dans la liste déroulante des styles de cadre et de support
dessine l'objet correspondant, par exemple une paire de parenthèses rondes, autour du
fragment mis en évidence.

l'optimisation cliquer sur le symbole « seau et balai » invoque une fonction qui supprime
chevauchement (dupliquer) des liaisons et des étiquettes du dessin et redresse
des lignes presque horizontales ou verticales.

L'ajout de précédemment sauvé Les figures:
Pour ajouter une autre molécule à partir d'un dessin chemtool précédemment enregistré, sélectionnez-la dans le fichier
fenêtre de sélection qui apparaît lorsque vous appuyez sur le bouton « Ajouter ». Un simple clic sur n'importe quel
nom de fichier dans la liste affiche un petit aperçu de la molécule pour faciliter la sélection. Les
la molécule nouvellement ajoutée est automatiquement rendue active afin qu'elle puisse être repositionnée comme
voulu.

Si vous souhaitez l'ajouter à une position prédéfinie sur une autre molécule, vous pouvez marquer cela
site de la pièce jointe en cliquant dessus avec le bouton gauche de la souris au lieu de faire glisser le rectangle du marqueur. Un petit
point vert apparaîtra à ce qui est maintenant la position de référence pour la nouvelle pièce. Si vous enregistrez
molécules avec un tel ensemble de marqueurs, il définira à son tour leur site de fixation lorsqu'ils
sont ajoutés à un autre dessin.

L'ajout de UN of le prédéfini modèles:
La sélection de « Modèles » dans le menu « Outils » ouvre une deuxième fenêtre avec une petite collection
de structures prédéfinies. Cliquez simplement sur l'image de la molécule souhaitée pour l'ajouter à
ton dessin. La fenêtre Modèle peut rester ouverte tout au long d'une session Chemtool - si elle
est masqué par une autre fenêtre, vous pouvez la déplacer vers l'avant en sélectionnant le menu 'Modèle'
dans Chemtool à nouveau.

Les données du système de gabarit ne diffèrent des dessins normaux de chemtool que par le fait que
ils sont stockés dans le programme, et dans un format un peu maladroit (coordonnées x et y
répertoriés séparément dans le fichier source templates.h). Ceux-ci sont destinés à fournir un
ensemble de base pratique disponible pour tous les utilisateurs, mais non extensible individuellement (vous pouvez utiliser
la fonction 'Ajouter' pour vos propres structures). S'il vous plaît laissez-nous savoir si vous voulez spécifique
molécules ajoutées aux modèles - leur nom ou idéalement un fichier de dessin chemtool régulier
est tout ce dont nous avons besoin. (envoyer un e-mail à [email protected])

Importation étranger filet formats:
Chemtool fournit des fonctions d'importation de fichiers au format PDB utilisé par la protéine
Base de données (et par la plupart des progiciels de modélisation moléculaire) et le format propriétaire MDL molfile
utilisé par ISISdraw et compris par d'autres packages de dessin de structure et base de données
parties avant.

Comme les deux sont des formats de fichiers 3D, tandis que chemtool ne gère que les projections 2D, importées
les molécules sont d'abord lues dans un stockage temporaire et affichées en bleu sur la toile.
Cette représentation 3D peut ensuite être tournée à l'aide de la souris. Seulement après avoir appuyé sur la touche Retour
touche du clavier est-il converti en la projection 2D finale qui peut être modifiée. Tandis que
une telle importation 3D est en cours, toutes les fonctions normales de dessin et d'édition sont désactivées.

Avec l'importation MDL molfile, les étiquettes des atomes de carbone sont automatiquement supprimées. Pour PDB
import, la quantité d'étiquetage peut être choisie dans la boîte de dialogue de sélection de fichier, qui offre
rétention de toutes les étiquettes, uniquement celles des atomes non hydrogènes, ou uniquement les non-numériques
partie des étiquettes.

Si le programme babel est installé - soit la version originale écrite par Pat Walters, soit
l'effort OpenBabel le plus récent - chemtool offrira automatiquement une option de menu pour
l'importation à partir de l'un des formats de fichiers pris en charge.

Détermination somme formule ainsi que moléculaire poids:
La distribution contient un programme d'aide, cht(1), par Radek Liboska (Prague) pour calculer
formule de somme et poids moléculaire (exact) à partir d'un fichier de dessin chemtool. C'est aussi
disponible à partir de Chemtool pour calculer ces données pour la structure actuelle ou un
fragment marqué de celui-ci. cht peut être induit en erreur par des liaisons en double ( chemtool ne supprime pas
liaisons qui se chevauchent, telles qu'elles pourraient résulter de la fusion automatique de systèmes d'anneaux) et
par le symbole « bague aromatique », vous devez donc les éviter et vérifier la plausibilité de la
formule de somme générée lorsque cela est possible.

Dessin fonctions ne sauraient disponibles dans les Outil chimique :
Pour les fonctionnalités actuellement non prises en charge par chemtool, comme les fonctions générales de dessin de lignes,
obtenir le package de dessins XFig de Brian Smith xfig est fortement recommandé. A propos du seul
ce qu'il n'offre pas, c'est la prise en charge des types de ligne "chimiques" et des angles de dessin - ce qui est
pourquoi Chemtool a été écrit comme une sorte de programme compagnon. (Il y aura probablement plus de
les options de dessin les plus indispensables ajoutées à chemtool au fil du temps, mais en dupliquant le
fonctionnalités plus générales de xfig semble plutôt inutile.)

Utilisez Chemtool en ligne en utilisant les services onworks.net