Il s'agit de la commande disulfinder qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
disulfinder - état de liaison disulfure de cystéines et prédicteur de connectivité
SYNOPSIS
disulfur [OPTIONS]
DESCRIPTION
'disulfinder' est pour prédire l'état de liaison disulfure des cystéines et leur
connectivité disulfure à partir de la séquence seule. Les ponts disulfure jouent un rôle majeur
dans la stabilisation du processus de repliement de plusieurs protéines. Prédiction de disulfure
ponts à partir de la séquence seule est donc utile pour l'étude de la structure et de la fonction
propriétés de protéines spécifiques. De plus, la connaissance de l'état de liaison disulfure
de cystéines peut aider le processus de détermination de la structure expérimentale et peut être utile
dans d'autres tâches d'annotation génomique. « disulfinder » prédit des modèles de disulfure dans deux
étapes de calcul : (1) l'état de liaison disulfure de chaque cystéine est prédit par un
classificateur binaire BRNN-SVM ; (2) les cystéines connues pour participer à la formation
des ponts sont appariés par un réseau neuronal récursif pour obtenir un modèle de connectivité.
Références
A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo et P. Frasconi. DISULFIND : un état de liaison disulfure
et Cystéine Connectivity Prediction Server, Nucleic Acids Research, 34 (serveur Web
numéro):W177-W181, 2006.
Pour le prédicteur de connectivité disulfure, voir :
A. Vullo et P. Frasconi. Prédiction de connectivité disulfure à l'aide de neurones récursifs
Réseaux et informations évolutives, Bioinformatique, 20, 653-659, 2004.
Pour le prédicteur de l'état de liaison de la cystéine, voir :
P. Frasconi, A. Passerini et A. Vullo. Une architecture SVM en deux étapes pour prédire la
État de liaison disulfure des cystéines, Proc. Atelier IEEE sur les réseaux de neurones pour le signal
Traitement, pp.25-34, 2002.
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini et A.Vullo. Prédiction de l'état de liaison disulfure de
Cystéines avec combinaisons de machines à noyau, Journal of VLSI Signal Processing, 35,
287-295, 2003.
OPTIONS
-a, --alternatives=NUMÉRO
modèles de connectivité alternatifs (par défaut=3)
-o, --sortie=DIR
répertoire de sortie où les prédictions seront enregistrées (par défaut = $PWD)
-p, --psi2=FICHIER|REP
entrée au format psi2 (PSI-BLAST Matrix en ASCII), soit un fichier unique, soit un
annuaire(?). Générez ceci avec "blastpgp -j -Q FICHIER" où N >= 2.
-r, --rootdir=DIR
répertoire de travail (par défaut=~/disulfateur)
-k, --pkgdatadir=DIR
répertoire de données du package contenant les modèles (par défaut=/usr/share/disulfinder)
-F, --format={html|ascii}
type de format de sortie (par défaut=ascii)
-d --blastdb=DIR
option blastpgp -d (par défaut=/data/sp+trembl)
-c, --cleanpred
nettoyer les fichiers de prédiction intermédiaires (par défaut=false)
-P, --usepssm
utiliser pssm au lieu des comptes pour les profils (par défaut=false)
-C, --knownbondingstate
supposer que l'état de liaison est connu (un fichier pour chaque chaîne dans le répertoire
/Predictions/Bondstate/Viterbi) (par défaut=false)
-v, --version
version disulfur
-?, --aider
écran d'aide
EXEMPLES
"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"
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