dicomtonifti - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

dicomtonifti - CLI vtk-dicom

DESCRIPTION

usage:
dicomtonifti -o fichier.nii fichier1.dcm [fichier2.dcm ...]

dicomtonifti -o annuaire --grouper fichier1.dcm [fichier2.dcm ...]

options:
-o
Le fichier de sortie (ou le répertoire, si --grouper).

-z --compresse
Compresser les fichiers de sortie.

-r --récurseur
Recurez-vous dans les sous-répertoires.

-b --grouper
Faites plusieurs séries à la fois.

-s --silencieux
Ne pas renvoyer les noms de fichiers de sortie.

-v --verbeux
Rapport d'erreur détaillé.

-L --follow-symlinks
Suivez les liens symboliques lors de la récurrence.

--fsl Formater l'image axiale pour une utilisation en FSL.

--reformater en axial
Reformatez l'image en orientation axiale.

--pas de réorganisation des tranches
Ne réorganisez jamais les tranches.

--pas de réorganisation des lignes
Ne réorganisez jamais les rangées.

--pas de réorganisation des colonnes
Ne réorganisez jamais les colonnes.

--pas de réorganisation
Ne réorganisez jamais les tranches, les lignes ou les colonnes.

--no-qform
N'incluez pas de qform dans le fichier NIFTI.

--no-forme
N'incluez pas de formulaire dans le fichier NIFTI.

--le volume N
Réglez le volume de sortie (commence à 0).

--version
Imprimez la version et quittez.

--build-version
Imprimer la source et la version de construction.

--Aidez-moi Documentation pour dicomtonifti.

Ce programme convertira une série DICOM en un fichier NIfTI.

Il lit les métadonnées de position et d'orientation DICOM et utilise ces informations pour
générer des entrées qform et sform pour l'en-tête NIfTI, après avoir effectué une conversion à partir du
Système de coordonnées DICOM au système de coordonnées NIfTI.

Par défaut, il réorganisera également les colonnes de l'image afin que les colonnes avec des
les index sont plus à droite du patient (ou dans le cas d'images sagittales, plus loin
antérieur). De même, les lignes seront réorganisées de manière à ce que les lignes avec des indices plus élevés soient
supérieure (ou antérieure pour les images axiales). Enfin, il réorganisera les tranches afin que le
la direction de la colonne, la direction de la ligne et la direction de la tranche suivent la règle de droite.

Il est également possible de reformater les images dans l'orientation axiale via le
--reformater en axial option Cette option est mutuellement exclusive avec la non-réorganisation
option. La matrice d'orientation résultante sera la matrice d'identité.

Si les fichiers NIFTI de sortie doivent être utilisés avec le package FMRIB FSL, utilisez le --fsl
possibilité de reformater les images pour qu'elles correspondent à l'orientation FSL standard : images axiales avec le
tranches disposées d'inférieur à supérieur, numéro de colonne croissant de droite à gauche,
et le nombre de rangées augmente de postérieur à antérieur. Cela convertira également les données
tapez de 16 bits non signés à 16 bits signés si nécessaire.

Si le mode batch est sélectionné, le fichier de sortie indiqué avec "-o" peut être construit à partir de DICOM
attributs, en fournissant les noms d'attributs entre accolades. Par exemple, considérez
les éléments suivants : "{PatientID}-{StudyDate}/{SeriesDescription}-{SeriesNumber}.nii" ou
quelque chose de similaire pour produire une structure de répertoire hiérarchique. Les attributs utilisés dans
le chemin doit provenir de la liste suivante :

PatientID, PatientName, PatientBirthDate, PatientSexe, StudyID, StudyDescription,
StudyDate, StudyTime, StudyInstanceUID, SeriesNumber, SeriesDescription,
SeriesInstanceUID, Modalité, AccessionNumber.

Voici un exemple de mode batch qui revient dans les sous-répertoires et compresse le
fichiers de sortie, en plaçant les résultats dans le répertoire courant :

./obj-x86_64-linux-gnu/bin/dicomtonifti -brz -o {SeriesDescription}-{SeriesNumber}.nii
/chemin/vers/dicom/fichiers

Utilisez dicomtonifti en ligne en utilisant les services onworks.net