Il s'agit de la commande circos qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
____ _
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \_\___/|___/
le rond c'est bien
circos - générer des graphiques d'informations composites de manière circulaire
SYNOPSIS
# devinez l'emplacement du fichier de configuration
cirques
# utiliser un fichier de configuration spécifique
circos -conf circos.conf [-silent]
# diagnostiquer les modules requis
cirques -modules
# page de manuel
cirque - homme
# débogage détaillé pour les composants de code
# voir http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GROUP1,[GROUP2,...]
# débogage complet
cirques -debug_group _all
# dump de configuration d'un bloc (ou arborescence de blocs) de
# tous les paramètres qui correspondent à REGEXP (facultatif)
circos -cdump [BLOC1/[BLOC2/...]]{:REGEXP}
# paramètres de configuration prioritaires
circos -param image/radius=2000p -param idéogramme/show=no
# pour le plaisir - randomisez toutes les couleurs de l'image à l'exception de
# COULEUR1 et COULEUR2
circos -randomcolor COULEUR1,[COULEUR2,...]
DESCRIPTION
Circos permet de visualiser les données dans une disposition circulaire, idéale pour explorer les relations
entre des objets ou des positions. Il existe d'autres raisons pour lesquelles une disposition circulaire est
avantageux, notamment parce qu'il est attrayant.
Circos n'est pas une solution. C'est un outil pour résoudre les problèmes de visualisation. Pour un donné
problème, vous n'êtes pas assuré que ce soit approprié.
Vous avez un contrôle fin sur la façon dont chaque élément de données est affiché, vous aidant à faire correspondre
saillance à la pertinence.
CONFIGURATION
Les paramètres sont destinés à être transmis à l'aide d'un fichier de configuration en texte brut. Ce fichier peut être
créé manuellement ou par un autre script, ce qui permet à Circos d'être entièrement automatisé.
Pour une documentation complète, voir
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>
Syntaxe
La configuration est en texte brut et composée de blocs hiérarchiques. Certains blocs, tels que
" sont obligatoires, tandis que d'autres comme " sont facultatifs.
Pour commencer, reportez-vous au didacticiel du guide rapide.
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>
Un fichier de configuration typique pourrait ressembler à ceci
# taille et format de l'image
# position et taille des idéogrammes
# position, type et format des pistes de données
# couleurs, polices et motifs de remplissage
< >
# paramètres système
< >
Modularité
Le "< > la directive importe un fichier de configuration dans un autre. Cette
Cette fonction permet de garder les fichiers de configuration modulaires.
Les définitions de paramètres qui ne changent pas fréquemment, telles que les définitions de couleur et de police,
sont traditionnellement importés à partir de fichiers trouvés dans etc / dans la répartition.
Dans les tutoriels, vous verrez que le " et " les blocs sont importés dans
le fichier de configuration principal. Étant donné que ces blocs peuvent devenir assez volumineux, le principal
fichier de configuration est plus lisible s'ils sont relégués dans des fichiers séparés.
Primordial avec *
Pour remplacer un paramètre qui a été inclus à partir d'un fichier, utilisez le suffixe « * ». Le suffixe
est requis car plusieurs définitions d'un paramètre ne sont pas autorisées, sauf dans les cas
où un paramètre est peut avoir plusieurs valeurs.
# le fichier inclus définit le 'rayon'
< >
# cela remplacera la valeur du rayon
rayon* = 2500p
Le suffixe "*" peut être répété pour spécifier quelle valeur est prioritaire dans un bloc.
rayon = 1500p
rayon* = 2500p
radius** = 3000p # cette instance de radius sera utilisée
Primordial avec Command Gamme
Tout paramètre de configuration dans un nom de bloc unique peut être spécifié sur la ligne de commande
en utilisant
-param CHEMIN/PARAM=valeur
Par exemple,
montrer = non
-param idéogramme/show=no
ainsi que
par défaut = 0.01r
-param idéogramme/espacement/défaut=0.01r
Quand conf() est utilisé dans le fichier de configuration pour récupérer la valeur d'un paramètre (tout
paramètre, pas seulement ceux définis par -param), vous obtenez un système flexible pour changer le
configuration en ligne de commande.
espèce = humain
carytotype = data/karyotype/karyotype.conf(species).txt
-param espèce=rat
Plusieurs paramètres peuvent être redéfinis, chacun avec son propre indicateur "-param"
-param show_ticks=non -param image/rayon=2000p
Fusion Blocs
Plusieurs instances des blocs suivants sont automatiquement fusionnées : " ,
" , " , " , " , " , " et " .
Le but de ceci est de vous permettre d'ajouter des définitions canoniques.
# ce fichier définit par défaut , et
< >
# ajouter au bloc de couleurs
macouleur = 150,25,25
OPTIONS
configuration
-configfile FICHIER
Nom du fichier de configuration. Ceci est nécessaire.
Circos tentera de deviner l'emplacement de ce fichier, en recherchant "circos.conf" dans
".", "..", et "../ ..".
Sortie Format
-png, -nopng
-svg, -nosvg
Bascule la sortie des fichiers PNG et SVG.
Image(s) Éléments
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
Ignorer l'affichage des coches et de leurs libellés. Ceux-ci sont tous deux généralement définis dans le
bloquer.
Sortie Chemins
-rép_sortie DIR, -dir DIR
-outputfile FICHIER, -file FICHIER
Modifiez le répertoire de sortie et le nom de fichier. Le FICHIER peut contenir un chemin.
Débogage
-déboguer
Activez la sortie de débogage de base. Rapporte des informations de
image, io, calque, résumé, minuteur
groupes de débogage (voir ci-dessous).
-debug_group {+-}GROUPE1,[{+-}GROUPE2,...]
Activez la sortie de débogage pour des groupes spécifiques. Pour une liste des groupes, voir
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>
Pour ajouter un groupe à la sortie, préfixez-le avec +. Pour le supprimer, avec -.
# utiliser les groupes de débogage par défaut mais exclure la couche et l'io
-debug -debug_group -layer,-io
# utiliser les groupes de débogage par défaut et ajouter un espacement
-debug -debug_group + espacement
# spécifie explicitement les groupes
-debug_group png, io, minuteur
Pour répertorier les groupes pris en charge, utilisez le drapeau sans argument
-debug_group
-temps
Rapporter les informations de temps. Identique à -debug_group + timer
-silencieux
Ne générer aucun rapport.
-paranoïaque, -noparanoïaque
Exécuter en mode paranoïaque (par défaut), ou non. La valeur par défaut de ce paramètre est définie par
'paranoïaque' dans etc/housekeeping.conf.
-avertissements, -notifications
Afficher ou non les avertissements (par défaut). La valeur par défaut de ce paramètre est définie par
« avertissements » dans etc/housekeeping.conf.
-fakeerror = article -fakeerror CAT = article -fakeerror ,ID = article -fakeerror CAT, ID
Faux une erreur en affichant le message d'erreur pour la catégorie CAT et l'ID du nom de l'erreur. Si
une ou aucune n'est spécifiée, répertorie les erreurs disponibles.
À moins que vous n'aimiez vraiment voir les messages d'erreur, il devrait y avoir peu de raisons pour que vous
veux utiliser ça.
Utilisation
-version
Afficher la version.
-Aide
Afficher un bref résumé de l'utilisation.
-homme
Afficher la page de manuel.
faire une gaffe Environ
-randomcolor [couleur1, couleur2,...]
Randomiser la couleur de chaque élément de l'image, à l'exception d'une liste facultative de
couleurs.
Par exemple, pour garder le fond blanc et tout ce qui est noir,
-blanc de couleur aléatoire, noir
Utilisez les cirques en ligne en utilisant les services onworks.net
