cmtk - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

cmtk - la boîte à outils de morphométrie computationnelle

SYNOPSIS

cmtk [options]

DESCRIPTION

Ce script d'aide fournit un accès unifié à tous les outils de ligne de commande fournis par CMTK.
Veuillez spécifier la commande de CMTK à exécuter et ses options. Voir cmtk- (1) page de manuel ou
sortie de cmtk --Aidez-moi pour options spécifiques

COMMANDES

segment
Enregistrer une image cible dans un atlas, en utilisant affine suivi de B-spline non rigide
l'enregistrement, puis reformatez la carte d'étiquette d'atlas à l'image cible.

segment_sri24
Enregistrez une image cible sur un canal sélectionné de l'atlas du cerveau humain SRI24, puis
reformater l'une des cartes d'étiquettes de l'atlas sur l'image cible. Remarque : il est supposé que le
l'image cible est dépouillé de son crâne, c'est-à-dire qu'elle ne contient que le cerveau.

moyenne_affine
Cet outil calcule la moyenne d'une séquence de coordonnées affines fournies par l'utilisateur
métamorphoses.

images_moyennes
Cet outil calcule la moyenne en pixels, la variance, l'écart type, le z-score ou
images d'entropie à partir d'une liste d'images d'intensité fournies par l'utilisateur.

étiquettes_moyennes
Images d'étiquettes co-enregistrées moyennes utilisant des volumes partiels

moy_adm
Calculer des images d'intensité moyenne de forme moyenne et des cartes de déformation à l'aide d'un
modèle de déformation.

concat_affine
Cet outil calcule la concaténation explicite de plusieurs coordonnées affines
transformations, chacune pouvant être éventuellement inversée.

convertir_warp
Cet outil convertit la coordonnée de déformation de format libre B-spline non rigide
transformations entre différentes représentations (par exemple, absolue vs relative
vecteurs). Crée également des transformations fractionnaires.

convertir
Cet outil convertit entre les formats de fichiers image et les types de données en pixels. Il peut également s'appliquer
opérations d'image simples et générales dans le processus. Un nombre arbitraire de
les opérations peuvent être spécifiées sur la ligne de commande, qui seront appliquées exactement dans le
ordre donné.

outil de base de données
Cet outil modifie et interroge la base de données d'images et de transformations entre
Eux.

dcm2image
Combinez des ensembles de tranches DICOM en piles d'images 3D

décrire
Cet outil imprime une description détaillée des fichiers d'entrée sous forme d'image(s) ou
transformation(s).

intestin
Ce programme corrige les artefacts de bande dans les piles d'images acquises qui peuvent résulter de
différences d'échelle d'intensité entre les tranches.

détecter_adni_phantom
Cet outil détecte les emplacements de tous les repères sphériques dans une image 3D de la
Fantôme d'imagerie structurelle Magphan EMR051 (alias ADNI Phantom).

détecter_spheres_matched_filter
Cet outil détecte des objets sphériques dans des images tridimensionnelles.

dof2mat
Convertir la transformation affine de la représentation des degrés de liberté en forme matricielle

dwi_mask_bad_slices
Cet outil lit un ensemble d'images RM pondérées en diffusion 3D et trouve les mauvaises coupes. Un mauvais
une tranche dans une image de diffusion est détectée comme une tranche dont l'intensité moyenne est en dehors d'un
intervalle spécifié autour de la moyenne des moyennes de toutes les tranches correspondantes du
images de diffusion restantes.

épiunwarp
Corriger la distorsion induite par l'inhomogénéité du champ B0 dans les images planaires d'écho (par exemple,
images pondérées en diffusion) à l'aide de deux images acquises avec un codage en phase opposée
directions.

fib2image
Les résultats du suivi des fibres de l'outil de suivi des fibres UNC sont lus à partir de l'entrée standard
et tous les points de fibre sont dessinés dans une image 3D. Le résultat est écrit dans l'un des
formats de fichiers image pris en charge.

forme fixx
Un fichier contenant les résultats du suivi des fibres de l'outil de suivi des fibres UNC est lu à partir de
L'entrée standard et une ou plusieurs transformations de coordonnées (concaténées) sont appliquées
à toutes les coordonnées des points de fibre. Le résultat est écrit dans la sortie standard, encore une fois dans
Format de fichier fibre UNC.

film Cet outil divise une image d'entrée entrelacée en images de passage, les co-enregistre,
et reconstruit une image corrigée par le mouvement

une fonction filtre
Cet outil applique des opérateurs de filtrage spatial, notamment
opérateurs, basés sur des noyaux gaussiens sélectifs.

fit_affine_dfield
Ajuster une transformation affine linéaire à une transformation non rigide, soit une B-spline
déformation de forme libre ou un champ de déformation non paramétrique.

fit_affine_xform
Ajuster une transformation affine linéaire à une liste de concaténés, éventuellement inversés,
métamorphoses.

fit_affine_xform_landmarks
Ajustez une transformation affine linéaire à un ensemble de points de repère appariés.

fit_spline_dfield
Ajuster une transformation paramétrique non rigide (déformation de forme libre B-spline) à un
champ de déformation

fit_spline_xform
Ajuster une transformation paramétrique non rigide (déformation de forme libre B-spline) à une liste
de transformations concaténées, éventuellement inversées.

vue

géomatch
Cet outil lit deux images ou plus et teste si leurs dimensions de grille, pixel
les tailles et les transformations image-espace correspondent. Facultativement, toutes les images sont
réorienté dans l'orientation standard avant d'effectuer le test. Si toutes les images correspondent,
l'outil revient avec le code de sortie 0, sinon il revient avec le code de sortie 2. En cas de
une erreur (par exemple, une des images ne peut pas être lue), le code de sortie est 1.

gm Modélisation statistique des intensités de pixels dans plusieurs images à l'aide d'un Linéaire général
Modèle.

gmm Segmentez une image en c classes en utilisant l'algorithme EM pour les mélanges gaussiens avec
prieurs facultatifs.

formulaire gregx
CET OUTIL EST DÉCONSEILLÉ. VEUILLEZ UTILISER streamxform À LA PLACE.

groupwise_affine
Cet outil enregistre une population d'images d'entrée simultanément, sans modèle,
en utilisant soit l'algorithme de « congélation » ou une mesure de similarité de groupe basée sur un
approximation continue des informations mutuelles ('RMI').

groupwise_init
Calculez l'alignement affine initial pour un groupe d'images d'entrée, qui peut être utilisé comme
entrée pour l'enregistrement par groupe

groupwise_warp
Cet outil enregistre de manière non rigide une population d'images d'entrée simultanément, sans
modèle, en utilisant soit l'algorithme de « congélation » ou une mesure de similarité par groupe
sur la base d'une approximation continue des informations mutuelles ('RMI').

Hausdorff
Cet outil calcule la distance de Hausdorff entre deux images d'étiquettes.

histogramme
Créez un histogramme des intensités d'image et écrivez sous forme de fichier texte séparé par des tabulations dans
sortie standard

mathématiques d'images
Effectuez des opérations sur les images à l'aide de la notation postfixe basée sur la pile.

entrelacé_bad_slices
Cet outil lit une série temporelle d'images 3D et détecte les valeurs aberrantes.

iterative_shape_average

jidb Cet outil divise une image d'entrée entrelacée en images de passage, les co-enregistre,
et reconstruit une image corrigée par le mouvement

ensemble de niveau
Segmentation de premier plan/arrière-plan de type levelset utilisant une variance régionale minimale
énergie

lmsba
Cet outil combine plusieurs segmentations multi-classes de co-enregistrés et
des atlas reformatés à l'aide d'une moyenne pondérée localement basée sur la forme.

lsba Cet outil combine plusieurs segmentations binaires de co-enregistrées et reformatées
atlas utilisant une moyenne basée sur la forme pondérée localement.

voter
Cet outil combine plusieurs segmentations d'atlas co-enregistrés et reformatés
en utilisant le vote pondéré localement.

make_initial_affine
Calculer la transformation affine initiale en alignant les centres de masse ou les axes principaux

mat2dof
Convertir la matrice de transformation en degrés de liberté

Mcaffine
Enregistrement d'images affines multicanaux à l'aide d'un histogramme ou d'une covariance
mesures d'entropie conjointe

mcwarp
Recalage d'images B-spline non rigide multicanal à l'aide d'un histogramme ou
mesures d'entropie conjointe basées sur la covariance

mk_adni_phantom
Générer une image du fantôme d'étalonnage d'imagerie structurelle ADNI (alias Magphan
DME051).

mk_analyse_hdr
Créer un fichier d'en-tête selon le format Analzye 7.5 basé sur les paramètres fournis par l'utilisateur pour
géométrie, type de données, orientation, etc.

mk_nifti_hdr
Créer un fichier d'en-tête selon le format de fichier NIFTI en fonction des paramètres fournis par l'utilisateur pour
géométrie, type de données, orientation, etc.

mk_phantom_3d
Générez des images fantômes numériques 3D à l'aide d'une sélection de commandes de dessin

mrbias
Ce programme corrige les artefacts d'inhomogénéité d'intensité dans les images IRM en utilisant un biais
champ estimé par minimisation d'entropie.

chevauchement
Calculer les mesures de chevauchement entre deux images ou plus

sonde
Cet outil imprime des valeurs de pixels ou des étiquettes symboliques sur une liste d'images fournies par l'utilisateur
coordonnées.

pxrecherche
Cet outil lit un fichier image, ainsi qu'une liste de coordonnées de pixels de la norme
saisir. Pour chaque pixel, un voisinage local dans l'image est recherché pour le
valeur maximum. L'emplacement du maximum est alors écrit sur la sortie standard.

reformater
Outil de reformatage de volume étendu pour calculer des images reformatées et des cartes jacobiennes à partir de
séquences arbitraires de transformations concaténées

enregistrement
Ce programme effectue un recalage d'image rigide et affine en utilisant la multi-résolution
optimisation des mesures de similarité d'images basées sur les voxels.

inscriptionx
Ce programme effectue un recalage d'image rigide et affine en utilisant la multi-résolution
optimisation des mesures de similarité d'images basées sur les voxels.

régresser
Régression linéaire (et polynomiale d'ordre supérieur) des champs de déformation et des images.

réorienter
Convertir entre les orientations d'image, c'est-à-dire réorganiser physiquement le tableau de pixels et adapter
informations d'orientation anatomique stockées

sba Segmentations moyennes (champs d'étiquettes) à l'aide de la transformation de distance euclidienne. Tous
les images d'entrée doivent être dans le même espace. L'EDT est également calculé dans cet espace. Voir
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 pour plus de détails sur l'algorithme sous-jacent.

sbaï Segmentations moyennes (champs d'étiquettes) à l'aide de la transformation de distance euclidienne. Cette
L'outil effectue une interpolation conjointe et une moyenne en interpolant à partir de l'EDT. Cette
exige que les entrées soient des transformations du même fixe à (pas nécessairement)
différentes images animées. Le calcul EDT se fait dans l'espace de chaque image animée.
See http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 pour plus de détails sur le sous-jacent
algorithme.

séquence
Analyser la séquence de valeurs numériques, qui est lue à partir de l'entrée standard

similarité
Calculer des mesures de similarité telles que la différence d'intensité ou les chevauchements d'étiquettes entre
deux images.

scission
Diviser l'image de volume en sous-images, c'est-à-dire séparer les images entrelacées en passes

statistiques
Calculs statistiques sur les intensités des pixels de l'image, c'est-à-dire les moyennes et la norme
écarts

flux_pixels
Cet outil lit une ou plusieurs images et écrit tous leurs pixels sur la sortie standard dans
forme binaire. Facultativement, chaque image peut être réorientée vers une partie anatomique spécifiée
orientation et/ou converti en un type de données différent. Ceci est utile pour la tuyauterie
données d'image via un pipeline, par exemple, la boîte à outils Camino DTI.

fluxxform
Une liste de coordonnées de point au format ASCII est lue à partir d'une entrée standard et un
à condition qu'une séquence de transformations de coordonnées (chacune éventuellement inversée) soit appliquée
pour eux. Les points transformés sont ensuite écrits sur la sortie standard.

symbole
Calculer le plan de symétrie approximatif d'une image pour déterminer, par exemple, le
plan médian sagittal dans les images du cerveau humain. Diverses formes de sortie sont prises en charge,
par exemple, écrire l'image d'entrée avec le plan de symétrie dessiné dedans, ou l'entrée
image réalignée le long du plan de symétrie.

simplx
Calculer le plan de symétrie approximatif d'une image pour déterminer, par exemple, le
plan médian sagittal dans les images du cerveau humain. Diverses formes de sortie sont prises en charge,
par exemple, écrire l'image d'entrée avec le plan de symétrie dessiné dedans, ou l'entrée
image réalignée le long du plan de symétrie.

tester
Tests en pixels de signification statistique. Calculer également les corrélations et les scores z

non divisé
Joignez des piles d'images distinctes en un seul volume d'images entrelacées

déformer_image_phantom
Cet outil calcule soit une transformation polynomiale, soit une forme libre B-spline
déformation pour déformer une image. La transformation est basée sur attendu et détecté
repères dans une image d'un fantôme structurel acquise sur le même scanner. Utilisez le
Outil 'detect_adni_phantom' pour détecter les points de repère de l'ADNI Phantom dans une image et
générer un fichier de description fantôme utilisable avec cet outil.

vol2csv
Cet outil calcule les volumes de régions dans une image d'étiquette. Il accepte en option
cartes de densité (par exemple, pour différents tissus) et calcule et imprime la région par région
contenu pour chacun. En outre, l'outil peut accepter une carte facultative de « volume de pixels » pour tenir compte
pour les variations locales de volume de pixels, par exemple dues à une distorsion spatiale.

volume_injection
Reconstruction d'un volume haute résolution à partir de plusieurs co-enregistrés (basse résolution)
images utilisant l'injection de volume vers l'avant

reconstruction_volume
Reconstruction de volume itérative à partir d'images co-enregistrées en utilisant l'interpolation inverse
ou débrouillage des joints

vtkxform
Un fichier VTK au format ASCII est lu à partir d'une entrée standard et d'une coordonnée fournie par l'utilisateur
la transformation (éventuellement inversée) est appliquée aux coordonnées du sommet. Un VTK
Le fichier avec les points transformés est ensuite écrit sur la sortie standard.

déformer Ce programme effectue un enregistrement d'image non rigide en utilisant l'optimisation multi-résolution
de mesures de similarité d'images basées sur les voxels et d'un B-spline multi-résolution
modèle de transformation.

chaîne2ps
Écrire le champ de déformation sous forme de grille déformée au format PostScript pour la visualisation et
illustration

warpx
Ce programme effectue un enregistrement d'image non rigide en utilisant l'optimisation multi-résolution
de mesures de similarité d'images basées sur les voxels et d'un B-spline multi-résolution
modèle de transformation.

champ xform2d
Convertir une transformation paramétrique rigide ou non rigide en champ de déformation, échantillonné à
emplacements des pixels d'une image de référence donnée

xform2itk
Cet outil convertit les transformations de coordonnées du format CMTK au format ITK et, en
le processus, corrige également les différences dans les conventions de coordonnées d'image

xform2scalaire
Cet outil extrait des mesures scalaires des champs de transformations et de déformations,
échantillonné aux emplacements de la grille et écrit les résultats sur une image. Exemples de prises en charge
les mesures scalaires sont : composante x,y,z de la transformation, amplitude de la
transformation et déterminants jacobiens.

AUTEURS

Torsten Rohlfing, avec les contributions de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff et Yaroslav Halchenko

Utilisez cmtk en ligne en utilisant les services onworks.net