cleanasn - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

cleanasn - nettoie les irrégularités dans les objets NCBI ASN.1

SYNOPSIS

nettoyer [-] [-A nom de fichier] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L nom de fichier] [-M nom de fichier]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i nom de fichier] [-j nom de fichier] [-k nom de fichier] [-m str] [-n chemin]
[-o nom de fichier] [-p chemin] [-q chemin] [-r chemin] [-v chemin] [-x poste]

DESCRIPTION

nettoyer est un programme utilitaire pour nettoyer les irrégularités dans les objets NCBI ASN.1.

OPTIONS

Un résumé des options est inclus ci-dessous.

- Imprimer le message d'utilisation

-A nom de fichier
Fichier de liste d'accession

-C str Opérations de séquence, selon les drapeaux dans str :
c Compresser
d Décompresser
v Intervalles virtuels à l'intérieur d'une séquence segmentée
s Convertir l'ensemble segmenté en séquence delta

-D str Nettoyez les descripteurs, selon les indicateurs dans str :
t Supprimer le titre
c Supprimer le commentaire
n Supprimer le titre de l'ensemble Nuc-Prot
e Supprimer le titre Pop/Phy/Mut/Eco Set
m Supprimer le titre de l'ARNm
p Supprimer le titre Protéine

-F str Nettoyer les fonctionnalités, selon les indicateurs dans str :
u Supprimer les objets utilisateur
d Supprimer db_xrefs
e Supprimer /preuve ainsi que /inférence
r Supprimer les xrefs de gènes redondants
f Fusionner les fonctions en double
k Package codage-région ou caractéristiques des pièces
z Supprimer ou mettre à jour les numéros CE

-K str Effectuez un nettoyage général, selon les indicateurs dans str :
bBasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (via un utilitaire externe)
SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n Normaliser l'ordre des descripteurs
u Supprimer les objets utilisateur NcbiCleanup
c Synchroniser les codes génétiques
d Resynchroniser les partiels CDS
m Resynchroniser les partiels d'ARNm
t Resynchroniser les partiels peptidiques
a Ajuster l'épissure consensuelle
i Promouvoir au "pire" Seq-ID

-L nom de fichier
Fichier journal

-M nom de fichier
Fichier de macros

-N str Nettoyer les liens, selon les indicateurs dans str :
o Lier l'ARNm CDS par chevauchement
p Link ARNm CDS par produit
r Réaffecter les identifiants de fonction
f Correction des identifiants de fonction réciproques manquants
c Effacer les identifiants de fonction

-P Possibilités de publication :
a Supprimer toutes les publications
s Supprimer le numéro de série
f Supprimer la figure, la numérotation et le nom
r Supprimer la remarque
u Mettre à jour la publication PMID uniquement
# Remplacer non publié par PMID

-Q str Rapport:
c Nombre d'enregistrements
r Rapport ASN.1 BSEC
s Rapport ASN.1 SSEC
n Rapport NORM vs. SSEC
e Rapport PopPhyMutEco AutoDef
o Rapport de chevauchement
l Latitude-longitude pays diff
d Enregistrez les différences SSEC
g Diff. GenBank SSEC
f asn2gb/asn2flat diff
h Diff GenBank Seg-to-delta
v Validateur SSEC diff
m Moderniser Gène/ARN/PCR
u Recherche Pub non publiée
p Recherche de publication publiée
j Rapport journal non indexé
x Analyse personnalisée

-R Extraction à distance depuis l'ID (bases de données de séquences NCBI)

-S str Filtre de différence sélective (saut des majuscules)
SSEC
b CEMN
Un auteur
p Publication
l Emplacement
r ARN
q Ordre de tri des qualificatifs
g Bloc Genbank
k Package CdRegion ou caractéristiques des pièces
m Déplacer la publication
o Laisser un double de la publication Bioseq
d Ligne de définition automatique
e Ligne de définition Pop/Phy/Mut/Eco Set

-T Recherche de taxonomie

-U str Moderniser, selon les drapeaux dans str :
g Gènes
r ARN
p Amorces PCR

-V str Supprimer les fonctionnalités par gravité du validateur :
r Rejeter
e Erreur
w Avertissement
je Infos

-X str Options diverses, par str :
d Ligne de définition automatique
e Ligne de définition Pop/Phy/Mut/Eco Set
n Instancier le titre NC
m Instancier les titres NM
x titres XM spéciaux
p Instancier les titres de protéines
c Créer des ARNm pour les séquences codantes
f Correction réciproque protein_id/transcript_id

-Z str Supprimer l'objet utilisateur indiqué

-a str Type ASN.1
a Tout (par défaut)
e Séquençage
b Bioseq
s Kit Bioseq
m Seq-soumettre
t Traitement par lots [Chaîne]

-b L'entrée ASN.1 est binaire

-c L'entrée ASN.1 est compressée

-d str Base de données source
a Tout (par défaut)
g GenBank
L'EMBL
d DDBJ
b EMBL ou DDBJ
r RéfSeq
n NCBI
v Uniquement les séquences segmentées
w Exclure les séquences segmentées
x Exclure EMBL/DDBJ
y Exclure gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts

-f str Filtre de sous-chaîne

-i nom de fichier
Fichier d'entrée unique (par défaut stdin)

-j nom de fichier
Premier nom de fichier

-k nom de fichier
Dernier nom de fichier

-m str Mode fichier plat :
r Relâcher
et entrez
Paillette
d Décharge

-n chemin
asn2plat exécutable (la valeur par défaut est /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o nom de fichier
Fichier de sortie unique (par défaut sur stdout)

-p chemin
Traiter tous les fichiers correspondants dans chemin

-q chemin
ffdiff exécutable (la valeur par défaut est /netopt/genbank/sous-outil/bin/ffdiff)

-r chemin
Chemin des résultats

-v chemin
asnval exécutable (la valeur par défaut est /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x poste Suffixe de sélection de fichier à utiliser avec -p (par défaut, .ent)

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