cmtk-convertx - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

convertx - Convertit entre les formats de fichiers image et les types de données.

SYNOPSIS

convertx [options] fichier d'entrée fichier de sortie

DESCRIPTION

Cet outil convertit entre les formats de fichiers image et les types de données en pixels. Il peut également s'appliquer
opérations d'image simples et générales dans le processus. Un nombre arbitraire d'opérations
peut être spécifié sur la ligne de commande, qui sera appliqué exactement dans l'ordre donné.

OPTIONS

Global Boîte à outils Options (celles-ci commun by TOUTE CMTK outils)
--Aidez-moi
Écrire la liste des options de ligne de commande de base sur la sortie standard.

--aide-à tous
Écrivez la liste complète des options de ligne de commande de base et avancées sur la sortie standard.

- Wiki
Écrire la liste des options de ligne de commande sur la sortie standard dans le balisage MediaWiki.

--homme
Écrire la source de la page de manuel dans le balisage « nroff » sur la sortie standard.

--version
Écrire la version de la boîte à outils sur la sortie standard.

--écho
Écrire la ligne de commande actuelle sur la sortie standard.

--niveau détaillé
Définir le niveau de verbosité.

--verbeux, -v
Incrémentez le niveau de verbosité de 1 (obsolète ; pris en charge pour la compatibilité descendante).

--threads
Définir le nombre maximum de threads parallèles (pour les threads POSIX et OpenMP).

Image/Transformation Base de données
--db
Chemin d'accès à la base de données d'images/de transformation qui doit être mise à jour avec le nouveau
l'image. [Défaut: RIEN]

Entrée Image(s) Contrôles
--set-padding
Définir la valeur de remplissage : tous les pixels de l'image d'entrée qui ont cette valeur seront ignorés
dans toutes les opérations ultérieures.

--unset-padding
Valeur de remplissage non définie : pour toutes les opérations suivantes, tous les pixels seront traités
selon leur valeur.

--Étiquettes
Spécifiez que les valeurs d'image doivent être traitées comme des étiquettes discrètes. Cela entraînera
dans le code d'intention approprié à définir dans les fichiers de sortie au format NIfTI.

--gris
Spécifiez que les valeurs de l'image doivent être traitées comme des niveaux de gris continus. Cette volonté
réinitialiser le code d'intention dans les fichiers lus à partir du format NIfTI.

Données Type Conversion
--carboniser
8 bits, entier signé

--octet
8 bits, entier non signé

--court
16 bits, entier signé

--ushort
16 bits, entier non signé

--int
Entier signé 32 bits

--uint
Entier non signé 32 bits

--flotter
32 bits virgule flottante

--double
64 bits virgule flottante

Valeur Mappages
--map-values
Appliquer la fonction de mappage aux valeurs de pixels. La cartographie est définie comme
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' pour mapper les valeurs VAL0, VAL1, etc. à la nouvelle valeur NEWVAL. Si
NEWVAL n'est pas donné, les valeurs sont définies sur le remplissage.

--map-values-only
Appliquez la fonction de mappage aux valeurs de pixels et remplacez les pixels non mappés par un remplissage.
Plusieurs de ces règles de mappage peuvent être concaténées sous la forme RULE0+RULE1[+...] ; tous
les règles concaténées seront appliquées simultanément. Le mappage est défini comme
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' pour mapper les valeurs VAL0, VAL1, etc. à la nouvelle valeur NEWVAL. Si
NEWVAL n'est pas donné, les valeurs sont définies sur le remplissage. Plusieurs de ces règles de mappage peuvent être
concaténé en tant que RÈGLE0+RÈGLE1[+...] ; toutes les règles concaténées seront appliquées
en même temps.

--replace-rembourrage
Remplacez les données de pixels rembourrées par une valeur donnée.

--remplacer-inf-nan
Remplace tous les pixels infinis et non numériques par une valeur donnée.

Image(s) Retournement
--flip-x
Retourner (miroir) le long de la direction x

--flip-y
Retourner (miroir) le long de la direction y

--flip-z
Retourner (miroir) le long de la direction z

Image(s) Masquage ainsi que Limitation
--masque
Nom du fichier de masque binaire : éliminez tous les pixels de l'image où mask est égal à 0. Pixels masqués
ne sera PAS mis à zéro, mais sera plutôt remplacé par le remplissage actuellement défini
valeur. Utilisez '--set-padding 0' avant '--mask' pour forcer la mise à zéro.

--masque-inverse
Le nom de fichier de masque binaire inversé élimine tous les pixels de l'image où le masque n'est PAS 0. Voir
également des notes concernant le remplissage sous '--mask' ci-dessus.

--seuil ci-dessous
Réglez toutes les valeurs inférieures au seuil à la valeur seuil.

--seuil-au-dessus
Définissez toutes les valeurs au-dessus du seuil sur la valeur seuil.

--thresh-below-to-padding
Définissez toutes les valeurs inférieures au seuil à la valeur de remplissage.

--thresh-au-dessus-du-rembourrage
Définissez toutes les valeurs au-dessus du seuil sur la valeur de remplissage.

--binariser-thresh
Définissez toutes les valeurs inférieures au seuil sur 0, toutes les valeurs égales ou supérieures à 1.

--otsu-seuil
Binariser l'image à 0/1 en utilisant le seuil calculé avec la méthode d'Otsu. L'argument est le nombre
de cases d'histogramme pour le calcul du seuil.

--otsu-thresh-nbins
Binarisation utilisant la méthode d'Otsu avec un nombre défini par l'utilisateur de bacs d'histogramme pour
calcul de seuil.

--prune-histogramme
Image de seuil par "élagage d'histogramme d'intensité", c'est-à-dire pour un argument donné n
[classes d'histogramme] déterminent des seuils tels que la fraction 1/n-ième des valeurs les plus élevées et
les voxels les plus bas sont seuillés.

--prune-histogram-haut
Comme '--prune-histograms', mais ne supprime que les intensités élevées.

--prune-histogram-bas
Comme '--prune-histograms', mais ne supprime que les faibles intensités.

intensité Transformations
--échelle-à-plage
Mettre à l'échelle les intensités de l'image pour qu'elle s'étende de « de : à », par exemple « 0 : 255 » avant la conversion en octet
revendre.

--Égalisation d'histogramme
Appliquer l'égalisation de l'histogramme.

--histogramme-égalisation-nbins
Appliquer l'égalisation d'histogramme avec nombre de bacs.

--match-histogrammes
Transformer les intensités pour correspondre à la distribution dans l'image fournie comme argument
pour cette commande.

--match-mean-sdev
Échelle des intensités pour correspondre à la distribution moyenne et standard des intensités dans le
image fournie comme argument pour cette commande.

Morphologique Opérations
--revenir
Rétablir un masque binaire, c'est-à-dire échanger le premier plan et l'arrière-plan.

--éroder
Opérateur d'érosion morphologique (par pixels)

--dilater
Opérateur de dilatation morphologique (par pixels)

--éroder-distance
Opérateur d'érosion morphologique (par distance). Souvent préférable pour les données anisotropes.

--érode-distance-multilabel
Opérateur d'érosion morphologique (par distance) pour les cartes multi-labels. Le résultat sera
données d'octet, unsigned short ou unsigned int, en fonction de l'index du
plus grande étiquette utilisée dans l'entrée.

--dilate-distance
Opérateur de dilatation morphologique (par distance). Souvent préférable pour anisotrope
revendre.

--composants-connectés
Créer une carte des composants connectés avec des régions numérotées par taille de composant décroissante

--border-map
Créer une carte des limites

--carte-multi-limites
Créer une carte des limites à plusieurs valeurs

--distance-carte
Calculez une carte de distance euclidienne non signée. L'image d'entrée est interprétée comme un masque binaire.

--signed-distance-carte
Calculer la carte de distance euclidienne signée (intérieur=négatif, extérieur=positif)

Filtre Opérations
--filtre médian
Filtre médian. Cette opération prend le rayon du filtre en pixels comme paramètre. UNE
un seul entier définit le rayon du noyau dans les trois dimensions. Trois virgule-
des entiers séparés définissent des rayons séparés pour les trois dimensions.

--mean-filtre
Filtre moyen régional. Cette opération prend le rayon du filtre en pixels comme
paramètre. Un seul entier définit le rayon du noyau dans les trois dimensions. Trois
les entiers séparés par des virgules définissent des rayons séparés pour les trois dimensions.

--filtre-moyenne-rapide
Filtre moyen régional (mise en œuvre rapide et linéaire en temps). Cette opération prend le
rayon du filtre en pixels comme paramètre. Un seul entier définit le rayon du noyau
dans les trois dimensions. Trois nombres entiers séparés par des virgules définissent des rayons séparés pour le
trois dimensions.

--variance-filtre
Filtre de variance régionale. Cette opération prend le rayon du filtre en pixels comme
paramètre. Un seul entier définit le rayon du noyau dans les trois dimensions. Trois
les entiers séparés par des virgules définissent des rayons séparés pour les trois dimensions.

--filtre-variance-rapide
Filtre de variance régionale rapide (temps linéaire). Cette opération prend le rayon du filtre
en pixels comme paramètre. Un seul entier définit le rayon du noyau dans les trois
dimensions. Trois nombres entiers séparés par des virgules définissent des rayons séparés pour les trois
dimensions.

--troisième-moment-filtre
Filtre régional du troisième moment. Cette opération prend le rayon du filtre en pixels comme
paramètre. Un seul entier définit le rayon du noyau dans les trois dimensions. Trois
les entiers séparés par des virgules définissent des rayons séparés pour les trois dimensions.

--standard-déviation-filtre
Filtre d'écart type régional. Cette opération prend le rayon du filtre en pixels
comme paramètre. Un seul entier définit le rayon du noyau dans les trois dimensions.
Trois nombres entiers séparés par des virgules définissent des rayons distincts pour les trois dimensions.

--lisse-filtre
Filtre régional de « lissage ». Cette opération prend le rayon du filtre en pixels comme
paramètre. Un seul entier définit le rayon du noyau dans les trois dimensions. Trois
les entiers séparés par des virgules définissent des rayons séparés pour les trois dimensions.

--filtre-gaussien-sigma
Filtrer l'image avec le noyau gaussien. Cette opération prend une seule valeur réelle
paramètre, qui spécifie le coefficient du noyau sigma en unités mondiales [par exemple, mm] comme
le paramètre.

--filtre-gaussien-fwhm
Filtrer l'image avec le noyau gaussien. Cette opération prend une seule valeur réelle
paramètre, qui spécifie la pleine largeur du noyau à moitié maximum en unités mondiales
[par exemple, mm].

--laplace-filtre
Filtrez l'image avec le noyau laplacien améliorant les contours.

Grille Opérations
--downsample-select
Sous-échantillonner l'image par sélection de pixels à l'aide des facteurs par axe « Fx,Fy,Fz » ou en utilisant un seul
facteur 'Fxyz'

--downsample-moyenne
Sous-échantillonner l'image en faisant la moyenne à l'aide des facteurs par axe « Fx,Fy,Fz » ou en utilisant un seul
facteur 'Fxyz'

--rééchantillonner
Rééchantillonnez l'image en pixels presque isotropes tout en préservant le champ de vision de l'image.
Prend un argument, la résolution cible en unités mondiales [par exemple, mm]

--resample-exact
Rééchantillonner l'image en pixels exactement isotropes de la résolution donnée tout en faisant correspondre le
champ de vision de l'image aussi près que possible. Prend un argument, la résolution cible
en unités mondiales [par exemple, mm]

--recadrage par index
Recadrer l'image dans une région spécifiée par un ensemble de six coordonnées d'index de grille données comme
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

--rogner par seuil
Recadrer l'image dans la région déterminée via un seuil donné. L'image résultante sera
contiennent tous les pixels plus grands que le paramètre donné.

--recadrage par seuil-écriture-région
Recadrer l'image dans la région déterminée via un seuil donné et écrire la zone de recadrage dans
sortie standard.

--crop-by-threshold-write-xform
Recadrage de l'image dans la région déterminée via un seuil donné et recadrage d'écriture
transformation en sortie standard.

AUTEURS

Torsten Rohlfing, avec les contributions de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff et Yaroslav Halchenko

Utilisez cmtk-convertx en ligne en utilisant les services onworks.net