cnrun - En ligne dans le cloud

PROGRAMME:

Nom

CNrun -- un simulateur de réseau neuronal

SYNOPSIS

cnrun -h | -U | -e scénario [OPTION ...]

DESCRIPTION

CNrun est un simulateur de réseau neuronal, similaire à NEURON ou GENESIS, mais sans disposition
pour compartiments unitaires. Il lit la topologie du réseau au format NeuroML telle qu'exportée, fi,
par neuroConstruct. Les types d'unités sont déterminés par l'attribut 'cell_type' dans le .nml
définitions

Les types de neurones disponibles, par la chaîne « cell_type » correspondante, incluent :

· HH ainsi que Taux HHR, neurones Hodgkin-Huxley basés sur la conductance et le débit (Traub & Miles,
1991);

· Un dt fixe simplifié mais rapide Carte des neurones imitant le modèle HH ;

· Poisson, Van der Pol (VDP) et simple impulsion oscillateurs;

· synapses comme décrit dans Rall et al, 1967 (Rallier) et Destexhe et al, 1994 (AB).

Les paramètres de l'unité peuvent être définis via un set_parm_* commande (voir SCRIPT ci-dessous); les valeurs peuvent être
défini une fois avant la simulation, ou en continu ou périodiquement selon un programme défini par l'utilisateur.

Une méthode d'intégration Runge-Kutta d'ordre 6-5 est utilisée pour calculer les variables d'état. Ces
(potentiel de membrane E ou cadence de déclenchement instantanée R pour les neurones, libération des neurotransmetteurs
S pour synapses) ainsi que les temps de pointe peuvent être enregistrés.

La prise en charge des scripts dans CNrun inclut des commandes pour créer et remplir un modèle, définir
paramètres pour des unités uniques ou des groupes sélectionnés en fonction de la correspondance des expressions régulières. Variables ('a =
1; b = a + 2') et les expressions arithmétiques ('-', '+', '*', '/', '()' ) sont prises en charge.

OPTIONS

-C dir chdir à dir avant de courir.

-D Videz tous les types d’unités dans le modèle et quittez.

-e [scénario]
Exécution scénario. Si cette option est donnée sans nom de fichier (ou pas donnée du tout),
démarrer un interprète interactif.

-s Trier les unités (surtout utile avec une sortie détaillée).

-L[1dbxL]
Pour tous les auditeurs :

d Différez l'écriture sur le disque jusqu'à ce qu'elle soit terminée plutôt que d'écrire en continu (cela accélère le
simulation mais on ne peut pas voir la progression en direct avec gnuplot)

1 Enregistrez uniquement la première variable (appropriée au modèle HH, dont les unités ont
en excès des trois paramètres de gating inintéressants).

b Écrivez sous forme binaire native plutôt qu'en ASCII. Cela accélérera la visualisation
les (maintenant les fichiers label.varx) avec gnuplot. Faites votre traçage avec « binaire
format="%lf%lf"” pour y parvenir.

Ces options peuvent également être définies à l'aide de la commande mode_écoute (que voir ci-dessous).

L intégrateur de journaux dt.

-E double
Écoutez à cet intervalle (par défaut 1 ms ; réglé sur 0 pour écouter chaque cycle, ce qui peut
ralentir considérablement). Également disponible en commande écouter_dt.

-k[l|0]
Écrivez un journal des neurones de pointe à l’échelle du modèle, en utilisant des étiquettes (« l ») ou des identifiants d’unité (« 0 »).

-e uint
Définissez la précision pour toutes les sorties (par défaut 8).

-cedouble
dt_max (par défaut 0.5).

-ildouble
dt_min (par défaut 1e-05).

-ixdouble
Cap dt augmenté de la valeur dt actuelle x this (par défaut 5).

-NC Désactivez la fusion des synapses (pour l’analyse comparative).

-v int Définissez le niveau de verbosité (par défaut 1 ; les valeurs jusqu'à 7 sont significatives). Utilisez un négatif
valeur pour afficher uniquement le pourcentage de progression, en retrait sur la ligne à -8 x ceci
valeur.

-U Répertoriez toutes les unités disponibles.

-h Imprimez la présentation des options de ligne de commande.

L'espace est facultatif entre la lettre d'option et l'argument pour les options à une seule lettre.
Cependant, dans toutes les options à deux lettres prenant un argument, assurez-vous qu'il n'y a pas d'espace entre
entre.

SCRIPT

Les commandes sont délimitées par deux points ou une nouvelle ligne. Les commentaires sont des lignes commençant par #. Le
les commandes suivantes sont disponibles :

nouveau modèle Nom
Créez un nouveau modèle appelé NAME. Le modèle existant est supprimé.

utiliser_nml NML_FILE
Chargez la topologie du réseau depuis NML_FILE, en créant un modèle si nécessaire ou en remplaçant un
topologie du modèle existant.

fusionner_nml NML_FILE
Fusionnez la topologie de NML_FILE.

add_neuron ÉTIQUETTE DE TYPE
Ajoutez un nouveau newron de type TYPE avec le label LABEL.

add_synapse TYPE SOURCE CIBLE G
Connectez le neurone étiqueté SOURCE à un neurone étiqueté TARGET avec une synapse de type
TYPE, avec gsyn G.

cull_deaf_synapses
Supprimez les synapses avec un poids nul.

set_parm_neuron VALEUR PARM DE L'ÉTIQUETTE
Définissez le paramètre PARM pour un groupe spécifié de neurones étiquetés correspondant à LABEL.

set_parm_synapse VALEUR PARAMÈTRE SRC TGT
Définissez le paramètre PARM pour les synapses entre les neurones étiquetés correspondant à SRC et TGT. Le
le poids synaptique, n'étant pas lui-même un paramètre de synapse, peut également être défini avec ce
commande : pour ce faire, utilisez 'gsyn' comme PARM.

réinitialiser Réinitialisez le modèle. Le temps du modèle est rembobiné à 0 et toutes les unités ont leur état
variables réinitialisées aux valeurs par défaut du stock. Tous les paramètres d'unité précédemment attribués et
les sources de données jointes sont conservées.

réinitialiser_revert_params
Réinitialisez le modèle. Le temps du modèle est rembobiné à 0, toutes les unités ont leurs variables d'état
et les paramètres réinitialisés aux valeurs par défaut du stock.

réinitialiser_état_unités REGEX
Réinitialisez les unités comme ci-dessus, en conservant l'heure actuelle du modèle.

avance_jusqu'à
Avancez jusqu'à TIME msec.

avancer
Avancez TIME msec.

éteindre REGEX
Supprimez les unités correspondant à REGEX par étiquette.

décimer FRAC REGEX
Supprimez aléatoirement les unités FRAC d’une population d’unités sélectionnées par REGEX.

start_listen REGEX
Faites écouter les unités correspondantes.

stop_écouter
Faites en sorte que les unités correspondantes cessent d'écouter.

écouter_dt [VALEUR]
Définissez l'intervalle d'écoute sur VALEUR ou affichez la valeur actuelle si VALEUR n'est pas indiquée.

mode_écoute [SPÉC]
Afficher (si l'argument est omis) le mode d'écoute actuel (une seule var, différée
écrire, et/ou binaire); sinon, activez le mode correspondant si '1', 'd' ou 'b'
se produit dans SPEC, ou désactivez-le si c'est le cas et est immédiatement suivi d'un « - ».
Notez que les unités qui écoutent déjà ne seront pas affectées ; pour changer le mode pour
eux, problème start_listen pour eux une fois que le nouveau mode a été défini.

start_log_spikes REGEX
Créez des neurones correspondant aux pointes du journal REGEX.

stop_log_spikes REGEX
Créez des neurones correspondant aux pics du journal d'arrêt REGEX.

sxf_params DÉLAI : PÉRIODE : SIGMA
Définissez le délai initial, la période d’échantillonnage et le sigma de la fonction de densité de pointe comme spécifié.

décrire_modèle
Imprimez un résumé de la topologie du modèle et des types d'unités.

show_units REGEX
Imprimer les paramètres et l'état des unités correspondant à REGEX.

nouvelle source TYPE ID ARG...
Créez une nouvelle source de type et avec un identifiant comme indiqué. Les sources peuvent être connectées
aux paramètres unitaires comme moyen de mettre en place un comportement changeant de manière dynamique. Voir
DYNAMIQUE SOURCES ci-dessous.

connecter_source SOURCE_ID PARM D'ÉTIQUETTE
Connectez cette source au paramètre des unités correspondantes.

show_sources
Afficher les sources actuellement actives (connectées et inactives).

exec [SCÉNARIO]
Exécutez un script. Si SCRIPT n'est pas spécifié, démarrez un interpréteur interactif.

verbosité [NIVEAU]
Définir/afficher le niveau de verbosité.

show_vars [REGEX]
Imprimer les variables correspondant à REGEX, ou toutes les variables si REGEX est omis.

clear_vars [REGEX]
Effacez les variables correspondant à REGEX, ou toutes si REGEX est omis.

pause [RETARD]
Pause pendant DELAY sec si spécifié, ou jusqu'à ce que l'utilisateur appuie sur Entrée dans le cas contraire.

quitter Quitter l'interprète actuel si appelé par exec; sinon, quittez le programme.

Lorsque vous utilisez l'interprète de manière interactive, TAB répertorie les complétions de manière appropriée,
selon le contexte.

DYNAMIQUE SOURCES

En plus de l'affectation des paramètres/variables d'unité statique avec set_parm_{neurone, synapse},
les unités peuvent avoir une source de données attachée à n'importe lequel de leurs paramètres ou variables (même si
les variables seront écrasées lors du prochain cycle).

Les sources de données sont de trois types (un quatrième est disponible pour les développeurs, un choix arbitraire)
fonction utilisateur du temps, mais non exposée comme commande interprétative). Où les données pour un
la source sont lues à partir d'un fichier, les valeurs sont lues à l'aide d'un opérateur '>>' (à partir de ) dans
une double variable. Le correspondant nouvelle source les arguments sont :

bande DOSSIER
Lisez les paires « valeur temporelle » dans FILE et définissez la valeur du paramètre en conséquence.

Périodique DOSSIER
FILE devrait contenir, comme première valeur numérique lue par scanf("%lg"), une heure
période pendant laquelle les valeurs suivantes sont attribuées séquentiellement au paramètre.
Les valeurs sont attribuées au début de chaque cycle d'intégration.

Bruit MIN MAX
Générer (indépendamment du temps) un nombre aléatoire uniformément distribué dans
MIN MAX.

De la même manière que les paramètres, les variables d'état peuvent également être définies de cette manière ; dans ce cas,
les valeurs lues remplaceront tout ce que le fonctionnement interne de l'unité lui assigne.
Lorsqu'une bande présente un écart entre les temps d'affectation supérieur au dt actuel, les affectations sont
toujours fait; ceci ne s'applique cependant pas aux sources périodiques (principalement pour les performances
les raisons).

SYNAPSE COALESCION

Les synapses fusionnées sont celles ayant des paramètres identiques et ayant la même source.
La coalescence réduit, par taux de divergence, le nombre de fois où la variable S est recalculée
avec des paramètres identiques par cycle ; en plus pour les synapses hébergées, l'intégration
Le vecteur est réduit pour s'adapter à un gain de performances supplémentaire.

La coalescence se produit automatiquement entre deux synapses de même source alors qu'après tout
affectations de paramètres, ils se révèlent identiques (sans tenir compte des poids synaptiques).
À l’inverse, lorsque l’utilisateur modifie un paramètre en une synapse fusionnée différente
à partir de la valeur de ce paramètre dans les autres, cette synapse devient indépendante.

Notez que l'étiquette d'une unité synapse est formée dynamiquement de l'étiquette de la source avec un
point-virgule et le nombre actuel de cibles. Une autre conséquence de la fusion est que
il peut y avoir plusieurs unités synapses étiquetées de manière identique (donc uniquement pour identifier
une synapse, vous devez préciser sa source et sa cible).

L'option de ligne de commande -NC peut être utilisé pour désactiver la coalescence.

Utilisez cnrun en ligne à l'aide des services onworks.net